アルツハイマー病関連PDBデータ例
《以下 旧記事》
初期表示はドネペジル(塩酸ドネペジルが商品名アリセプト)
ドネペジル(donepezil)および同分子結合ヒトアセチルコリンエステラーゼ例6o4wのChain AとそのPDBsumデータ
初期表示はアルツハイマー病のアミロイドβ線維2mxuのModel 1
& Acetylcholinesterase: A gorge-ous enzyme(PDBe)参照;Jmolトピックスでも紹介
42残基のアミロイドβ線維2mxuおよび5kk3のModel 1(いずれも残基番号11-42)
[左]アミロイドβ2naoのModel 1(残基番号1-42 → PNAS論文)
[右]アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質6shs(残基番号1-40 → Nature Communications論文)
アミロイドβ 2naoのアミノ酸配列 → アミノ酸の親水性・疎水性
I/O値順着色
Asp
Ala
Glu
Phe
Arg
His
Asp
Ser
Gly
Tyr
Glu
Val
His
His
Gln
Lys
Leu
Val
Phe
Phe
Ala
Glu
Asp
Val
Gly
Ser
Asn
Lys
Gly
Ala
Ile
Ile
Gly
Leu
Met
Val
Gly
Gly
Val
Val
Ile
Ala
酸性・中性〈芳香族〉・塩基性区別
Asp
Ala
Glu
Phe
Arg
His
Asp
Ser
Gly
Tyr
Glu
Val
His
His
Gln
Lys
Leu
Val
Phe
Phe
Ala
Glu
Asp
Val
Gly
Ser
Asn
Lys
Gly
Ala
Ile
Ile
Gly
Leu
Met
Val
Gly
Gly
Val
Val
Ile
Ala
アミロイドイメージング剤18F-AV-45が結合したアミロイドβ8kf1(残基番号9-42;論文未出)とそのPDBsumデータ(18FのI/Oは通常のFで計算)
アミロイドβ線維E22G変異体8j47(残基番号12-40) → 理研プレスリリース(2024/08/30)
※参考データ:AlphaFold3構造[左]ドナネマブ(Donanemab)のFASTA形式アミノ酸配列〈Chain A・B;Donanemab - KEGG DRUGの重鎖・軽鎖〉と
アミロイドβ線維例2naoのアミノ酸配列を3件〈Chain C・D・E〉結合させた計算構造
[右]上記条件でのAlphaFold ServerのおけるFASTA形式アミノ酸配列データ入力と計算結果表示
→ AlphaFold3構造の求め方
左から アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント(Paired helical filament)5o3l《Chain A-J,305-379》,
空胞タウオパチー(Vacuolar tauopathy)9eroおよび同データのAlphaFold3構造;model_0)《Chain A・B,1-441;305-379を球表示》,AlphaFold3サイトでの計算結果表示(下段はFASTA形式アミノ酸配列)
前頭側頭葉変性症(FTLD)患者からのTAF15アミロイドフィラメント8ons
(残基番号7-99 → Nature論文) | Jmolトピック(FTLD関連)
C型FTLD-TDPにおけるANXA11とTDP-43のヘテロ型アミロイド線維9for
→ Nature論文 | 東京都精神医学総合研究所プレスリリース
左から 治療薬候補PF-06840003,PF-06840003が結合したインドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1(IDO1)構造例6pz1のChain AとそのPDBsumデータ
Science論文(2024/08/23) | 同論文紹介ブログ記事
→ 参考:IDO1関連Jmolトピック
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!
■参考情報
リバスチグミン(左)とガランタミン(右)
参考:TDP43(TDP-43)のPDBデータ例2cqgのModel 1(他に1wf0)
LI>水素で作る抗アルツハイマー薬 ――副産物は水のみ。未来の医薬品生産へ――(東京大学,2024/09/06) [NEW!] ※“水素を使う化学変換を基軸とする環境調和型化学品生産のコンセプトを、抗アルツハイマー薬ドネペジルの連続合成で実証”。
T-817MA
【参考】治験中のタウタンパク質凝集阻害剤TRx0237(商品名 LMTX)についての情報例
参考:タウタンパク質ペプチド(球棒表示)と14-3-3σタンパク質(針金表示)の構造例;PDBデータ4fl5のChain A・P
※Tau protein - Wikipedia | 14-3-3 protein
薬理色素NK-4(キノリン骨格3核シアニン系色素;2つのI-1は略)
参考:BDNFの構造例1bnd
(海外ニュースに掲載)
阻害剤OM00-3(Chain C)が結合したβ-セクレターゼ1m4hのChain A
(トピックス分子に掲載)
β-セクレターゼ BACE1のpH 5.0における構造2zhrのA鎖・C鎖(阻害剤OM99-2;空間充填部分含む):球棒はAsp32・Asp228
※pH 4.0は2zhs,pH 4.5は2zht,pH 5.0(阻害剤なし)は2zhu,pH 7.0は2zhv
L-ホモシステイン酸(homocysteic acid,2-アミノ-4-スルホブタン酸;分子上掲)
カルノシン酸(carnosic acid;Chime分子)
コレステロール(cholesterol;Chime分子)
プロスタグランジンD2(Chime分子;プロスタグランジン分子データ集,アルツハイマー病治療薬参照)
番組中で紹介された治験中の新薬トラミプロセート(tramiprosate;3-amino-1-propanesulfonic acid)
Protein Fibrilの例2begのModel 1〔左〕とそのChain A〔右〕
参考:ソマトスタチン〔左〕とβアミロイド分解酵素ネプリライシンの構造例1r1h〔右〕
同研究による糖鎖識別ユビキチン連結酵1umi(糖鎖GlcNAc×2と近傍Phe177・Tyr279・Trp280・Lys281を強調)
※参考:古川鋼一ほか 編,「波及・深化する糖鎖研究」,羊土社(2007),表紙・巻頭カラー図17・p.232図1
NHKスペシャル「シリーズ 認知症 その時、あなたは 第1回」放映前後のアクセス状況