◆ Jmolで見るトピックス分子（12-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 光合成光化学系I複合体の構造を解明　〜光エネルギーの高効率利用に前進〜（SPring-8，2015/05/29）

    PDBデータ 4xk8のChain A-L・1-4（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体；PSI-LHCI）
    ［Glucose transporter - Wikipedia，Symporter - Wikipedia］

    		4xk8のChain A-L・1-4（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体）　　同色素（クロロフィル，カロテノイド等）と鉄硫黄クラスターのみ　CLA（クロロフィルa）選択　CHL（クロロフィルb）選択　SF4（Fe4S4）選択　
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    4xk8のChain A-L・1-4（左）とその色素と鉄硫黄クラスター（右）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2015/06/10 新規公開データより：4u8u The Crystallographic structure of the giant hemoglobin from Glossoscolex paulistus at 3.2Å resolution

    PDBデータ 4u8uの168量体（Chain A-s×4，α炭素とリガンドのみ；Glossoscolex paulistusの巨大ヘモグロビン）

    		4u8uの168量体（Chain A-s×4，α炭素のみ；Glossoscolex paulistusのヘモグロビン）　同PDBsumデータ4u8u_HEM[201(A)]$
    ※参考：チューブワーム由来ヘモグロビン1yhu（左）とヒトヘモグロビン1hho（4量体；右）の同時表示
    　PDBsumデータ1hho_HEM[143(A)]$　　→ チューブワーム関連データのSITE例
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］Glossoscolex paulistusの巨大ヘモグロビン4u8uの168量体（Chain A-s×4）　［右］4u8uとヒトヘモグロビン1hhoのPDBsumデータ比較

    Glossoscolex paulistus（g.p.と略記）とヒトのヘモグロビンのヘモグロビンのアミノ酸配列比較（何れもChain A）　※ヒトは2hhbより
    → いろいろな生物のヘモグロビンのアミノ酸配列比較
    g.p.（1-50） Asp Asp Asp Cys Cys Ser Ala Glu Asp Arg Arg Glu Ile Gln His Ile Trp Asp Thr Val Trp Ser Ser Ser Phe Thr Asp Arg Lys Val Ala Ile Ala Gly Ala Val Phe Lys Asp Leu Phe His His Tyr Pro Ser Ala Lys Gly Leu
    ヒト（1-50） Val Leu Ser Pro Ala Asp Lys Thr Asn Val Lys Ala Ala Trp Gly Lys Val Gly Ala His Ala Gly Glu Tyr Gly Ala Glu Ala Leu Glu Arg Met Phe Leu Ser Phe Pro Thr Thr Lys Thr Tyr Phe Pro His Phe Asp Leu Ser His
    g.p.（51-100） Phe Glu Arg Val Lys Val Ala Glu Pro Asp Ser Gly Glu Tyr His Ser His Leu Val Arg Val Ala Asn Gly Leu Asp Leu Leu Ile Asn Leu Phe Gln Asp Thr Gln Val Leu Asp Lys Gln Leu Ala His Leu Ala Glu Gln His Ile
    ヒト（51-100） Gly Ser Ala Gln Val Lys Gly His Gly Lys Lys Val Ala Asp Ala Leu Thr Asn Ala Val Ala His Val Asp Asp Met Pro Asn Ala Leu Ser Ala Leu Ser Asp Leu His Ala His Lys Leu Arg Val Asp Pro Val Asn Phe Lys Leu
    g.p.（101-150） Leu Arg Lys Gly Val Thr Gln Gln Phe Phe Lys Gly Ile Gly Glu Ser Phe Ala Arg Val Phe Pro Gln Val Ser Ser Cys Phe Asn Leu Glu Ala Trp Asn Arg Cys Phe His Thr Leu Ala Asp Arg Ile Ser Arg Asp Leu Pro His
    ヒト（101-141） Leu Ser His Cys Leu Leu Val Thr Leu Ala Ala His Leu Pro Ala Glu Phe Thr Pro Ala Val His Ala Ser Leu Asp Lys Phe Leu Ala Ser Val Ser Thr Val Leu Thr Ser Lys Tyr Arg

  3. 食べ物の「コク」、秘密の一端を解明、味の素の研究グループが報告　コク感じるのは「カルシウム感知受容体」（Medエッジ，2015/03/15）

    初期表示はγ-グルタミルバリルグリシン（γ-glutamyl-valyl-glycine；γ-Glu-Val-Gly）

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 グルタミルバリルグリシン（γ-Glu-Val-Gly）
    グルタチオン（glutathione）


    グルタミルバリルグリシン（γ-Glu-Val-Gly）

  4. Medエッジ「殺虫剤とADHDが関連、リスクが3倍に　家庭内のピレスロイド系殺虫剤が影響か（Medエッジ，2015/06/16）

    初期表示は3-PBA（3-phenoxybenzoic acid；3-フェノキシ安息香酸）

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 3-PBA（3-フェノキシ安息香酸）
    ●天然ピレスロイド
    ピレトリンI（pyrethrin I）
    ピレトリンII（pyrethrin II）
    シネリンI（cinerin I）
    シネリンII（cinerin II）
    ジャスモリンI（jasmolin I）
    ジャスモリンII（jasmolin II）
    ●合成ピレスロイド
    アレスリンI（allethrin I）の例（異性体あり）
    アレスリンII（allethrin II）の例（異性体あり）
    エトフェンプロックス（etofenprox）
    シラフルオフェン（silafluofen）
    デルタメトリン（deltamethrin）
    ペルメトリン（permethrin）
    メトフルトリン（metofluthrin）の例（異性体あり）
    トランスフルトリン（transfluthrin）の例（異性体あり）


    ピレスロイド系殺虫剤例デルタメトリン（deltamethrin）のとその代謝物例3-PBA（3-フェノキシ安息香酸）

  5. RCSB PDB 2015/06/17 新規公開データより：4qry the ground state and the N intermediate of pharaonis halorhodopsin in complex with bromide ion

    PDBデータ 4qry（ハロロドプシン）
    ［Halorhodopsin - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A-C鎖選択　E-G鎖選択　BRとRET（Br-とレチナール）選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4qry

  6. RCSB PDB 2015/06/24 新規公開データより：5aun Crystal structure of the HypAB-Ni complex　※他に5auo，5aup，5auq公開。

    PDBデータ 5aunの4量体（Chain A-B×2；HypAB-Ni複合体）

    		 5aunの4量体（Chain A-B×2；HypAB-Ni複合体）　同PDBsumデータ5aun_NI$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖選択　NI（Ni）選択　ADP選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    HypAB-Ni複合体5aunの4量体（Chain A-B×2）とそのPDBsumデータ（Niイオン）

  7. RCSB PDB 2015/07/01 新規公開データより：4tl7 Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC　※他に4tl6・4tl9-4tle公開。

    PDBデータ 4tl7（時計タンパク質KaiCのN末端ドメイン）
    ［KaiC - Wikipedia，Circadian rhythm - Wikipedia］

    		4tl7（時計タンパク質KaiC）　同PDBsumデータ4tl7_ATP$
    ※参考（別研究によるKaiC構造例）
    7v3xのChain P・Q（時計タンパク質KaiC）　ADP選択
    1tf7（時計タンパク質KaiC）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖選択　ATP選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    時計タンパク質KaiCのN末端ドメイン4tl7（空間充填表示がATP）とそのPDBsumデータ（ATP + Mg2+）


    時計タンパク質KaiC 7v3xのChain P・Q

  8. 今月の分子 187: ニューデリー メタロβラクタマーゼ（New Delhi Metallo-β-Lactamase, NDM-1）（PDBj，2015/07） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※“ここに示す構造(PDBエントリー 4eyl )は、高度先進型の カルバペネム系抗生物質 (carbapenem antibiotic)を分解した直後の酵素”の4eylを以下に。

    PDBデータ 4eylのChain A（ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1，NDM-1）
    ［New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - Wikipedia，Carbapenem-resistant enterobacteriaceae - Wikipedia］

    		4eylのChain A（ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1，NDM-1）　同PDBsumデータ4eyl_0RV$（Znイオン2個含む）　0RV選択
    3q6xのChain A（NDM-1）　同PDBsumデータ3q6x_ZZ7$（Znイオン2個含む）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    加水分解されたメロペネム（meropenem）が結合したニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1（NDM-1）構造例4eylのChain AとそのPDBsumデータ

  9. RCSB PDB 2015/07/08 新規公開データより：4z5r Rontalizumab Fab bound to Interferon-a2

    PDBデータ 4z5rのChain A・B・N（インターフェロンα2に結合したrontalizumabのFabフラグメント）
    ［Rontalizumab - Wikipedia，Interferon alfa - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    N鎖（インターフェロンα2）選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    インターフェロンα2に結合したrontalizumabのFabフラグメント4z5rのChain A・B・N

  10. CAS番号の登録が1億個突破！（Chem-Station，2015/07/10）

    CAS登録番号 1786400-23-4 の化合物（C33H37ClN6O4Si；CAS登録1億件目）
    ［CAS Registry Number - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    CAS RN 1786400-23-4（左）とCASトップページ（右，2015/07/13）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」