◆ Jmolで見るトピックス分子（Vol.5） ◆
※初期表示は光合成光化学系IIのデータ例PDB 3arcのMn4CaO5クラスター
（SITE含む）
※2011年4月以前のデータはVol.4に移しました！
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  1. PDBデータ 3j0j（ATPアーゼ；主鎖のみ）　　［ATPase - Wikipedia］
  2. PDBデータ 1ri1（mRNAのキャップ形成，メチルトランスフェラーゼ）　SAH選択（リガンド表示・選択不調の時）　［Messenger RNA - Wikipedia，Methyltransferase - Wikipedia］
  3. フムロン（humulone）　［Humulone - Wikipedia］
  4. オレアノール酸（oleanolic acid）　［Oleanolic acid - Wikipedia］
  5. PDBデータ 1eve（アセチルコリンエステラーゼ；塩酸ドネペジルが結合）　同PDBsumデータ 1eve_E20$　Trp84・Trp279・Phe330選択　［Acetylcholinesterase - Wikipedia，Donepezil - Wikipedia］
  6. PDBデータ 3ciy#（Toll様受容体；二重らせんRNAを含む）　ロイシン（Leu）選択　［Toll-like receptor - Wikipedia］
  7. PDBデータ 1npo（ニューロフィジンII〈ニューロフィシンII〉；B鎖は結合しているオキシトシン）　同B鎖（オキシトシン）　同PDBsumデータ 1npo_oxytocin$　［Oxytocin - Wikipedia］
  8. PDBデータ 3arc（光合成光化学系II）　同PDBsumデータ 3arc_OEX$　［Photosynthesis - Wikipedia］
  9. PDBデータ 1oxr（ホスホリパーゼA2；アスピリンが結合）　同PDBsumデータ 1oxr_AIN$　［Phospholipase A2 - Wikipedia］
  10. PDBデータ 3m9sのChain 1-9・H・L-N・R（複合体I；H・L-N・R鎖はアミノ酸種別不明）　［NADH dehydrogenase - Wikipedia，NAD(P)H dehydrogenase (quinone) - Wikipedia］
  11. PDBデータ 3sqgのChain A-C（メタン分解酵素）
  12. PDBデータ 3aod*（多剤排出タンパク質AcrB）　ミノサイクリン選択　リファンピシン選択　同PDBsumデータ 3aod_RFP（リファンピシン）$　［Multiple drug resistance - Wikipedia，Minocycline - Wikipedia，Rifampicin - Wikipedia］
  13. ヒドロキシメチルローダミングリーン（HMRG）
  14. PDBデータ 3aon（V型ATPase）　セレノメチオニン選択　［ATPase - Wikipedia］
  15. PDBデータ 3r1mの8量体（FBPアルドラーゼ／ホスファターゼのアルドラーゼ状態，Chain A×8；α炭素のみ）　同PDBsumデータ 3r1m_13P$（アルドラーゼ状態；DHAP結合） ‖ 　PDBsumデータ 3r1m_13P$（ホスファターゼ状態；FBP結合）
  16. PDBデータ 3ayx（酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼ；鉄硫黄クラスター含む）　同PDBsumデータ 3ayx_F4S（
    H2-reduced condition）$ ‖ PDBsumデータ 3ayy_SF3（ferricyanide-oxidized condition）$ 　［Hydrogenase - Wikipedia］
  17. PDBデータ 3zux（ナトリウム依存性胆汁酸輸送体〈ASBT，コレステロール調節タンパク質〉；タウロコール酸含む）　タウロコール酸選択　同PDBsumデータ 3zux_TCH（LDA含む）$　［Taurocholic acid - Wikipedia］
  18. PDBデータ 1t3g（インターロイキン1受容体アクセサリータンパク質1のTIRドメイン）　セレノメチオニン選択　［IL1RAPL1 - Wikipedia］
  19. PDBデータ 3pe4のChain A・B（O-GlcNAc転移酵素）　UDP選択（リガンド選択不調の時）　［OGT (gene) - Wikipedia］
  20. PDBデータ 8cel（セルラーゼTrCel7A〈理論モデル〉；グルコース9量体が結合）　同PDBsumデータ 8cel_GLC9$　［Cellulase - Wikipedia］
  21. PDBデータ 9pap（パパイン）　［Papain - Wikipedia］
  22. PDBデータ 1j8cのModel 1（ユビキリン2〈UBQLN2，ubiquilin 2〉）　［UBQLN2 - Wikipedia］
  23. PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ；阻害剤ベムラフェニブが結合）　同PDBsumデータ 3og7_032$　［BRAF (gene) - Wikipedia，Vemurafenib - Wikipedia］
  24. PDBデータ 2xkw（PPAR-γ；糖尿病治療薬ピオグリタゾンが結合）　同PDBsumデータ 2xkw_P1B$　［Peroxisome proliferator-activated receptor - Wikipedia，Pioglitazone - Wikipedia］
  25. PDBデータ 3pmq（外膜デカヘムシトクロームc MtrF）　デカヘムとSITE部分（PDBsumデータ: 3pmq_HEC 670(A) 〜 3pmq_HEC 679(A) ）$
  26. PDBデータ 3axy（フロリゲン活性化複合体〈Hd3a-14-3-3-OsFD1複合体〉；Hd3aがフロリゲン〈A・B・G・H鎖〉）　Chain B・D・F・G・I・K　Chain B（Hd3a，フロリゲン）
  27. PDBデータ 2xow*（ロンボイドプロテアーゼGlpG；阻害剤が結合）　同PDBsumデータ 2xow_ISM$　［Rhomboid protease - Wikipedia］
  28. PDBデータ 3os3*（MAPキナーゼキナーゼ1；MEK阻害剤CH4858061が結合）　［Mitogen-activated protein kinase kinase - Wikipedia］
  29. PDBデータ 3rvyの4量体*（Chain AB×2；Na+チャネル）　［Sodium channel - Wikipedia］
  30. PDBデータ 1u6b*（RNA〈スプライシング〉，リボヌクレオタンパク質）　［RNA splicing - Wikipedia］
  31. PDBデータ 1vth（DNA；ダウノマイシン〈daunomycin〉が結合）　［Daunorubicin - Wikipedia］
  32. PDBデータ 1bht（肝細胞増殖因子）　［Hepatocyte growth factor - Wikipedia］
  33. PDBデータ 3pt6のChain A・C・I*（DNAメチラーゼ）　［DNA methylation - Wikipedia］
  34. PDBデータ 3am6のChain A（ロドプシン，光駆動型プロトンポンプ）　Arg78選択　［Rhodopsin - Wikipedia，Bacteriorhodopsin - Wikipedia］
  35. プランクスタリン（pranksterin）　※この化合物の取り扱いには十分注意してください！
  36. アルクチゲニン（arctigenin）　［Arctigenin - Wikipedia］
  37. PDBデータ 3rze*（ヒスタミンH1受容体；ドキセピン含む（5EHとD7Vの2構造重ね合わせ））　5EH（3E体）消去　D7V（3Z体）消去　同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V$　　5EH（3E体）のみ表示　D7V（3Z体）のみ表示　［Histamine H1 receptor - Wikipedia，Doxepin - Wikipedia］
  38. PDBデータ 2yfjのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；ジベンゾフランと鉄硫黄クラスター含む）　同PDBsumデータ 2yfj_1IT$　［Dibenzofuran - Wikipedia，Dioxins and dioxin-like compounds - Wikipedia］
  39. PDBデータ 3aicのChain A（グルカンスクラーゼ〈GSase〉；阻害剤アカルボース結合）　アカルボースのSITE選択　同PDBsumデータ 3aic_ACR$　［Glucansucrase - Wikipedia，Acarbose - Wikipedia］　※Vol.4にも掲載
  40. PDBデータ 1jsu（サイクリン依存性キナーゼ2〈A鎖〉／サイクリンA〈B鎖〉／不定形タンパク質p27〈C鎖〉）
  41. PDBデータ 3q6xのChain A（NDM-1；加水分解したアンピシリンが結合）　［New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - Wikipedia，Ampicillin - Wikipedia］
  42. PDBデータ 3ay1（主鎖のみ，アミノ酸種別不記載）（ダイニン）　［Dynein - Wikipedia］
  43. PDBデータ 3oswのChain A（ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ；テトラブロモビスフェノールAが結合）　同PDBsumデータ 3osw_XDI$　［Peroxisome proliferator-activated receptor - Wikipedia，Tetrabromobisphenol A - Wikipedia］ ‖ 3pbaのChain A（同；テトラブロモビスフェノールA一硫酸塩が結合）
  44. PDBsumデータ 2wqy_FeS_3$（コハク酸デヒドロゲナーゼのフラボタンパク質サブユニットの鉄硫黄クラスター；Fe2S2，Fe4S4，Fe3S4の3種類）　［Iron-sulfur cluster - Wikipedia］
  45. PDBデータ 3mg0（プロテアソーム；骨髄腫治療ボルテゾミブが結合）　同PDBsumデータ 3mg0_BO2$　［Proteasome - Wikipedia，Bortezomib - Wikipedia］
  46. PDBデータ 1qnu*#（O157の志賀毒素様毒素）　［Escherichia coli O157:H7 - Wikipedia，Shiga toxin - Wikipedia］
  47. PDBデータ 2xp2（未分化リンパ腫キナーゼ（ALK）；クリゾチニブ（PF-02341066）が結合）　同PDBsumデータ 2xp2_VGH$　［Anaplastic lymphoma kinase - Wikipedia，Crizotinib - Wikipedia］
  48. PDBデータ 3h1j*（シトクロムbc1）　同PDBsumデータ 3h1j_FES$　［今月の分子 2011/05（PDBj），Coenzyme Q - cytochrome c reductase - Wikipedia］
  49. PDBデータ 3av6（DNAメチルトランスフェアーゼ1，Dnmt1；S-アデノシルメチオニン結合）　同PDBsumデータ 3av6_SAM$　［DNA methyltransferase - Wikipedia，S-Adenosyl methionine - Wikipedia］
  50. PDBデータ 2ere（調節タンパク質Leu3-DNA複合体）

バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）
等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　
　　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

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