◆ シクロデキストリン（Jmol版） ◆
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《 初期表示はα-シクロデキストリン 》
※包接化合物は適当にドッキングしてMM2計算したもので実測ではありません。

●α-シクロデキストリン
α-シクロデキストリン
　　α-シクロデキストリン＋エタノール　α-CD選択
　　α-シクロデキストリン＋フェノール　α-CD選択
　　α-シクロデキストリン＋安息香酸 [1]　α-CD選択
　　α-シクロデキストリン＋安息香酸 [2]　α-CD選択
●β-シクロデキストリン
β-シクロデキストリン
　　β-シクロデキストリン＋プロスタグランジンE2　β-CD選択
●γ-シクロデキストリン
γ-シクロデキストリン
　　γ-シクロデキストリン＋PCB 169（3,3',4,4',5,5'-HxCB）　γ-CD選択

◆シクロデキストリン類を含むPDBデータ例
1btc*（α-シクロデキストリン）　同PDBsumデータ 1btc_aCD$
3cgt（β-シクロデキストリン）
3c6gのChain B*（β-シクロデキストリン，P450 2R1，ビタミンD3）
2qkh（メチル-β-シクロデキストリン）
　　メチル-β-CD選択　　Tyr1・Ile7選択
1d3c（γ-シクロデキストリン）
◆参考：シクロアミロース
1c58（Crystal Structure Of Cycloamylose 26）のChain A

バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球10％　球30％　球40％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 ‖ 濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA ‖ Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　 ｜ 　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P Q R

シクロデキストリンの諸性質
※佐藤充克，『シクロデキストリンの開発と特性について』，化学と教育，2001年1月号，p.5
シクロデキストリン α-CD β-CD γ-CD
構成グルコースの数 6 7 8
分子量 972 1135 1297
空洞直径（nm） 0.6 0.7-0.8 0.9-1.0
空洞内容量（nm3） 0.176 0.346 0.510
水への溶解度（25℃，％） 14.5 1.85 23.2


α-シクロデキストリンの場合で示した分子の親水性・疎水性の部位


β-シクロデキストリンの分子情報（Chime版で作成）


β-シクロデキストリン＋プロスタグランジンE2


メチル-β-シクロデキストリンを含む胃抑制ペプチド（胃酸分泌抑制ホルモン, GIP；B鎖）とGIP受容体（A鎖）2qkh
※メチル-β-CDに包摂されているのはB鎖のTyr1およびIle7

  
α-シクロデキストリンを含む1btcのSITE部分（分子はこちらでも参照可能）


L-α-シクロデキストリン（L-α-cyclodextrin）
空間充填　球棒　スティック
　　　
背景・黒　灰　白　紺

α-シクロデキストリン（α-cyclodextrin）
空間充填　球棒　スティック
　　　
背景・黒　灰　白　紺

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