◆ 生体分子の構成元素（Jmol版） ◆
★星屑と分子・元素関連ニュース例
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※Jmolコンテンツリスト
《 初期表示は代表的な生体分子群 》
代表的な生体分子 部分選択 → DNA ｜タンパク質 ｜リン脂質 ｜グルコース ｜ATP ※トピック：CHNOAsS型生物発見！
DNA（1d66のChain D・E ※原子別充填表示用加工データ（DNA塩基色表示不可）
タンパク質（アミノ酸20種をα構造で結合した参考データ；上から RKDNEQHPYWSTGAMCFLVI） ※MOLDAで組み立て（詳細）
リン脂質であるレシチンの例（ジステアロイルレシチン）
参考中性脂質のトリグリセリドの例（トリパルミチン）
α-グルコース → 参考（いろいろな甘味分子）
ATP
★以下のデータの元素は，タンパク質に必須なものと，薬剤等として入り込んだものなどがあります。詳細は，RCSB PDBに接続してPDB IDでオリジナル情報を検索してご参照ください。
●Agを含むPDBデータ例
1aoo（Metallothionein）
2aw0のModel 1
●Alを含むPDBデータ例
1a6eのChain A*〔他にF，Mg含む〕
●Asを含むPDBデータ例
1hyv〔他にCl含む〕 → HIVとエイズ
●Auを含むPDBデータ例 → Jmolトピック
1e3uのChain A・C
1hug〔他にZn含む〕
●Brを含むPDBデータ例
1rv1* → 抗がん剤開発
●Caを含むPDBデータ例
1c9uのChain A（PQQを含むタンパク質） Ca選択 → ビタミン
1k93のChain A・D（カルモジュリン，炭疽菌の浮腫因子（EF）） Ca選択 → Calmodulin（RCSB）
1su4（Calcium Pump）*〔他にNa含む〕 Ca選択 → The Calcium Pump（RCSB）
●Cdを含むPDBデータ例
1ca1（ウェルシュ菌α毒素，ガス壊疽）〔他にZn含む〕
1dmd（Metallothionein）のModel 1 → ファイトレメディエーション（Chime版）
1n2zのChain A（Vitamin B12 結合タンパク質）〔他にCl含む〕 → ビタミン
2v4b〔ADAMTS-1，他にMg・Na・Ni・Zn含む〕
●Coを含むPDBデータ例
1reqのChain A・B（Vitamin B12含む）
7reqのChain A（Vitamin B12含む）
●Csを含むPDBデータ例
1i0j
3e86（NaKチャネル）〔他にNa，Ca含む〕 ‖ 参考データ（PQSによる4量体）： Chain A × 4*
●Cuを含むPDBデータ例
1aozのChain A
1c9e〔他にMg含む〕
1spd〔他にZn含む〕
1yewのChain A-C〔他にZn含む〕 His33・137・139（二核銅近傍）選択
●Erを含むPDBデータ例
3cm6（CRN-4，アポトーシス）〔他にZn含む〕
●Feを含むPDBデータ例 → ヘモグロビン
1hho（human oxyhaemoglobin）のChain A
1o7m（Naphthalene Dioxygenase）のChain A*
1f26 → P450部分データ集
1ezvのChain C（CoQ6 結合タンパク質） → ビタミン
1isaのChain A* → 抗がん剤開発
4hhb（human deoxyhaemoglobin）のChain A
●Gdを含むPDBデータ例
1isr（うま味受容体） グルタミン酸（Ligand）選択
●Hfを含むPDBデータ例
1o7t（鉄結合タンパク質）のChain A・D・G
●Hgを含むPDBデータ例
1cwt（Methyl Mercury含む）〔他にCl含む〕 → 水俣病の化学（Chime版）
1g6h〔他にMg含む〕 → 抗がん剤開発
1u19（ウシロドプシン）〔他にZn含む〕
2hkk（炭酸脱水酵素，アドレナリン／エピネフリン）〔他にZn含む〕
2i7b（B型血液型，糖転移酵素）
2o9e（アクアポリンZ）
●Hoを含むPDBデータ例
2olc（5-Methylthioribose kinase）のChain A
●Iを含むPDBデータ例
1xzx（3,5,3'-トリヨードチロニン（甲状腺ホルモン，T3）と受容体）〔他にAs含む〕
1y0x（チロキシン（甲状腺ホルモン，T4）と受容体）〔他にAs含む〕 → 甲状腺ホルモンと受容体
●Irを含むPDBデータ例
3d0u*（RNA，リボスイッチ，ヘキサアンミンイリジウム(III)塩）
●Kを含むPDBデータ例
1bl8（イオンチャネルタンパク質の例） → 2003年ノーベル化学賞（Chime版）
1w22のChain A*〔他にZn含む〕 → 抗がん剤開発
2hjf* ‖ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A・B・C × 4 ｜ Chain C × 4
●Krを含むPDBデータ例
5fst（リゾチーム）〔他にCl，Na含む〕 → Jmolトピック
●Liを含むPDBデータ例
3c31（グルタミン酸レセプター）〔他にCl含む〕
●Luを含むPDBデータ例
2qmi（ペニシリン結合タンパク質ホモログ，パイロコッカス・アビシ）
●Mgを含むPDBデータ例
1qs4のChain A〔他にCl含む〕 → HIVとエイズ
821p → 抗がん剤開発
●Mnを含むPDBデータ例
1a5v* → HIVとエイズ
1o6k → 抗がん剤開発
2adp（SOD）〔他にK含む〕
●Moを含むPDBデータ例
1fiq（キサンチンオキシダーゼ）〔他にFe含む〕
1g20（ニトロゲナーゼ）のChain A・B・E・F〔他にFe，Ca含む〕
1ogp（亜硫酸オキシダーゼ）のChain A・B〔他にCs含む〕
1v97（キサンチンデヒドロゲナーゼ）のChain A〔他にFe，Ca含む〕
●Niを含むPDBデータ例
1e9z（ウレアーゼ）*
2frvのChain S・L*（ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）〔他にFe，Mg含む〕
3b52（一酸化炭素脱水素酵素）〔他にFe含む〕
●Osを含むPDBデータ例
2ckyのChain A（RNA，リボスイッチ，チアミン二リン酸（TPP））〔他にMg含む〕
●Pbを含むPDBデータ例
1b6g〔他にCl含む〕 CSB（Pb含む）選択
1v0d*〔他にMg，Zn含む〕
●Pdを含むPDBデータ例
2z5r*（フェリチン）〔他にCd含む〕 ‖ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A × 24
3c6sのChain A・B
●Prを含むPDBデータ例
2if5
●Ptを含むPDBデータ例
1au6
211d*
2dqa（日本種アサリのリゾチーム）
2k0t（オキサリプラチン，DNA）
●Rbを含むPDBデータ例
2dwe*〔2dwdではTl含む〕 ‖ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A・B・C × 4 ｜ Chain C × 4
3b8eのChain A・B・G（Na-Kポンプ）〔他にF，Mg含む〕
●Reを含むPDBデータ例
2i7o*〔他にCu含む〕
●Ruを含むPDBデータ例
2hto*
2iwiのChain A
●Seを含むPDBデータ例
1gp1（グルタチオンペルオキシダーゼ）のChain A SEC（Se含む）選択
3adb（tRNASec・PSTK複合体） selenocysteine（Se含む）選択
●Siを含むPDBデータ例
1nd0のChain A・B・C・D
●Smを含むPDBデータ例
2o5w*
●Srを含むPDBデータ例
2box〔他にCl含む〕
●Tbを含むPDBデータ例 → Jmolトピック
6frmのChain A
●Teを含むPDBデータ例
1el7のChain A（サルコシン酸化酵素）〔他にCl含む；Arg154，Ser179，Asn250，Lys381，LigandのMTDは座標2種のうちAのみ〕
●Tlを含むPDBデータ例
2dwd*〔2dweではRb含む〕
●Uを含むPDBデータ例
1b5i
3dgc〔他にCl含む〕
●Vを含むPDBデータ例
1qi9（Bromoperoxidase）*〔他に I 含む〕
1vnc（Chloroperoxidase）*
●Wを含むPDBデータ例 → タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
2ogx（窒素固定菌のMo貯蔵タンパク質）〔他にMg含む〕
●Xeを含むPDBデータ例
2b2j*（AMT1型アンモニウム輸送体） ‖ 参考データ（PQSによる複合体構造）： Chain A × 3
●Yを含むPDBデータ例
3h1w（マンノース-6-リン酸イソメラーゼ）〔他にZn含む〕
●Ybを含むPDBデータ例
1nch
3fts（ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ，リスベラトロール）〔他にZn含む〕
●Znを含むPDBデータ例
1hl4（Superoxide Dismutase）のChain A*
1hcqのChain A・B・C・D（Zinc Finger含む）
1l3eのModel 1 → 抗がん剤開発
1q5wのModel 1（Zinc Finger含む） → ユビキチン（Chime版）
1trz*（インスリン）〔他にCl，Na含む〕 ｜ Chain A・B → Insulin（RCSB）
●星屑と分子・元素関連ニュースに掲載の分子例
フルオランテン（fluoranthene）
メタントリオール（methanetriol）
2-メトキシエタノール（2-methoxyethanol）
メバロン酸（mevalonic acid）
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