◆ Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から ◆
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◎2017年に以下の左側のような川上モデルを作成しました（他にもリガンドのみの模型多数）。
◎本模型の体験企画等についてはこちらをご覧ください。
◎2014/05/10にジュンク堂書店新潟店で第77回サイエンスカフェにいがた『iPS細胞から見る未来の医療』が開催されました。

PDBデータ 1gt0*（Oct1〈Oct4類似〉・Sox2・DNA 複合体の例）ほか山中4因子
［Oct-4 - Wikipedia］

◎Oct4/Sox2関連
1gt0*（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例）　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択 ｜ 同Chain A・B（DNAのみ） ｜ 1gt0（水分子なし） ‖ 1gt0（AlphaFold3（AlphaFold 3）構造）
3l1p（Oct4関連POUドメイン；DNAに結合）
◎Klf4関連
2wbs（Klf4・DNA 複合体の例）　Znフィンガー選択（3個分）　同PDBsumデータ 2wbs_ZN$　［亜鉛フィンガー］
◎c-Myc関連
1nkpのChain A・B・F・G（c-Myc・Max・DNA 複合体の例）　A鎖（c-Myc）選択　B鎖（Max）選択　［Myc - Wikipedia］
◎GFP関連
1hcjのChain A（オワンクラゲ由来のGFP）
※その他のニュース関連
トルバプタン（tolvaptan；(R)-体）　…Cell Reports誌論文（2023/11/30）より
バックボーン　二次構造
DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
DNA/RNA選択　同backbone選択
※1gt0について： C鎖（Oct4類似のOct1）選択　D鎖（Sox2）選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示
　
　
背景・黒　灰　白　紺

  
山中4因子（Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc）；左からPDBデータ1gt0（Oct1〈Oct4類似〉・Sox2），2wbs（Klf4），1nkp（c-Myc）


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！


上図下および以下の写真・動画が3Dプリンタによる新生体分子模型Kawakami Model（JAISTプレスリリース）


PDBデータ1gt0のPyMOLによる回転アニメ


1gt0と同データのアミノ酸配列から求めたAlphaFold3構造とPyMOLによる重ね合わせ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」