◎千田俊哉・福田雅夫,『PCB分解酵素系の構造プロテオミクス』 ─解説1
※参考:千田俊哉・N.Nandhagopal・杉本敬佑,『ビフェニル/PCB分解代謝系の酵素群に関する立体構造的研究』
★表1〜の3次元分子モデルを参照するにはフリーウェアのChimeが必要です。
…以下に収録:大島泰郎・西村善文・横山茂之・中村春木 編,「構造プロテオミクス −蛋白質ネットワークの構造生物学−」,共立出版(2003)
◎千田俊哉,『PCBを分解するタンパク質』 ─解説2
…以下に収録:田之倉優 編,「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く 生物マシーナリー構造生物学の最前線」,クバプロ(2005)
※参考:バイオレメディエーション事例紹介B-1/PCB(環境バイオネット)
図1 PCBの骨格であるビフェニルの上流代謝系と各酵素のサブユニットの結晶構造
※解説1のpp.915-916図1・2およびpp.851口絵2
※参考:ビフェニルおよびその代謝物例の親水性の増大
(Interactive LogKow (KowWin) Demoで調べたlog Pの変化;log Pについては分子と分子の相互作用参照)
化合物 | CAS番号 | log P ? |
---|---|---|
ビフェニル | 92-52-4 | 3.98 |
2,3-ジヒドロキシビフェニル | 1133-63-7 | (2.80) |
安息香酸 | 65-85-0 | 1.87 |
図2 BphCの反応中間体の活性中心
※解説1のp.916図3およびpp.852口絵3を参考にした作図例(左2つ)に1lkdのデータを追加
※→ 上掲分子表示の表2参照 ←
図3 1lkdのリガンド周辺部の酸性・中性〈芳香族〉・塩基性区別とamino色表示のアニメーション
※参考雑誌記事:青木康展,『ベンゼンはなぜ動物には有害か ─毒性研究を広く自然界を見渡して考える』,科学,2007年9月号,pp.986-989
…p.989の「環境を見渡したとき」で微生物による芳香族化合物の分解に言及(関連ブログ記事も参照)
〔左〕2,6-ジクロロビフェニル含むビフェニルジオキシゲナーゼPDBsumデータ2xsh_DC5
〔右〕2-クロロベンゾフラン含むビフェニルジオキシゲナーゼPDBsumデータ2yfl_DC4
ペンタクロロフェノールが結合したPCP分解転写活性化タンパク質PcpR PDBsumデータ4rpn_PCI
※Jmolトピックス参照
※芳香族アミノ酸(Phe,Tyr,Trp);図3で〈芳香族〉として表示
…上掲雑誌記事p.987の「動物のフェニル基は植物に依存している」(タンパク質中の20種類のアミノ酸参照)
有機水銀分解酵素(アルキル水銀リアーゼ,EC.4.99.1.2)MerB 3f0pとPDBsumデータ(Hg追加)
●その他の参考文献・Webサイト
2. ファイトレメディエーション(phytoremediation)
◎吉原利一,『有害元素を植物で取り除く』,バイオニクス,2005年6月号(特集:植物の力をバイオ産業に)
※p.27図2に各種レメディエーションのコストの比較:ファイトレメディエーション=1万〜2.5万ドル/ha,バイオレメディエーション=3万〜5万ドル/ha,物理・化学的な処理=40万〜300万ドル/ha
※参考:上記記事中のメタロチオネインの例(PDB ID 1dmc;植物ではなくアオガニCallinectes sapidus由来)で,●がCd,●はCysの硫黄.
●ファイトレメディエーション関連参考サイト・文献