データ
（ ）はLigand名 |
SITE |
| O'(R) |
I'(R) |
I'/O' |
| Ag |
1aoo_AG（メタロチオネイン） [PDBsum] ※参考：ファイトレメディエーション |
180 |
60 |
0.3333 |
| Ag |
2aw0_AG（銅トランスポーター） [PDBsum] |
140 |
140 |
1.0000 |
Al
（他にMg）
| 1a6e_ADP-AF3（シャペロニン） [PDBsum] |
920 |
945 |
1.0272 |
| As |
1hyv_TTA（トランスフェラーゼ） [PDBsum] |
220 |
600 |
2.7273 |
| As |
1lzk_CAC（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
360 |
532 |
1.4778 |
| As |
2e11_CAC（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
660 |
585 |
0.8864 |
| As |
2jgo_AS（新規タンパ ク質） [PDBsum] |
180 |
60 |
0.3333 |
| As |
2wa7_CAC（構造タンパク質） [PDBsum] |
520 |
245 |
0.4712 |
| Au |
1e3u_AUC（β-ラクタマーゼ） [PDBsum] |
190 |
200 |
1.0526 |
| Au |
1hug_AUC（リアーゼ） [PDBsum] |
370 |
319 |
0.8622 |
| Ca |
1c9u_PQQ（オキシドレダクターゼ） [PDBsum] |
1010 |
1737 |
1.7198 |
| Ca |
1k93_CA（トキシン，リアーゼ／金属結合タンパク質） [PDBsum] |
200 |
650 |
3.2500 |
| Ca |
1su4_CA（カルシウムポンプ） [PDBsum] |
290 |
500 |
1.7241 |
| Cd |
1ca1_CD（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
220 |
454 |
2.0636 |
| Cd |
1dmd_CD（メタロチオネイン） [PDBsum] |
240 |
80 |
0.3333 |
Cd
（他にZn） |
1mt2_CDZ（メタロチオネイン） [PDBsum] |
580 |
280 |
0.4828 |
| Cd |
1n2z_CD（輸送タンパク質） [PDBsum] |
220 |
410 |
1.8636 |
| Cd |
2fj4_CD（金属結合タンパク質） [PDBsum] |
240 |
80 |
0.3333 |
| Cd |
2v4b_CD（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
140 |
450 |
3.2143 |
| Ce |
1ak8_CE（カルモジュリン） [PDBsum] |
220 |
750 |
3.4091 |
| Ce |
1fck_CE（ラクトフェリン） [PDBsum] |
400 |
532 |
1.3300 |
| Co |
1cb7_COB （イソメラーゼ）[PDBsum] |
2030 |
1967 |
0.9690 |
| Co |
1igz_COH （オキシドレダクターゼ）[PDBsum] |
1240 |
1338 |
1.0790 |
| Co |
1req_B12 （イソメラーゼ）[PDBsum] |
2100 |
2437 |
1.1605 |
| Co |
1xrs_B12 （イソメラーゼ）[PDBsum] |
1620 |
1492 |
0.9210 |
| Co |
7req_B12（イソメラーゼ） [PDBsum] |
2160 |
2776 |
1.2852 |
| Cs |
1i0j_CS（DNA）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
Cs
（他にNa） |
3e86_CS（膜タンパク質，NaKチャネル） [PDBsum] |
90 |
100 |
1.1111 |
| Cu |
1aoz_C2O （オキシドレダクターゼ）[PDBsum] |
600 |
1214 |
2.0233 |
| Cu |
1aqr_CU1 （メタロチオネイン）[PDBsum] |
180 |
60 |
0.3333 |
| Cu |
1kcw_O（オキシドレダクターゼ） [PDBsum] |
380 |
858 |
2.2579 |
| Cu |
1wx2_CU（オキシドレダクターゼ／金属輸送，オキシチロシナーゼ） [PDBsum] |
260 |
324 |
1.2462 |
| Cu |
1yew_CU（オキシドレダクターゼ，膜タンパク質） [PDBsum] ※ブログ記事 |
220 |
504 |
2.2909 |
| Er |
3cm6_ER3 （ヒドロラーゼ，アポトーシス，CRN-4）[PDBsum] |
140 |
450 |
3.2143 |
| Eu |
1qsl_EU（DNAポリメラーゼ） [PDBsum] |
140 |
450 |
3.2143 |
| Fe |
1a3n_HEM （酸素輸送）[PDBsum] |
1420 |
906 |
0.6380 |
| Fe |
1a8e_FE （鉄輸送）[PDBsum] |
560 |
922 |
1.6464 |
| Fe |
1ar1_HEA （オキシドレダクターゼ／抗体）[PDBsum] |
1920 |
1818 |
0.9469 |
| Fe |
1bcc_FES （オキシドレダクターゼ，シトクロムbc1，鉄硫黄クラスター Fe2S2）[PDBsum] |
490 |
484 |
0.9878 |
| Fe |
1bej_HEM （ペルオキシダーゼ）[PDBsum] |
1080 |
1434 |
1.3278 |
| Fe |
1dgb_HEM （オキシドレダクターゼ）[PDBsum] |
1540 |
1951 |
1.2669 |
| Fe |
1jb0_SF4（光合成，光化学系I，鉄硫黄クラスター Fe4S4） [PDBsum] ※PDBj今月の分子 |
740 |
490 |
0.6622 |
| Fe |
1og2_HEC （P450）[PDBsum] |
1390 |
1747 |
1.2568 |
| Fe |
1qlb_F3S （オキシドレダクターゼ，鉄硫黄クラスター Fe3S4）[PDBsum] |
680 |
295 |
0.4338 |
| Fe |
1tkp_FE （金属結合タンパク質，バイオミネラル）[PDBsum] ※1TKP全体構造と他のSITE例 |
180 |
452 |
2.5111 |
| Fe |
2b3y_SF4 （リアーゼ）[PDBsum] |
640 |
664 |
1.0375 |
| Fe |
2hmk_FES （ナフタレンジオキシゲナーゼ，鉄硫黄クラスター Fe2S2）[PDBsum] |
680 |
779 |
1.1456 |
| Fe |
2iga_FE2 （オキシドレダクターゼ）[PDBsum] |
260 |
604 |
2.3231 |
| Fe |
2mm1_HEM （酸素輸送，ミオグロビン変異体）[PDBsum] |
1180 |
1061 |
0.8992 |
| Fe |
2wqy_F3S （コハク酸デヒドロゲナーゼ，シトクロムb，鉄硫黄クラスター Fe3S4〈他にFe2S2，Fe4S4も含む〉）[PDBsum] |
840 |
807 |
0.9607 |
| Fe |
2xrx_FES （ビフェニルジオキシゲナーゼ，鉄硫黄クラスター Fe2S2）[PDBsum] |
820 |
949 |
1.1573 |
| Fe |
2xsh_FES （ビフェニルジオキシゲナーゼ，鉄硫黄クラスター Fe2S2）[PDBsum] |
580 |
814 |
1.4034 |
| Fe |
3aek_SF4 （オキシドレダクターゼ，プロトクロロフィリドレダクターゼ）[PDBsum] |
560 |
720 |
1.2857 |
| Fe |
3aeq_SF4 （オキシドレダクターゼ，プロトクロロフィリドレダクターゼ）[PDBsum] |
510 |
530 |
1.0392 |
| Gd |
1okj_GD （ヒドロラーゼ）[PDBsum] |
80 |
190 |
2.3750 |
| Gd |
2hhm_GD （ヒドロラーゼ）[PDBsum] |
220 |
400 |
1.8182 |
| Hf |
1o7t_HF5_le（金属結合タンパク質） [Ligand Explorer] ※PDBsumでなくLigand Explorerデータを読み取り |
(560) |
(1110) |
(1.9821) |
| Hg |
1arm_TRS（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
740 |
1214 |
1.6405 |
| Hg |
1cwt_MMC（細胞周期） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
130 |
20 |
0.1538 |
| Hg |
1czs_PHG（血液凝固，フェニル水銀イオン） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
440 |
570 |
1.2955 |
| Hg |
1g6h_MMC（輸送タンパク質） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
120 |
170 |
1.4167 |
| Hg |
1u19_HG（シグナルタンパク質） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
120 |
220 |
1.8333 |
| Hg |
2hkk_HG（リアーゼ） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
180 |
370 |
2.0556 |
| Hg |
2i7b_HG（トランスフェラーゼ） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
100 |
120 |
1.2000 |
| Hg |
2o9e_HG（膜タンパク質） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加 |
80 |
250 |
3.1250 |
| Hg |
3f0p_HG（リアーゼ） [PDBsum] ※PDBsumデータに Hg 追加，ブログ記事，ファイトレメディエーション |
160 |
190 |
1.1875 |
| Ho |
2olc_HO（トランスフェラーゼ） [PDBsum] ※PDBsumデータに Ho 追加 |
40 |
150 |
3.7500 |
| Ho |
3eeu_HO（ピロホスホヒドロラーゼ） [PDBsum] ※PDBsumデータに Ho 追加 |
120 |
300 |
2.5000 |
| Ir |
3f2t_IRI（RNA，リボスイッチ）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
| La |
1djg_LA（ホスホリパーゼ） [PDBsum] |
120 |
450 |
3.7500 |
| Li |
1nqj_LI （ヒドロラーゼ）[PDBsum] |
100 |
400 |
4.0000 |
| Li |
2cyd_LI （ヒドロラーゼ）[PDBsum] |
290 |
650 |
2.2414 |
| Li |
3b6o_LI （ヒドロラーゼ）[PDBsum] |
140 |
450 |
3.2143 |
| Li |
3c31_LI （膜タンパク質，グルタミン酸レセプター）[PDBsum] |
140 |
150 |
1.0714 |
| Lu |
1qmm_LU（ホスホイノシチド3-キナーゼ） [PDBsum] |
80 |
300 |
3.7500 |
| Mg |
121p_GCP （発ガン遺伝子タンパク質）[PDBsum] |
850 |
1035 |
1.2176 |
| Mg |
1a6e_MG（シャペロニン） [PDBsum] |
40 |
150 |
3.7500 |
| Mg |
1b38_ATP （トランスフェラーゼ）[PDBsum] |
1120 |
1270 |
1.1339 |
| Mg |
1byq_ADP （シャペロン，HSP90）[PDBsum] |
540 |
685 |
1.2685 |
| Mg |
1cxz_GSP （シグナルタンパク質）[PDBsum] |
1000 |
840 |
0.8400 |
| Mg |
1jj7_ADP （タンパク質輸送）[PDBsum] |
470 |
875 |
1.8617 |
| Mg |
1kjy_GDP （シグナルタンパク質）[PDBsum] |
790 |
1690 |
2.1392 |
| Mg |
2gtp_GDP （シグナルタンパク質）[PDBsum] |
840 |
1540 |
1.8333 |
| Mg |
2v4b_MG（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
160 |
502 |
3.1375 |
| Mn |
1cjp_MN （レクチン）[PDBsum] |
220 |
602 |
2.7364 |
| Mn |
1do8_OXL （オキシドレダクターゼ）[PDBsum] |
310 |
660 |
2.1290 |
| Mn |
1phk_ATP （キナーゼ）[PDBsum] |
1000 |
975 |
0.9750 |
| Mn |
1pq3_S2C（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
520 |
1456 |
2.8000 |
| Mn |
1rfw_MW1（オキシドレダクターゼ） [PDBsum] |
660 |
951 |
1.4409 |
| Mn |
1s5l_OEC（光合成，光化学系II，マンガンクラスター） [PDBsum] ※PDBj今月の分子 |
440 |
1054 |
2.3955 |
| Mn |
2axt_OEC（電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） [PDBsum] |
360 |
902 |
2.5056 |
| Mn |
2okn_PI （ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
360 |
904 |
2.5111 |
| Mn |
3a0b_OEC（電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） [PDBsum] |
360 |
902 |
2.5056 |
| Mn |
3bz1_OEC（電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） [PDBsum] |
360 |
902 |
2.5056 |
| Mn |
3dt4_GTP（リアーゼ） [PDBsum] |
1290 |
1557 |
1.2070 |
Mo
（他にFe） |
1min_HCA-CFM（モリブデン鉄タンパク質，ニトロゲナーゼ） [PDBsum] |
1040 |
1134 |
1.0904 |
| Mo |
1r27_MGD（オキシドレダクターゼ） [PDBsum] |
2050 |
3820 |
1.8634 |
| Mo |
2e1q_MTE-MOM（オキシドレダクターゼ，キサンチンオキシドレダクターゼ変異体） [PDBsum] |
950 |
1410 |
1.4842 |
| Na |
2v4b_NA（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
270 |
420 |
1.5556 |
| Na |
3e86_NA（膜タンパク質） [PDBsum] |
40 |
100 |
2.500 |
| Ni |
1a5n_FMT（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
580 |
973 |
1.6776 |
Ni
（他にFe）
| 2frv_NI（オキシドレダクターゼ） [PDBsum] ※PDBj今月の分子，ブログ記事 |
240 |
80 |
0.333 |
| Ni |
2v4b_NI（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
240 |
620 |
2.5833 |
| Os |
3bwf_DWC（トランスフェラーゼ） [PDBsum] |
1000 |
885 |
0.8850 |
| Pb |
1v0d_PB（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
60 |
20 |
0.3333 |
| Pd |
2z5r_PD（金属結合タンパク質） [PDBsum] |
80 |
300 |
3.7500 |
| Pr |
2if5_PR（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
80 |
250 |
3.1250 |
| Pt |
1aio_CPT（DNA）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
| Pt |
1au6_BPT（DNA）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
| Pt |
211d_PTN（DNA）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
| Pt |
2dqa_PT（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
100 |
20 |
0.2000 |
| Pt |
2k0t_1PT（DNA）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
| Pt |
3lpv_CPT（DNA）% [PDBsum] |
0 |
0 |
− |
| Rb |
2dwe_RB（膜タンパク質） [PDBsum] |
140 |
115 |
0.8214 |
| Re |
1b0q_RE（ホルモン，成長因子） [PDBsum] |
300 |
170 |
0.5667 |
| Re |
3ibo_REP（輸送タンパク質） [PDBsum] |
240 |
552 |
2.3000 |
| Ru |
2iwi_HB1（トランスフェラーゼ） [PDBsum] |
860 |
805 |
0.9360 |
| Sm |
2o5w_SM（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
120 |
300 |
2.5000 |
| Sr |
2box_SR（免疫システム） [PDBsum] |
250 |
700 |
2.8000 |
| Tb |
2ojr_TB（ユビキチン） [PDBsum] |
420 |
930 |
2.2143 |
| Te |
1el7_TE（オキシドレダクターゼ，サルコシン酸化酵素） [PDBsum] |
60 |
20 |
0.3333 |
| Tl |
2dwd_TL（膜タンパク質） [PDBsum] |
140 |
115 |
0.8214 |
| U |
1b5i_U1（ペプチド結合タンパク質） [PDBsum] |
100 |
300 |
3.0000 |
| U |
3dgc_U1（サイトカイン／シグナルタンパク質） [PDBsum] |
120 |
300 |
2.5000 |
| V |
1qi9_VO4（オキシドレダクターゼ） [PDBsum] |
600 |
1166 |
1.9433 |
| W |
2ogx_WO3（金属結合タンパク質） [PDBsum] |
80 |
152 |
1.9000 |
| Y |
3h1w_Y1（イソメラーゼ） [PDBsum] |
120 |
300 |
2.5000 |
| Yb |
1nch_YB（細胞接着タンパク質） [PDBsum] |
160 |
450 |
2.8125 |
| Yb |
3fts_YB（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
40 |
150 |
3.7500 |
| Zn |
1a42_BZU（リアーゼ） [PDBsum] |
1240 |
1293 |
1.0427 |
| Zn |
1alh_PO4（ヒドロラーゼ，アルカリホスファターゼ） [PDBsum] |
300 |
744 |
2.4800 |
| Zn |
1a1t_ZN（ウイルスタンパク質／RNA，Znフィンガー） [PDBsum] ※PDBj今月の分子 |
260 |
212 |
0.8154 |
| Zn |
1dtd_GLU（ヒドロラーゼ／ヒドロラーゼ阻害剤，カルボキシペプチダーゼ） [PDBsum] |
770 |
1299 |
1.6870 |
| Zn |
1hcq_ZN（転写／DNA，Znフィンガー） [PDBsum] |
240 |
80 |
0.3333 |
| Zn |
1hug_ZN（リアーゼ） [PDBsum] |
240 |
456 |
1.9000 |
| Zn |
1joc_ZN（膜タンパク質，Znフィンガー） [PDBsum] ※PDBj今月の分子 |
240 |
80 |
0.3333 |
| Zn |
1o86_LPR（メタロプロテアーゼ） [PDBsum] |
1320 |
1588 |
1.2030 |
| Zn |
1o8a_ACT（メタロプロテアーゼ
） [PDBsum] |
440 |
719 |
1.6341 |
| Zn |
1p1v_SO4（オキシドレダクターゼ，スパーオキシドジスムターゼ） [PDBsum] |
520 |
1198 |
2.3038 |
| Zn |
1tmn_CLT-LEU-TRP（ヒドロラーゼ，メタロプロテイナーゼ） [PDBsum] |
1550 |
2036 |
1.3135 |
| Zn |
1u19_ZN（シグナルタンパク質） [PDBsum] |
452 |
420 |
0.9292 |
| Zn |
1ush_CO3（ヒドロラーゼ，5'-ヌクレオチターゼ） [PDBsum] |
320 |
904 |
2.8250 |
| Zn |
1zed_PO3（ヒドロラーゼ，アルカリホスファターゼ） [PDBsum] |
420 |
1194 |
2.8429 |
| Zn |
2f92_AHD（トランスフェラーゼ，アレンドロネート） [PDBsum] |
500 |
845 |
1.690 |
| Zn |
2hgh_ZN（転写／DNA，Znフィンガー） [PDBsum] ※PDBj今月の分子 |
280 |
344 |
1.2286 |
| Zn |
2v4b_ZN（ヒドロラーゼ） [PDBsum] |
240 |
456 |
1.9000 |