［左］Aibモノオキシゲナーゼ 6m2i　［右］2-アミノイソ酪酸（2-aminoisobutyric acid，AIB）

hERGチャネル（カリウムチャネルの一種）7cn1

アステミゾール（astemizole）が結合したhERGチャネル8zyoとPDBsumデータ（A・B構造のうちA構造）

    
［左・中］cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol）とその有機概念図上の位置　［右］イリドミルメシン（iridomyrmecin；マタタビラクトンの例）

      
左から： β-エンドルフィン（β-endorphin），ナロキソン（naloxone），モルヒネ（morphine），ドーパミン／ドパミン（dopamine）

  
μオピオイド受容体構造例5c1mとそのPDBsumデータ（アゴニストBU72結合；別リガンド結合の4dklとの比較）

左から： デュロキセチン（duloxetine），ベンラファキシン（venlafaxine），ミルナシプラン（milnacipran）

  
(S)-デュロキセチンが結合したアミントランスポーター4mm6とそのPDBsumデータ

ブファリン（bufalin）が結合したNa⁺/K⁺-ATPase 7d94のChain A・B・GとそのPDBsumデータ（同じブファリン結合の7ddl，ジギトキシン結合の7ddi，ウアバイン〈ウワバイン〉結合の7ddjとの比較）

  
［左・中］ピセアタンノールが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1（DAPK1）7ccvとPDBsumデータ（レスベラトロール結合の7ccwとの比較）　［右］ピセアタンノール（piceatannol）

イソリキリチゲニン誘導体（compound 10）が結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1（DAPK1）9inxとPDBsumデータ　→ アルツハイマー病治療薬

  
別研究から： ［左］KPMF-8（quercetin 3,5,7,3',4'-pentamethyl ether）　［右］レスベラトロールが結合したサーチュイン1（SIRT1） 5btrのChain DとPDBsumデータ

セルロース合成酵素6wlbのChain AとそのPDBsumデータ

アミロース（amylose）とセルロース（cellulose）　→ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型）

阻害剤が結合したβ-L-アラビノフラノシダーゼ（HypBA1）7difとそのPDBsumデータ（Cys417については東京大学プレスリリース参照）

  
ビニレン構造を有する含フッ素メタクリレート例の繰り返し単位構造

  
PFOA（左）とPTFE（右，テフロン）

  
トリブチルスズが結合したプレグナンX受容体（PXR）7axgとそのPDBsumデータ（同じ研究による別リガンドのPDBsumデータ例〈それぞれ(+)cis-クロルデン，クロトリマゾール，エンドスルファン，フェルチニン，フィプロニル，プレチラクロール，α-ゼアララノール〉との比較）

参考PDBsumデータ図：左4件はデハロペルオキシダーゼB ビスフェノールE結合8dog，ビスフェノールE結合8doh〈座標A・BのA〉，2,2'-ビスフェノール結合8doi，3,3'-ビスフェノール結合8doj，
右端がプレグナンX受容体（PXR）で2,2'-ジクロロビスフェノールA結合8cct　→ 別トピック参照