◆ 糖タンパク質と糖鎖を学ぶ ◆
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※本ページは，最近研究が盛んになっている糖鎖関連のデータベース等について，筆者が学んでいく過程を記録するものです。

■糖タンパク質データ集（Jmol版，Chime版）で作成した画像例


※データ集で着色可能な糖鎖色（今後種別追加）： ●：Gal　●：Glc　●：Man　●：Fuc　●：Xyl　●：Sia　●：GalNAc　●：GlcNAc　●：GlcA


糖の立体構造と炭素番号の例（α-グルコースの場合）
※参考（甘味物質の秘密 ）：Jmol版，Chime版


1fc1（緑色はA・B鎖のAsn297）


1cqf（紫色はAsn）


1gah（α-グルコシダーゼ阻害薬のアカルボースが結合したグルコアミラーゼ）
※中央上のCPK色のままのがアカルボース（acarbose），小さめの球棒表示は Asn，Ser，Thr


1loh（ヒアルロン酸リアーゼ；ヒアルロン酸は -[-GlcA-GlcNAc-]-n）
※参考：ヒアルロン酸（Chime版）

■糖鎖と様々なデータベース


1zagを例に
〔上〕糖鎖別に色分けした表示（A・C鎖とB・D鎖の構造は類似しているが結合糖鎖は異なる（図の右上と左下）
〔下〕上記相違部分に相当するGDBSで参照できる糖鎖構造

【補足】 GDBSでは検索できるばかりでなく，収録データをDownloadでき（2014年時点ではできなくなっている可能性；確認中），解凍すると画像形式など多彩な情報をオフラインで利用できる。svg形式データ（現在18,185件！）はブラウザで参照でき，上図もそれによるもの。

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