モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例

◆ モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例 ◆
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1ogp_MTQ I'/O'＝1.264 全選択　タンパク質選択　リガンド選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	1fiq_MTE-MOS（MTE，SAL含む） [ I'/O'＝1.533 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　MOS選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
1g20_CFM*（HCA含む） [ I'/O'＝0.973 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　CFM選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	1n2c_CFM（HCA含む） [ I'/O'＝1.003 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　CFM選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
4tku_ICS*（HCA含む） [ I'/O'＝0.973 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　ICS選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	5ijy_ICS（HCA含む） [ I'/O'＝1.013 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　ICS選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺

* 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例参照

1ogp，1fiq，1g20，1n2cのモリブデンを含むリガンドのPDBsumデータ

［左・中］FeMoコファクターを含むニトロゲナーゼ4tku，5ijyのPDBsumデータ
［右］Fe-Mo-Sクラスター（C〈格子間炭素〉含む）を含む4tkvのPDBsumデータ　→ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型

［左・中］ニトロゲナーゼ4tkuとそのPDBsumデータ
［右］5cx1のPDBsumデータ（CFe₇MoS₉クラスター，化学同人「星屑から生まれた世界」p.212 図8.3ではMoNFe₈S₁₁クラスター）；写真の3Dプリンタ模型ははCFe₇MoS₈クラスター）
※Nature論文（2022/07/06），京都大学プレスリリース参照

◆Moを含むPDBデータ例　　※初期表示は亜硫酸オキシダーゼ1OGPのChain A・B

1OGPのChain A・B（亜硫酸オキシダーゼ）　［Sulfite oxidase - Wikipedia］
5IJYのChain A・B（ニトロゲナーゼ）　同PDBsumデータ5ijy_ICS（HCA含む；上掲）$　→ 他のニトロゲナーゼ構造例　［Nitrogenase - Wikipedia，PDBj 今月の分子 026: ニトロゲナーゼ（Nitrogenase）］
6gu5の6量体（Chain A・B×3；ポリオキソメタレート（POM）クラスターを含むモリブデン貯蔵タンパク質）　ATPとPO4選択　同PDBsumデータ6gu5_8M0[301(A)]$　→ FEBS Journal論文
6h73の6量体（Chain A・B×3；モリブデン貯蔵タンパク質）　FUQ（Mo₅クラスター）選択　GUH（Mo₆クラスター）選択　同PDBsumデータ6h73_FUQ$　同PDBsumデータ6h73_GUH$　→ Journal of Inorganic Biochemistry論文
6h8bの6量体（Chain A・B×3；モリブデン貯蔵タンパク質）　※本データのみに含まれるMoクラスターはJ7Q，J7T，J85，J8B，J8E（他に既出FUQ）　→ Journal of Inorganic Biochemistry論文（上と同じ）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Mo選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合（太）　OFF
　
　

背景・黒　灰　白　紺

［左］ポリオキソメタレート（POM）クラスターを含むモリブデン貯蔵タンパク質6gu5の6量体（Chain A・B×3；12量体データから抜粋）とそのPDBsumデータ　［左］同じ研究論文での6h8bの6量体

モリブデン貯蔵タンパク質6h73 6量体（Chain A・B×3）のMo₅クラスターとMo₆クラスター部分の拡大およびそれぞれのPDBsumデータ

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

●タングステン化合物を含むデータ

1b25_PTT（4Fe-4Sクラスター^*含む）
[ I'/O'＝1.525 ]
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　PTT選択
空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

1b4n_PTE（4Fe-4Sクラスター^*，グルタル酸含む）
[ I'/O'＝1.526 ]
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　PTE選択
空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

2rb5_WO6（Mg含む）
[ I'/O'＝1.600 ]
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

4z12_TEW（Te含む）
I'/O'＝1.147
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

* 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例参照

◆Wを含むPDBデータ例　　※初期表示はアルデヒドフェレドキシンオキシドレダクターゼ1B25のChain A

1b25のChain A（アルデヒドフェレドキシンオキシドレダクターゼ）　PTT選択　［Aldehyde ferredoxin oxidoreductase - Wikipedia］
6rug（プロテイナーゼK） [NEW!]　WCO（CoO₃₉PW₁₁）選択　［Proteinase K - Wikipedia，Keggin structure - Wikipedia］　→ Chemical Communications論文 …2019/09/18公開PDBデータ6rug・6run（何れもCoO₃₉PW₁₁），6ruh（NiO₃₉PW₁₁），6ruk（CuO₃₉PW₁₁），6ruw（ZnO₃₉PW₁₁），6rve（CoO₃₉SiW₁₁・CoO₃₈SiW₁₁），6rvg（CoO₃₈SiW₁₁）　同PDBsumデータ6rug_WCO$［I'/O' = 2.111］｜ PDBsumデータ6ruh_WNI$［I'/O' = 1.850］　PDBsumデータ6ruk_XCU$［I'/O' = 2.111］　PDBsumデータ6ruw_KK5$［I'/O' = 2.111］　PDBsumデータ6rve_XCO$［I'/O' = 2.063］　PDBsumデータ6rvg_XCO-XCO-XCO$［I'/O' = 1.650］
8proの4量体（Chain A×4；[P₈W₄₈O₁₈₄]^40-ポリオキソメタレートが結合したセル表面タンパク質nvBagel2） [NEW!]　PDBsumデータ8pro_lp$［I'/O' = 1.900］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　W選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合（太）　OFF
　
　

背景・黒　灰　白　紺

CoO₃₉PW₁₁が結合したプロテイナーゼK 6rugおよび同一研究における一群のPDBsumデータ

[P₈W₄₈O₁₈₄]^40-ポリオキソメタレートが結合したセル表面タンパク質nvBagel2 8proの4量体（Chain A×4）

【参考】

桜井弘編，「生命元素事典」，オーム社(2006)
桜井弘，「元素111の新知識　第2版」，講談社ブルーバックス(2009)
伊藤忍ほか著，「フロンティア生物無機化学」，三共出版(2017) [NEW!]
嶋盛吾，『メタン生成と嫌気メタン酸化の酵素化学』，化学と生物，Vol. 52, No. 5, 2014 [PDF]
生命の進化を支える「窒素固定」はいつ始まったのか？　～35億年前の深海熱水環境に窒素固定微生物が存在していた可能性を発見～（JAMSTEC，2014/05/16）　※“超好熱性メタン菌については、窒素固定の際に必要となりうる鉄やモリブデンについて幅広い濃度条件で窒素固定できることが分かりました”。
【進化】先カンブリア時代の生物の進化は湖沼で起こっていた（Nature ハイライト，2015/05/20）　※“モリブデン（真核生物と窒素固定細菌が必要とする微量金属）”。

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」｜ Chime版「分子の学習帳」

1ogp_MTQ I'/O'＝1.264 全選択　タンパク質選択　リガンド選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	1fiq_MTE-MOS（MTE，SAL含む） [ I'/O'＝1.533 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　MOS選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
1g20_CFM*（HCA含む） [ I'/O'＝0.973 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　CFM選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	1n2c_CFM（HCA含む） [ I'/O'＝1.003 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　CFM選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
4tku_ICS*（HCA含む） [ I'/O'＝0.973 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　ICS選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	5ijy_ICS（HCA含む） [ I'/O'＝1.013 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　ICS選択空間充填　球棒　スティック　消去　Mo球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺

1b25_PTT（4Fe-4Sクラスター^*含む） [ I'/O'＝1.525 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　PTT選択空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	1b4n_PTE（4Fe-4Sクラスター^*，グルタル酸含む） [ I'/O'＝1.526 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　PTE選択空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
2rb5_WO6（Mg含む） [ I'/O'＝1.600 ] 全選択　タンパク質選択　リガンド選択空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	4z12_TEW（Te含む） I'/O'＝1.147 全選択　タンパク質選択　リガンド選択空間充填　球棒　スティック　消去　W球60％表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺