※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です（詳細とダウンロード方法）
※関連コンテンツ：レトロウイルスのキャプシド六角環構造
※2005/09/19，本ページについて学会発表の資料を一部転載
※HIVインテグラーゼとその阻害剤候補のラメラリン α20-サルフェートを公開

HIVに関連するPDBデータ例
※初期表示は1ohr；Asp25・Asp25'を赤い球棒表示（「創薬化学　−有機合成からのアプローチ−」p.228など参照）
※CASTpにより，PDB ID または Keyword Search（HIV で検索）でポケット部位探索可能
※HIV・エイズ情報，Jmol版／PDBデータ例

◆PDB部分データリスト掲載データ例　　〈 〉は抗HIV薬名 1n5yのChain A・P・T〈ジドブジン／zidovudine（monophosphate，核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 1t03のChain A・P・T〈テノホビル／tenofovir（核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 1fk9のChain A〈エファビレンツ／efavirenz（非核酸系逆転写酵素阻害剤）；他のPDBデータ〉 1lwcのChain A〈ネビラピン／nevirapine（非核酸系逆転写酵素阻害剤）；他のPDBデータ〉 1hsg〈インジナビル／indinavir（プロテアーゼ阻害剤）〉 1hxb〈サキナビル／saquinavir（プロテアーゼ阻害剤）〉 1ohr〈メシル酸ネルフィナビル／nelfinavir mesylate（プロテアーゼ阻害剤）〉 1hxw〈リトナビル／ritonavir（プロテアーゼ阻害剤）〉 1hpx〈KNI-272（プロテアーゼ阻害剤）〉 1a5v*〈Y3（インテグラーゼ阻害剤）〉 1qs4のChain A〈5CITEP（インテグラーゼ阻害剤）〉　 D64,D116, E152, K156,K159選択（Web資料[PDF]参照） 　　（今後追加します） ◆グリッドコンピューティングによるHIV関連治療薬候補探索で用いられたタンパク質 HIV-1 Protease 《1a30》 ★ HIV Integrase 《1hyv》 ★ HIV gp41 《1czq》 ★ HIV gp120 《1g9m》 ★ 　★ Find-a-Drug: Projects - HIV（現在終了；Team Japan HIV World Community Grid参照）で用いられたタンパク質 ◆その他の参考データ 1u04 [アルゴノート；2004/08/05記事参照] ｜ Pocket構成アミノ酸選択： 90， 89 2bf1 [SIV由来の非結合型gp120；2005/02/25記事参照]

タンパク質バックボーン 同・二次構造 DNA/RNA（ATGCU） リガンド表示 OFF 水分子表示（*印データのみ）　 OFF 全選択 リガンド選択 タンパク質選択 DNA/RNA全選択 同・糖＆リン酸選択 空間充填 球棒 スティック OFF CPK色 amino色 ｜ 濃赤 濃青 ラベル表示 OFF ドット表面表示 OFF 静電ポテンシャル OFF 親油ポテンシャル OFF 水素結合（細） 同（太） OFF 光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF 背景・黒 背景・灰 背景・白 回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー 酸性・中性・塩基性アミノ酸区別 極性・非極性区別 hydropathy index順 有機概念図I/O値順（特性基 R）| 同（アミノ酸） 等電点順 ※amino表示の凡例 ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO ＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝ ※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例 ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS ※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別 SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP ※hydropathy index順 ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE ※有機概念図I/O値順（特性基 R） ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE ※同上（アミノ酸） GLY　SER　ASN　ASP　GLN　THR　GLU　ALA　ARG　HIS VAL　LYS　CYS　PRO　LEU　TYR　ILE　MET　TRP　PHE ※等電点順 ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

参考　CASTpで探索した1ohrのポケット部位の例（右；大きいほうからPocket 16，15，14）
※他のCASTp利用コンテンツ例：CASTpデータで見るエストロゲン受容体

エイズ薬の例（治験中の新薬等も含む；初期表示はネルフィナビル）
※Jmol版／エイズ薬の例

空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF Electrostatic Potential　 Lipophilic Potential　 OFF 光沢表示　 OFF　｜　 光量30％　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF 原子球・白　 OFF（CPK） 背景・黒　 背景・灰　 背景・白 画像をクリップボードへコピー

●核酸系逆転写酵素阻害薬（NRTI） ジドブジン（zidovudine，AZT） スタブジン（stavudine，d4T） ラミブジン（lamivudine，3TC） テノホビル（テノフォビル，tenofovir；フマル酸テノホビルが抗HIV薬） ●非核酸系逆転写酵素阻害薬（NNRTI） エファビレンツ（efavirenz，EFV） ●プロテアーゼ阻害薬（PI） アタザナビル（atazanavir；硫酸アタザナビルが抗HIV薬） ネルフィナビル（nelfinavir，NFV） ●その他 バルガンシクロビル（valganciclovir） ●研究中・治験中など AK602（aplaviroc）　※2005/09のニュース参照 KU-55933 TAK-652 UK-427857（maraviroc） ラメラリンα20-サルフェート（lamellarin α20-sulfate） ●HIV感染予防効果を有する化合物 シアリルラクトース： 3'-体 ｜ 6'-体　※雪印乳業の記事（2005/11/30）参照 《今後もデータを追加します》

参考　多剤併用療法（HAART）の例
※吉開泰信 編，「ウイルス・細菌と感染症がわかる」，p.102，羊土社(2004)
※画像はHIV感染症関連イラスト集（HIV／AIDS先端医療開発センター）より

例１	例２
AZT＋3TC＋EFV	AZT＋3TC＋NFV