PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性（Jmol版）

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《 2008/06/07 公開開始（更新履歴）》

本データ集はPDBsumに収録されているタンパク質中のLigandのLIGPLOT情報を利用し，そのLigand-SITE部分の分子モデルを参照できるようにしたものである。

SITE部分の有機性・無機性値は自作秀丸マクロ（ダウンロード可能）で計算し，Ligand部分（Excel用有機概念図計算シートで算出）については一部未計算のものがある。

SITE部分の有機性・無機性値で [ ] で括られているものは，DNA/RNAやLigand以外の低分子を含むもので，アミノ酸残基だけの数値である。

Ligand部分の有機性・無機性値で { } で括られているものは，Ligandがペプチドのもので，上記秀丸マクロにより算出したものである（つまり特性基のみの値）。

分子モデルの一部が表示されないものについては今後修正します。

2008年11月，有機概念図の解説本が発刊されました。

甲田善生・佐藤四郎・本間善夫，「新版有機概念図基礎と応用」，三共出版(2008)　※有機概念図簡易計算機も参照

PDBsumではなく，PDBデータ中に記載されているSITE情報による同様の解析については例えば以下などを参照されたい。

有機概念図で見る環境ホルモン関連分子

本データ集について，日本コンピュータ化学会2008年秋季年会（2008/09/27-28，高知大学朝倉キャンパス）でポスター発表しました。プログラムからPDF版要旨をご覧いただけます。

2009/02/26，PDBsumサイトで参照できるClefts情報（Binding-site(s)，Binding-surface(s)）を利用したデータ掲載を開始しました。“clefts”でページ内検索してください。

2009/06/19，熊薬ミュージアム-熊本大学薬学部宮本記念館に展示されている藤田穆先生の有機概念図図版についてのWeb資料有機概念図パネルに，「新版有機概念図」および本ページ等最新情報を追記していただきました。

2016/12/06，リストのデータをクリックできない状態を修正しました（6つの表に分割）。 [NEW!]

追加コンテンツ（今後順次作成予定）

■：Ligandが糖鎖であるもの
■：Ligandがペプチドであるもの（I，Oは特性基のみ）
■：Ligandに金属〈イオン〉・無機化合物・水を含むもの（I'，O'はSITEのみ；水除く）
■：SITEがDNA/RNAであるもの（I'，O'は非表示）

1btc_aCD～｜ 1dcp_HBI～｜ 1jb0_CLA～｜ 1wua_AP8～｜ 2kdh_KDH～｜ 3aic_ACR～

●1btc_aCD～

初期表示は1btc_aCD

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

データ（）はLigand名	O'(R)	I'(R)	I'/O'	O	I	I/O
データ（）はLigand名	SITE			Ligand
1a0t_SUC（スクロース） [PDBsum]	[940]	[1280]	[1.362]	240	880	3.667
1akd_HEM（ヘム） [PDBsum] ※P450（SITEにショウノウ含む）	[1040]	[1427]	[1.372]
11ba_UPA [PDBsum]	880	1659	1.885
181l_BNZ（ベンゼン） [PDBsum]	260	0	0.000	120	15	0.125
184l_I4B（イソブチルベンゼン） [PDBsum]	420	15	0.036	190	15	0.079
188l_OXE（o-キシレン） [PDBsum]	550	35	0.064	160	15	0.094
1a4g_ZMR（ザナミビル） [PDBsum]	1080	1995	1.847	240	807	3.363
1a4m_PRH（C10H15N4O5） [PDBsum]	1190	1321	1.110	200	730	3.650
1a6v_NPC_I [PDBsum]	1360	1362	1.001
1a6w_NIP [PDBsum]	1120	1077	0.962	350	395	1.129
1acm_PAL（C6H10NO8P） [PDBsum]	570	1032	1.811	140	885	6.321
1aco_TRA [PDBsum]	[620]	[1662]	[2.681]
1adb_CND [PDBsum]	1210	1107	0.915
1adl_ACD（アラキドン酸） [PDBsum]	420	665	1.583	460	88	0.191
1aig_U10（コエンザイムQ10） [PDBsum] PDBsumデータからバクテリオクロロフィルa削除	[1260]	[912]	[0.724]
1akb_PPD [PDBsum]	960	1427	1.486
1aq1_STU（スタウロスポリン） [PDBsum]	1100	1252	1.138	560	580	1.036
1avd_BTN（ビオチン） [PDBsum]	860	1175	1.366	240	395	1.646
1axs_HOP（C23H27NO4） [PDBsum]	1210	1272	1.051	460	490	1.065
1az1_ALR [PDBsum]	[710]	[537]	[0.756]
1az1_NAP [PDBsum]	[1880]	[2722]	[1.448]
1ben_HBD（4-ヒドロキシベンズアミド） [PDBsum]	350	192	0.549	140	315	2.250
1bib_BTN（ビオチン） [PDBsum]	580	1075	1.853	240	395	1.646
1bkf_FK5（タクロリムス） [PDBsum]	1190	775	0.651	880	747	0.849
1bo4_COA（コエンザイムA） [PDBsum]	790	1045	1.323
1bo4_SPD（スペルミジン） [PDBsum]	600	510	0.850	140	210	1.500
1brp_RTL（レチノール） [PDBsum]	1030	400	0.388	400	120	0.300
1btc_aCD#（α-シクロデキストリン） [PDBsum]	860	442	0.514	720	2100	2.917
1c1e_ENH（C10H5Cl6NO2） [PDBsum]	360	720	2.000	440	292	0.664
1cfj_GB（サリン代謝物） [PDBsum]	580	412	0.710	40	285	7.125
1cqe_FLP（フルルビプロフェン） [PDBsum]	990	670	0.677	305	185	0.607
1cwt_MMC（メチル水銀イオン） [PDBsum] PDBsumデータにHg追加さらにMet505追加（資料） ※MMCのI,Oは塩化メチル水銀として	130	20	0.154	(60)	(105)	(1.750)
1cz2_E2P（プロスタグランジンB₂） [PDBsum]	810	265	0.327	400	331	0.828
1czs_PHG（フェニル水銀イオン） [PDBsum] PDBsumデータにHg追加（資料） ※PHGのI,Oは塩化フェニル水銀として	440	570	1.295	(160)	(120)	(0.750)

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

●1dcp_HBI～

初期表示は1dcp_HBI

データ（）はLigand名	O'(R)	I'(R)	I'/O'	O	I	I/O
データ（）はLigand名	SITE			Ligand
1dcp_HBI（ビオプテリン） [PDBsum]	400	956	2.390	180	640	3.556
1drf_FOL（葉酸） [PDBsum]	1040	995	0.957	380	1095	2.882
1dxa_BAP %（ベンゾ[a]ピレン代謝物） [PDBsum]	－	－	－
1e71_09# [PDBsum]	220	500	2.273
1e71_ASC（アスコルビン酸） [PDBsum]	780	550	0.705	120	497	4.142
1el4_CTZ（セレンテラジン） [PDBsum]	1970	1124	0.571	520	544	1.046
1em4_BPL（C22H16N2O; ベンゾ[a]ピレン誘導体） [PDBsum] ※計算モデル	790	1015	1.285	440	385	0.875
1ere_EST（エストラジオール） [PDBsum]	760	527	0.693	360	245	0.681
1err_RAL_A（ラロキシフェン） [PDBsum]	1480	927	0.626	600	445	0.742
1eve_E20（ドネペジル） [PDBsum]	1370	1127	0.823	480	225	0.469
1f88_RET（レチナール） [PDBsum]	1100	735	0.668	400	85	0.213
1f99_CYC（フィコシアノビリン） [PDBsum]	970	1360	1.402	660	770	1.167
1f99_PEB（フィコエリスロビリン） [PDBsum]	760	1350	1.776	660	768	1.164
1fk9_EFZ（エファビレンツ） [PDBsum]	840	647	0.770	335	190	0.567
1fxv_PNN（ペニシリンG） [PDBsum] 骨格構造以外とその近傍アミノ酸削除	760	755	0.993	360	475	1.319
1g3m_PCQ（水酸化PCB） [PDBsum]	730	367	0.503	400	270	0.675
1gm7_PNN（ペニシリンG） [PDBsum]	860	855	0.994	360	475	1.319
1gp6_QUE（ケルセチン） [PDBsum]	[810]	[630]	[0.778]
1gqr_SAF（C10H15NO；リバスチグミンの脱離基） [PDBsum]	620	662	1.068	200	185	0.925
1gqw_TAU（アミノエタンスルホン酸〔タウリン〕） [PDBsum]	810	1089	1.344	40	320	8.000
1gt5_BZQ（ベンゾフェノン） [PDBsum]	690	695	1.007	260	95	0.365
1h0j_SDS（SDS） [PDBsum]	420	410	0.976	260	220	0.846
1hgg_06# [PDBsum]	900	1177	1.308
1hsg_MK1（インジナビル） [PDBsum]	880	800	0.909	700	875	1.250
1hw8_114（メバスタチン） [PDBsum]	780	1220	1.564	460	434	0.943
1hw9_SIM（シンバスタチン） [PDBsum]	850	1272	1.496	500	434	0.868
1hwk_117（アトルバスタチン） [PDBsum]	1140	1582	1.388	665	670	1.008
1i3u_RR1（反応染料 RR1） [PDBsum]	780	1095	1.404	380	1390	3.658
1i7z_COC（コカイン） [PDBsum]	1260	1577	1.252	340	225	0.662
1i9j_TES（テストステロン） [PDBsum]	750	605	0.807	380	207	0.545
1ie9_VDX（活性型ビタミンD₃） [PDBsum]	1210	1174	0.970	540	336	0.622
1iep_STI（イマチニブ） [PDBsum]	1490	997	0.669	580	680	1.172
1ig0_VIB（チアミン） [PDBsum]	730	1075	1.473	280	760	2.714
1igt_01# [PDBsum]	740	1575	2.128
1igt_02# [PDBsum]	440	430	0.977
1ikg_REX [PDBsum] D-ala-D-ala以外とその近傍アミノ酸削除	1010	1702	1.685

●1jb0_CLA～

初期表示は1jb0_CLA

データ（）はLigand名	O'(R)	I'(R)	I'/O'	O	I	I/O
データ（）はLigand名	SITE			Ligand
1jb0_CLA（クロロフィルa） [PDBsum] …光化学系I　P700選択　→ 光合成に関係する生体分子のSITE例 P700形成ヘテロ二量体例 ※P700例：CL1 1011, CL1 1021, His680A, His660B	[2240]	[1447]	[0.646]
1jff_TA1（パクリタキセル／タキソール） [PDBsum]	870	1067	1.226	940	927	0.986
1jfp_RET（レチナール） [PDBsum] PDBsumデータのRETにH原子追加	770	530	0.688	400	85	0.213
1jgi_SUC（スクロース） [PDBsum]	1340	1834	1.369	240	880	3.667
1jqd_HSM（ヒスタミン） [PDBsum]	710	825	1.162	100	225	2.250
1jtv_TES（テストステロン） [PDBsum]	740	557	0.753	380	207	0.545
1jup_MGR（マラカイトグリーン） [PDBsum]	780	1145	1.468	460	516	1.122
1l3w_Ca（Ca²⁺） [PDBsum]	240	1050	4.375	－	－	－
1kfa_GA4（ジベレリンA₄） [PDBsum]	790	595	0.753	380	363	0.955
1kpm_VIT（トコフェロール） [PDBsum]	1080	1082	1.002	570	145	0.254
1lgt_BP3（水酸化PCB） [PDBsum]	400	382	0.955	280	240	0.857
1lkd_BP6（水酸化PCB） [PDBsum] ※Fe，ヘキサエチレングリコール含む	1080	1133	1.049	－	－	－
1ln6_RET（レチナール） [PDBsum]	600	475	0.792	400	85	0.213
1loh_01（ヒアルロン酸）# [PDBsum]	1860	3392	1.824
1lwc_NVP（ネビラピン） [PDBsum]	1280	792	0.619	300	395	1.317
1m4i_KAN（カナマイシンA） [PDBsum]	800	1360	1.700
1n4k_I3P（IP₃） [PDBsum]	660	1115	1.689
1npo_oxytocin（オキシトシン） [PDBsum] オキシトシン（B鎖）選択	920	925	1.005	{570}	{565}	{0.991}
1nta_SRY %（ストレプトマイシン） [PDBsum]	－	－	－
1o7n_IND（インドール） [PDBsum]	280	854	3.050	160	130	0.813
1ohr_1UN（ネルフィナビル） [PDBsum]	870	620	0.713	660	740	1.121
1op5_01# [PDBsum]	220	365	1.659
1pkv_RBF（リボフラビン） [PDBsum]	670	610	0.910	340	880	2.588
1pnv_VAN（バンコマイシン） [PDBsum]	1230	1142	0.928
1pw1_FLH（ホルムアルデヒド） [PDBsum] ※FLHは近接して2分子あり炭素原子のみ	[440]	[452]	[1.027]
1q0y_MOI（モルフィン） [PDBsum]	870	805	0.925	340	347	1.021
1q72_COC（コカイン） [PDBsum]	1000	1087	1.087	340	225	0.662
1qap_NTM（キノリン酸） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 2，A鎖のみ）　Binding-surface選択	440	952	2.164	140	385	2.750
1qd0_RR6（反応染料RR6の誘導体） [PDBsum]	[840]	[1184]	[1.410]
1qs4_100（5ClTEP） [PDBsum]	480	940	1.958	280	462	1.650
1rv1_IMZ（C31H34Br2N4O4） [PDBsum]	[670]	[676]	[1.009]
1s5l_CL1（クロロフィルa） [PDBsum] …光化学系II CL1 3と近傍His198Aのみ	[1630]	[757]	[0.464]
1sx6_LAT-SPH-OLA（スフィンゴ糖脂質の例） [PDBsum]	1800	907	0.504	960	1024	1.067
1u65_CP0（イリノテカン） [PDBsum]	1530	1402	0.916	660	679	1.029
1udt_VIA（シルデナフィル） [PDBsum]	940	817	0.869	480	727	1.515
1ulf_01# [PDBsum]	570	1012	1.775
1uw6_NCT（ニコチン） [PDBsum]	870	530	0.609	200	165	0.825
1vot_HUP（フペルジンA） [PDBsum]	900	892	0.991	300	243	0.810
1vxr_VX（VX代謝物） [PDBsum]	720	427	0.593	80	205	2.563

●1wua_AP8～

初期表示は1wua_AP8

データ（）はLigand名	O'(R)	I'(R)	I'/O'	O	I	I/O
データ（）はLigand名	SITE			Ligand
1wua_AP8（アプリロニンA） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 2）　Binding-surface選択	1120	1020	0.911	1180	860	0.729
1x7r_GEN（ゲニステイン） [PDBsum]	750	527	0.703	300	427	1.423
1xg0_PEB（フィコエリスロビリン） [PDBsum]	1170	1750	1.496	660	768	1.164
1xzx_T3（甲状腺ホルモンT₃／トリヨードチロニン／トリヨードサイロニン） [PDBsum]	1100	822	0.747	540	400	0.741
1y0x_T44（甲状腺ホルモンT₄／チロキシン／サイロキシン） [PDBsum]	1000	802	0.802	620	410	0.661
1yet_GDM（ゲルダナマイシン） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 1）　Binding-surface選択	880	1225	1.392	580	730	1.259
1yf4_vasopressin（バソプレシン） [PDBsum] バソプレシン（B鎖）選択	1040	1697	1.632	{640}	{770}	{1.203}
1zhy_CLR（コレステロール） [PDBsum]	880	1140	1.295	530	142	0.268
1zsh_IHP（IP₆） [PDBsum]	420	420	1.000
1zxv_MFM（C17H12ClNO4S2） [PDBsum]	[530]	[827]	[1.560]
220l_BNZ（ベンゼン） [PDBsum]	700	180	0.257	120	15	0.125
2a3r_LDP（ドーパミン） [PDBsum]	840	729	0.868	160	285	1.781
2ajv_COC（コカイン） [PDBsum]	990	680	0.687	340	225	0.662
2aot_2PM（ジフェンヒドラミン） [PDBsum]	1290	1055	0.818	340	120	0.353
2arm_OIN（アトロピン） [PDBsum]	820	912	1.112	340	265	0.779
2b1q_TRE（トレハロース） [PDBsum]	590	1430	2.424	240	880	3.667
2c4a_SIA（シアル酸；ノイラミニダーゼ） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 1）　Binding-surface選択	1040	1795	1.726	220	880	4.000
2c5c_01# [PDBsum]	1040	1295	1.245
2drd_MIY（ミノサイクリン） [PDBsum]	530	430	0.811	460	919	1.998
2e2r_2OH（ビスフェノールA） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 7）　Binding-surface選択	870	690	0.793	300	230	0.767
2e75_BCR（β-カロテン） [PDBsum]	1120	290	0.259	800	42	0.053
2f10_BCZ（ペラミビル） [PDBsum]	790	1100	1.392	300	670	2.233
2f92_AHD（アレンドロネート） [PDBsum] ※アレンドロネート近傍にZnイオン3個結合	500	845	1.690	－	－	－
2f9w_PAU（パントテン酸） [PDBsum]	650	1135	1.746	180	550	3.056
2frv_Ni（ニッケル-鉄） [PDBsum｜PDBj今月の分子]	240	80	0.333	－	－	－
2gbx_BNL（ビフェニル） [PDBsum]	530	702	1.325	240	30	0.125
2gvm_LDA308 [PDBsum]	220	350	1.591	280	250	0.893
2ha3_CHT（コリン） [PDBsum]	480	647	1.348	100	350	3.500
2ha4_ACH（アセチルコリン） [PDBsum]	880	505	0.574	140	460	3.286
2hkk_ALE（アドレナリン） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 2）　Binding-surface選択	360	615	1.708	180	385	2.139
2hre_PP9（プロトポルフィリンIX） [PDBsum]	2270	1434	0.632	680	662	0.974
2hu0_G39（GS4071） [PDBsum]	760	1490	1.961	280	450	1.607
2icq_N2O（亜酸化窒素／一酸化二窒素） [PDBsum]	420	235	0.560	－	－	－
2iga_FE2（Fe(II)イオン） [PDBsum]	260	604	2.323	－	－	－
2ito_IRE（ゲフィチニブ） [PDBsum]	730	670	0.918	485	440	0.907

●2kdh_KDH～

初期表示は2kdh_KDH

データ（）はLigand名	O'(R)	I'(R)	I'/O'	O	I	I/O
データ（）はLigand名	SITE			Ligand
2kdh_KDH（エピガロカテキンガレート〔EGCG〕） [PDBsum]	570	50	0.088	440	935	2.125
2o7i_CBI（セロビオース） [PDBsum]	1390	1145	0.824	240	880	3.667
2o9e_Hg（水銀イオン） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 1-4）　Binding-surface選択 ※SITEデータにはHg追加，CleftsデータはHgの順序番号変更	80	250	3.125	－	－	－
2oty_YAN（1,2-ジクロロベンゼン） [PDBsum]	450	35	0.078	200	35	0.175
2p1p_IAC（インドール酢酸；オーキシンの例） [PDBsum]	820	630	0.768	200	280	1.400
2p7g_2OH（ビスフェノールA） [PDBsum]	870	690	0.793	300	230	0.767
2pgz_COC（コカイン） [PDBsum]	1120	950	0.848	340	225	0.662
2ph9_GNT（ガランタミン） [PDBsum]	660	675	1.023	340	257	0.756
2pwb_COU（クマリン） [PDBsum]	250	602	2.408	180	112	0.622
2qd5_PP9（プロトポルフィリンIX） [PDBsum]	[1660]	[1214]	[0.731]
2qoe_448（C17H17F6N5O） [PDBsum]	830	912	1.099	370	485	1.311
2qwk_G39（GS4071） [PDBsum]	1060	1995	1.882	280	450	1.607
2rfz_CTR（セロトリオース） [PDBsum]	1300	2207	1.698	360	1230	3.417
2rh1_CAU（(S)-カラゾロール） [PDBsum]	1410	1400	0.993	350	365	1.043
2rh1_CLR（コレステロール） [PDBsum]	[600]	[425]	[0.708]	530	142	0.268
2tio_HEX（シクロヘキサン） [PDBsum] PDBsumデータからSO4削除	[100]	[400]	[4.000]	120	10	0.083
2v0z_C41（アリスキレン） [PDBsum]	1070	1445	1.350	600	645	1.075
2v9c_MRE（メチルレッド） [PDBsum]	[550]	[335]	[0.609]
2vn0_TDZ（トログリタゾン） [PDBsum]	870	870	1.000	520	410	0.788
2vq6_FP1（2-PAM） [PDBsum] ※SITEに硫酸イオン含む	[460]	[447]	[0.972]	140	256	1.829
2vss_V55（バニリン） [PDBsum] PDBsumデータからアセチルCoA削除	[810]	[825]	[1.019]
2wnc_TKT（トロピセトロン） [PDBsum]	1020	930	0.912	340	280	0.824
2wom_ZZE（UK-453061） [PDBsum]	1430	1002	0.701	380	430	1.132
2xrx_BNL（ビフェニル） [PDBsum]	770	699	0.908	240	30	0.125
2xsh_DC5（2,6-ジクロロビフェニル） [PDBsum]	590	789	1.337	320	50	0.156
2yve_MBT（メチレンブルー） [PDBsum]	[880]	[675]	[0.767]
2z9y_DDR（ジアシルグリセロール；C10） [PDBsum]	1320	1422	1.077	460	220	0.478
2zd1_T27（リルピビリン，TMC-278） [PDBsum]	1350	952	0.705	480	467	0.973
2zju_IM4（イミダクロプリド） [PDBsum]	910	630	0.692	290	385	1.328
2zjw_REF（エラグ酸） [PDBsum]	590	235	0.398	280	620	2.214
2zkc_BPZ（ビスフェノールZ） [PDBsum]	1010	705	0.698	360	240	0.667
2zp1_IYR（3-ヨードチロシン） [PDBsum]	750	895	1.193	260	345	1.327
2zsh_GA3（ジベレリンA₃） [PDBsum]	1300	1370	1.054	380	464	1.221
2zu4_ZU3（TG-0204998） [PDBsum]	1320	1893	1.434	610	1045	1.713
2zye_KNI（KNI-272） [PDBsum] PDBsumデータにH・D原子追加 ※異常表示防ぐために一部H・D原子割愛	900	815	0.905	－	－	－

●3aic_ACR～

初期表示は3aic_ACR

データ（）はLigand名	O'(R)	I'(R)	I'/O'	O	I	I/O
データ（）はLigand名	SITE			Ligand
3aic_ACR（アカルボース） [PDBsum]	860	1777	2.066	500	1512	3.024
3c2r_PHT（フタル酸） [PDBsum]	580	1112	1.917	160	315	1.969
3ck0_angiotensinII（アンギオテンシンII） [PDBsum] アンギオテンシンII（P鎖）選択	1230	1557	1.266	{670}	{632}	{0.943}
3ckl_STL（リスベラトロール） [PDBsum]	1000	827	0.827	280	332	1.186
3ckz_ZMR（ザナミビル） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 1）　Binding-surface選択	1360	2550	1.875	240	872	3.633
3cl0_G39（GS4071） [PDBsum] 参考 Cleftsデータ追加（Binding-surface 1）　Binding-surface選択	1220	2210	1.811	280	450	1.607
3cl2_G39（GS4071） [PDBsum]	1020	1820	1.784	280	450	1.607
3cs9_NIL（ニロチニブ） [PDBsum]	1350	740	0.548	575	710	1.235
3d6z_RHQ（ローダミン6G） [PDBsum]	1190	750	0.630	560	607	1.084
3d73_NBB（N-ブチルベンゼンスルホンアミド） [PDBsum]	710	185	0.261	200	255	1.275
3d90_NOG（レボノルゲストレル／ノルゲストレル） [PDBsum]	1100	800	0.727	420	210	0.500
3ddy_RBF（リボフラビン） [PDBsum]	610	1220	2.000	340	880	2.588
3erd_DES（DES） [PDBsum]	960	567	0.591	360	232	0.644
3ert_OHT（4-ヒドロキシタモキシフェン） [PDBsum]	1100	925	0.841	520	237	0.456
3f0p_HG（水銀イオン） [PDBsum] ※SITEデータにHg追加	160	190	1.188	－	－	－
3fkx_IBP（イブプロフェン） [PDBsum]	350	515	1.471	250	165	0.660
3g5d_1N1（ダサチニブ） [PDBsum]	1050	795	0.757	520	805	1.548
3gm0_B41（MDMA） [PDBsum]	1320	1137	0.861	220	135	0.614
3hlf_SIM（シンバスタチン） [PDBsum]	1270	1045	0.823	500	434	0.868
3i5o_5BGC（セロペンタオース） [PDBsum]	1710	1435	0.839	600	1930	3.217
3jrq_A8S（アブシシン酸／アブシジン酸） [PDBsum]	1150	672	0.584	300	331	1.103
3kwy_T9T（トリフェニルスズ） [PDBsum]	850	202	0.238	370	95	0.257
3l0f_CYC（フィコシアノビリン） [PDBsum]	1620	1550	0.957	660	770	1.167
3l2t_RLT（ラルテグラビル） [PDBsum]	[460]	[975]	[2.120]	405	912	2.252
3l2u_ELV（エルビテグラビア） [PDBsum]	[420]	[727]	[1.731]	495	462	0.933
3l8w_XAN（キサンチン） [PDBsum]	460	705	1.533	100	435	4.350
3ng5_KDH（エピガロカテキンガレート〔EGCG〕） [PDBsum]	500	470	0.940	440	935	2.125
3osw_XDI（テトラブロモビスフェノールA） [PDBsum]	760	580	0.763	540	270	0.500
3pcv_GTT（グルタチオン） [PDBsum]	750	1075	1.433	240	790	3.292
4at1_ATP（ATP） [PDBsum]	760	755	0.993
5hmg_SIA（シアル酸；ヘマグルチニン） [PDBsum]	720	1047	1.454	220	880	4.000
5prc_ATZ（アトラジン） [PDBsum]	550	580	1.055	190	375	1.974
6ald_2FP [PDBsum]	350	650	1.857	160	1175	7.344

※hydropathy indexは以下を参照；Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105-132(1982)
※log Pは On-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連（参考ページ）
《参考》１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ

Cleft analysisによるアミノ酸分類（データ例：2hkk）

Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine

H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C