◆ 糖鎖を含むタンパク質 ◆
★今週の分子／連載101（2005/11/02〜）：糖鎖を含むタンパク質の例（PDBデータ2MSBほか）
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※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です（詳細とダウンロード方法）

　近年，糖タンパク質や糖脂質など生体分子に結合している糖鎖の研究が盛んで，関連データベースも多数立ち上がっている。以前から気にはなっていたのであるが，次の書籍・雑誌を入手したのをきっかけに勉強したいと考えている。
　特に糖鎖を含むタンパク質は鳥インフルエンザのニュースでお馴染みになった“H5H1”とも関係しているなど，生物の世界では細胞接着や情報伝達はじめ広範で重要な役割を果たしていることを知ってもらえたらと思う。以下では「糖鎖生物学入門」に掲載されているPDBデータの一部を表示できるようにした。


糖鎖を含むタンパク質の例（2MSBのChain B；mannose×6）
※文献[1]掲載のデータより；（ ）内は糖の種類と同書での記載ページ
1gyaのModel 1（mannose×7ほか，p.104） Asn65選択　→ RCSB PDB情報
1vsg（N-acetylglucosamine×4ほか，p.106） Asn263選択（A・B鎖）　→ RCSB PDB情報
2msbのChain B（mannose×6，p.164）　→ RCSB PDB情報
1afa（β-methyl-D-galactoside×3，p.165）　→ RCSB PDB情報
1qfoのChain A（O-sialic acid×3ほか；sialyllactose，p.167）　→ RCSB PDB情報
1g1t（fucose/O-sialic acidほか，p.169）　→ RCSB PDB情報
1sltのChain A（galactoseほか，p.172）　→ RCSB PDB情報
1cvnのChain A（mannose×3，p.182）　→ RCSB PDB情報
1j8r（galactose×2ほか，p.187）　→ RCSB PDB情報
1hgg（galactose×6ほか，p.189）　→ RCSB PDB情報，インフルエンザ情報
1fc1（mannose×6ほか，p.204） Asn297選択（A・B鎖）　→ RCSB PDB情報
参考：1rtm（［glycerol×15］，p.173）　→ RCSB PDB情報
※その他のデータ例；〈 〉は注記
1cklのChain A-C Asn49・Asn80選択（A-C鎖）　→ RCSB PDB情報
1cqf〈志賀毒素〉　→ RCSB PDB情報
1dbnのChain A（sialyllactose）　→ RCSB PDB情報
1g1r〈P-セレクチン〉　→ RCSB PDB情報
1mhlのChain A・C　→ RCSB PDB情報
1op5（Man9GlcNAc2）　→ RCSB PDB情報
1qnu〈O157，志賀毒素様毒素〉　→ RCSB PDB情報
 		バックボーン 二次構造 OFF
リガンド表示 OFF

全選択 リガンド選択
タンパク質全選択
Asn,Ser,Thr選択 ‖ Asn ｜ Ser ｜ Thr

空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 ｜ ラベル表示 OFF

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
log P値順

水素結合（細） 同（太） OFF
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP

※文献・リンク集など詳細情報はJmol版に移しました。
※今後は糖タンパク質データ集（フレーム版）に新規データを追加します。

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