●プロテアーゼ阻害剤関連
●核酸系/非核酸系逆転写酵素阻害剤関連,インテグラーゼ阻害剤関連
●その他
参考 多剤併用療法(HAART)の例 → Jmol版/エイズ薬の例
表1 1970年代以降に出現した主な新興感染症
表2 いろいろなウイルス(DNAウイルスとRNAウイルス)
※初期表示はPDB 1OHR〈メシル酸ネルフィナビル/nelfinavir mesylate/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!
※初期表示はPDB 1QS4のChain A〈5CITEP(インテグラーゼ阻害剤)〉
※初期表示はPDB 4MBSのChain A〈マラビロク/maraviroc(ケモカイン受容体CCR5阻害剤)〉
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抗HIV薬ネルフィナビルを含むPDBsumデータ1ohrより
阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
〔左上〕全体構造,〔左下〕PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加(トピックス分子で参照可),〔右〕下記資料図2の該当部分
※日本原子力研究開発機構:プレス発表(2009/05/10)参照
グラフ1 国内におけるHIV感染者数の推移(年齢階級別)
※データ引用:平成16年エイズ発生動向年報(厚生労働省,2005/04/25)/Excelデータ
※最新データ:平成20(2008)年エイズ発生動向年報(エイズ動向委員会,2009/06/17) ‖ 平成18年年報|2009/02/18版xlsデータ
※他サイトのグラフ例(社会実情データ図録より):世界の状況,HIV感染者・エイズ患者報告数推移,都道府県別HIV感染者・エイズ患者数(2004年)
※吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.102,羊土社(2004)
※画像は抗HIV薬情報(HIV/AIDS先端医療開発センター)より
例1
例2
AZT+3TC+EFV
AZT+3TC+NFV
※以下の文献から主要部分を抜粋して編集
◎感染症:竹田美文・岡部信彦,「SARSは何を警告しているのか」,岩波ブックレット(2003)
年
新興感染症
病原微生物
種類
疾病
1973
ロタウイルス
ウイルス
小児の下痢
1977
エボラウイルス
ウイルス
エボラ出血熱
1977
Legionella pneumophila
細菌
レジオネラ症(在郷軍人病)
1977
ハンタウイルス
ウイルス
腎症候性出血熱
1980
HTLV-I
ウイルス
成人T細胞白血病
1982
病原性大腸菌O157:H7
細菌
出血性大腸炎,溶血性尿毒症症侯群
1983
HIV
ウイルス
エイズ
1983
Helicobacter pylori
細菌
胃潰瘍
1988
E型肝炎ウイルス
ウイルス
E型肝炎
1989
C型肝炎ウイルス
ウイルス
C型肝炎
1992
Vibrio cholerae O139
細菌
コレラ
1996
牛海綿状脳症プリオン
プリオン(タンパク質)
変異型クロイツフェルト・ヤコブ病
1997
トリ型インフルエンザウイルス
ウイルス
インフルエンザ
1998
ニパウイルス
ウイルス
脳炎
2002
SARSコロナウイルス
ウイルス
肺炎
2004
トリ型インフルエンザウイルス
ウイルス
インフルエンザ
※以下を編集:吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.37,羊土社(2004)
分類
例
主なDNAウイルス
ポックスウイルス科
ヘルペスウイルス科
※鯉ヘルペス
アデノウイルス科
パピローマウイルス科
(ポリオーマウイルス科も酷似)子宮頸がん
ヘパドナウイルス科 #
B型肝炎
パポバウイルス科
主なRNAウイルス
パラミクソウイルス科
麻疹
オルトミクソウイルス科
(オルソミクソウイルス科)インフルエンザ
コロナウイルス科
SARS
アレナウイルス科
ラッサ熱
レトロウイルス科 #
AIDS
フィロウイルス科
レオウイルス科
ロタ
ピコルナウイルス科
ポリオ,A型肝炎
カリシウイルス科
ノロ
ラブドウイルス科
狂犬病
フラビウイルス科
(トガウイルス科も酷似)日本脳炎,ウエストナイル熱,デング熱,C型肝炎
※豚コレラ
ブニヤウイルス科
# 最近のICTVレポートでは,ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は,『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。
参考文献・Webページ
エイズ動向委員会報告メニュー
3gut: Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR
転写因子p65(ACEG鎖,ヒト),NF-κB(BDFH鎖,ヒト),HIV-1 LTR(IJXY鎖)
アクチノヒビン(actinohivin)の構造例3a07
ラルテグラビル(raltegravir,MK-0518;エイズ薬の例に掲載)
※参考:Raltegravir - Wikipedia/Integrase inhibitor,筆者ブログ記事
阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
〔左〕全体構造,〔右〕PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加(一部H・D原子省略,クリックで拡大)
※Jmolで見るトピックス分子参照
ヒトパピローマウイルスHPV45のE7タンパク質例2f8bのModel 1(HPV16については2fk4など)
※参考:KEGG :Antiviral - Reference pathway-DRUG D06676 に本サイトで参照できる分子をマークしたもの
●:エイズ薬の例 ●:SARSと抗ウイルス薬 ●:鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報
ケモカイン受容体CCR5拮抗薬maraviroc(UK-427857;エイズ薬の例参照)
大腸菌毒素タンパク質MazFを含むPDBデータ例1ub4(A・B鎖がMazF,C鎖が解毒剤MazE)
ダルナビル(左)とダルナビルを含むPDBデータ例2f8g(右)
参考:マウスdectin-1のPDBデータ例2bpe
▼XDR-TB関連情報
参考:HIV-2関連PDBデータ例1idb(プロテアーゼ)
※Human immunodeficiency virus type 2由来PDBデータ一覧
〔左〕ラメラリンα20-サルフェート(lamellarin α20-sulfate,Web資料[PDF]を参考に作成)
〔右〕参考:従来の阻害剤を含むHIVインテグラーゼのPDBデータ例1qs4のA鎖(阻害剤は5CITEP;Web資料[PDF]参照)
→ ラメラリン α20-サルフェート(HIVインテグラーゼ阻害剤)
※参考(記事とは直接無関係)
〔左〕ラクトペルオキシダーゼ(LPO,牛乳中)のファミリーであるミエロペルオキシダーゼ(MPO,白血球中)の例1mhlのChain A・C
〔中〕シアリルラクトースの例3'-sialyllactose(矢印)を含むPDBデータ例1qfoのChain A
〔右〕3'-シアリルラクトース(上)と6'-シアリルラクトース(下)
▼以下関連情報
●世界エイズデー新潟2005
《エイズ公開イベント》
日時・場所:12/2(金)18:30-20:30,新潟市NEXT21 市民プラザ
・講演会「エイズ・・・あなたは関係ないと思っていませんか?」
講師 吉永陽子医師(医療法人社団碧水会 長谷川病院医師)
・県立高等学校ダンス部公演
《エイズ予防キャンペーン》
日時・場所:11/28(月)-12/4(日),新潟市NEXT21 アトリウム
・写真展,メモリアルキルト,レッドリボンの展示
・リーフレットの配布(12月2日(金)午後)
▼以前の関連情報と追加情報
〔左〕AK602(HIV / OI Therapeutics Database情報より;Chime分子),〔右〕CCR5データ例1opnのChain A(空間充填は第2細胞外ドメイン)
※満屋裕明,『ヒト免疫不全ウイルス(HIV)の薬剤耐性発現の分子機構』,VIRUS REPORT 2004 Vol.1
※熊本大学大学院医学薬学研究部・血液内科学分野,関連PDBデータ例(1opn;Theoretical Model)
※参考:新規エイズ治療薬(経口CCR5受容体拮抗剤)の新たな試験成績について(小野薬品,2005/03/01) 〈PDF〉
※参考(CCR5について):Bruce Alberts ほか著,中村ほか 監訳,「細胞の分子生物学 第4版」,p.1438,ニュートンプレス(2004)
アタザナビル(atazanavir;硫酸アタザナビルが抗HIV薬)
KU-55933(Chime分子)
SIV由来の非結合型gp120の構造(2bf1)
参考:記事中のタンパク質RANTESの例(1hrjのModel 1)
※RANTESに触れたHIVに関する別論文例
アルゴノートの例(1u04);酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示(左)とCASTpによる探索ポケット例(右;Pocket 91-89)
Pocket 90-89のサイズ情報 → 90:608.29(Area),1404.42(Volume) 89:529.67(Area),614.09(Volume)
※参考:CASTpデータで見るエストロゲン受容体
ネルフィナビル(左)と同分子を含むPDBデータ1ohr(右) → SARSと抗ウイルス薬
TL-3を含むPDBデータ例2p3a(リガンドは座標2種のうちAのみ)
※他に2p3b,2p3c,2p3d
Kawakami Model開発の川上 勝先生からいただいた3Dプリンタ模型とJmol画像
(川上さんの該当ツイート)
「生活環境化学の部屋」ホームページ | Jmol版「分子の学習帳」