◆ Jmolで見るトピックス分子（1-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。

  1. HIV：増殖させるたんぱく質、中性子線で構造解明−−原子力機構や京都薬科大（毎日，2009/05/11） → 日本原子力研究開発機構：プレス発表（2009/05/10）　※日本原子力研究開発機構・安達基泰研究員らによる

    PDBデータ 2zye（阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ）
    ［HIV-1 protease - Wikipedia］
    		PDBデータ 2zye（阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ）*　同PDBsumデータ2zye_KNI*$　PDBsumデータにH・D原子追加*$（異常表示防ぐために一部H・D原子割愛）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　（*印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
    ［左］全体構造　［右］PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加（一部H・D原子省略，クリックで拡大）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Molecule of the Month（PDB，2009/05），Influenza Neuraminidase｜インフルエンザ ノイラミニダーゼ（PDBj）

    PDBデータ 1nn2（ノイラミニダーゼ，neuraminidase）
    ［Neuraminidase - Wikipedia，Molecule of the Month（PDB，2009/05）］
    		PDBデータ 1nn2*#（ノイラミニダーゼ，neuraminidase）
    ※参考：同PQSによる4量体
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　（*印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  3. 小野田 晃・林　高史，『化学レビュー 第11回　生物無機化学　金属と生体分子が奏でるハーモニーを探求する』，化学 2009年5月号

    PDBデータ 2iga（プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ）
    ［Oxygenase - Wikipedia］
    		PDBデータ 2iga（プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ）　同PDBsumデータ 2iga_FE2$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

    z


    参考：上掲書 p.50図4の該当データ2iga_FE2（PDBsum）より

  4. 書籍紹介：平山令明，「分子レベルで見た薬の働き 第2版」，講談社ブルーバックス(2009)　※下掲データ2v0zについてはpp.187-191参照，「カラー図解　分子レベルで見た薬の働き　なぜ効くのか？　どのように病気を治すのか？」(2020)も発行

    PDBデータ 2v0zのChain C（高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン）
    ［Renin - Wikipedia，Aliskiren - Wikipedia］
    		PDBデータ 2v0zのChain C（高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン）　同PDBsumデータ 2v0z_C41$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    上掲書 p.191図5-4掲載2v0zのChain C（中央が高血圧治療薬アリスキレン）とそのPDBsumデータ

  5. 新語紹介（2009/04/14，RCSB PDB新規公開データより）：ロスマンフォールド（Rossmann-fold；タンパク質の超二次構造） → 3giw

    PDBデータ 3giw（ロスマンフォールド）
    ［Rossmann fold - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  6. アラキドン酸が神経新生促進と精神疾患予防に役立つ可能性を発見（JST，2009/04/08）　※大隅典子教授らによる

    アラキドン酸（arachidonic acid）
    ［Arachidonic acid - Wikipedia］
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アラキドン酸

  7. 今月の分子 No.112: Oct・Sox転写因子（Oct and Sox Transcription Factors）（PDBj，2009/04）

    PDBデータ 1gt0（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例）
    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　（*印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Oct4・Sox2・DNA 複合体の例1gt0

  8. 代替フロン：07年度排出量1320万トン　昨年の速報値から倍増（毎日，2009/04/03）

    代替フロンの一種HCFC（ハイドロクロロフルオロカーボン）の例：HCFC-123
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  9. ヒト由来ギャップ結合チャネルの立体構造を世界で初めて解明 − 難聴や不整脈などの病気治療の戦略の確立に役立つと期待 −（JASRI，2009/04/02）

    PDBデータ 2zw3（ヒト由来ギャップ結合チャネル）
    ［Gap junction - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒト由来ギャップ結合チャネル2zw3

  10. マリファナの主要薬効成分に制がん効果（５号館のつぶやき，2009/04/02）

    テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC）
    ［Tetrahydrocannabinol - Wikipedia］
    		 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」