◆ Jmolで見るトピックス分子（10-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorerで閲覧できます。

  1. 新刊：中村春木 編，「見てわかる構造生命科学　生命科学研究へのタンパク質構造の利用」，化学同人(2014)　※pp.179-198がGPCR，p.192のβ2アドレナリン受容体（GPCR例）PDB 3P0Gを以下に。

    PDBデータ 3p0g（活性状態のβ2アドレナリン受容体；ナノボディとしてラクダの抗体分子が結合）
    ［Adrenergic receptor - Wikipedia，G protein-coupled receptor - Wikipedia］

    		3p0g
    同PDBsumデータ 3p0g_P0G（アゴニストBI-167107）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　B鎖（ナノボディ）選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ラクダの抗体分子が結合した活性状態のβ2アドレナリン受容体3p0gとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2014/05/21 新規公開データより：4p7h Structure of Human beta-Cardiac Myosin Motor Domain::GFP chimera

    PDBデータ 4p7hのChain A*（β-心臓ミオシンのモータードメイン；GFPとのキメラタンパク質）
    ［Myosin - Wikipedia，GFP - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    GFP部分（792-1025[1017]）選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
    緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    緑色がGFP部分

  3. IBMが「偶然」開発した画期的ポリマー：リサイクル可能で自己修復する（WIRED.jp，2014/05/21）

    ポリヘキサヒドロトリアジン（polyhexahydrotriazine：PHT）の例（部分構造）
    ［Polyhexahydrotriazine - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  4. 新刊：仲野 徹，「エピジェネティクス　―新しい生命像をえがく」，岩波新書(2014)　※一部キーワードに関係するデータ例を以下に（過去トピックの再掲データ含む）。

    PDBデータ 1aoi（ヌクレオソーム）ほか

    		p.49 ヌクレオソーム：PDBデータ 1aoi（ヌクレオソーム）　ヒストンH2A選択　H2B選択　H3選択　H4選択　［Nucleosome - Wikipedia，Histone - Wikipedia］
    p.52 ヒストンH3のアセチル化 H3K9ac：PDBデータ 4lka（ヒストンアセチルトランスフェラーゼとヒストンH3〈H3K9ac含む〉）　ALY（アセチルリシン）選択　［Acetylation - Wikipedia］
    p.61 DNAのメチル化：PDBデータ 4da4（DNAメチルトランスフェラーゼ DNMT1；ヘミメチル化 CpG DNAが結合）　メチル化シトシンの塩基選択　［Methyltransferase - Wikipedia，DNMT1 - Wikipedia］
    同：PDBデータ 4qeo（ヒストンリシン-N-メチルトランスフェラーゼ〈KRYPTONITE〉；mCHH DNA, H3(1-15) ペプチド，SAHとの複合体）　メチル化シトシンの塩基選択
    p.62 ヒドロキシメチル化シトシン（DNA）：PDBデータ 4hli*（ヒドロキシメチル化シトシンを含むDNA）　ヒドロキシメチル化シトシン（5hmC）選択 → 核酸塩基は４つだけではない（Chem-Station，2012/07/13）　［5-Hydroxymethylcytosine - Wikipedia］
    p.68 アザシチジン：アザシチジン（azacytidine）　※シチジン（cytidine）のCがNに置き変わった構造 そのNを選択　［Azacitidine - Wikipedia］
    p.122 ビスフェノールA ほか：ビスフェノールA（bisphenol A） ｜ 17β-エストラジオール（17β-estradiol；エストロゲンの例） ｜ 葉酸（ビタミンM） → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例（本サイト）／水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    DNA/RNA選択　同backbone選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    1aoi

  5. RCSB PDB 2014/05/28 新規公開データより：4cqh Structure of Infrared Fluorescent Protein IFP2.0

    PDBデータ 4cqh（赤外蛍光タンパク質IFP2.0）

    		4cqh
    同PDBsumデータ 4cqh_LBV$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ビリベルジンが結合した赤外蛍光タンパク質IFP2.0 4cqhのPDBsumデータ

  6. 今月の分子 No.174: GFP様たんぱく質（GFP-like Proteins）（PDBj，2014/05） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 1g7k（GFP様たんぱく質 dsRED）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  7. RCSB PDB 2014/06/03 新規公開データより：3wct The structure of a deoxygenated 400 kda hemoglobin provides a more accurate description of the cooperative mechanism of giant hemoglobins: Oxygenated form

    PDBデータ 3wctの24量体（Chain A-H×3；チューブワームの一種サツマハオリムシの巨大ヘモグロビン）

    		3wctの24量体#
    チューブワーム由来1yhu
    チューブワーム由来1yhu（左）とヒトヘモグロビン1hho（4量体；右）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    ヘム選択　Fe選択　酸素O2選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    チューブワーム由来1yhuとサツマハオリムシ由来3wct（糖鎖含む）のヘムの並び方の違い
    ※チューブワーム由来1yhuとサツマハオリムシ由来3wctのアミノ酸配列比較（何れもChain A） → その他の生物を含めた配列比較
    001-050
    チューブワーム Ala Cys Ala Met Leu Glu Arg Ala Lys Val Lys Asp Glu Trp Ala Lys Ala Tyr Gly Ile Gly Ala Ala Arg Ser Lys Phe Gly Asp Ala Leu Trp Arg Asn Val Phe Asn Tyr Ala Pro Asn Ala Arg Asp Ile Phe Glu Ser Val Asn
    サツマハオリムシ Asp Cys Asn Ile Leu Gln Arg Leu Lys Val Lys Met Gln Trp Ala Lys Ala Tyr Gly Phe Gly Thr Glu Arg Ala Lys Phe Gly Asn Ser Leu Trp Thr Ser Ile Phe Asn Tyr Ala Pro Asp Ala Arg Asp Leu Phe Lys Ser Val Lys
    051-100
    チューブワーム Ser Lys Asp Met Ala Ser Pro Glu Phe Lys Ala His Ile Ala Arg Val Leu Gly Gly Leu Asp Arg Val Ile Ser Met Leu Asp Asn Gln Ala Thr Leu Asp Ala Asp Leu Ala His Leu Lys Ser Gln His Asp Pro Arg Thr Ile Asp
    サツマハオリムシ Ser Glu Asp Met Arg Ser Pro Gln Phe Lys Ala His Ile Ala Arg Val Ile Gly Gly Leu Asp Arg Val Ile Ser Met Phe Asp Asn Glu Asp Ala Leu Asn Ala Asp Leu Glu His Leu Lys Ser Gln His Asp Pro Arg Gly Leu Asp
    101-
    チューブワーム Pro Val Asn Phe Val Val Phe Arg Lys Ala Leu Ile Ala Thr Val Ala Gly Thr Phe Gly Val Cys Phe Asp Val Pro Ala Trp Gln Gly Cys Tyr Asn Ile Ile Ala Lys Gly Ile Thr Gly Ser Asp Ala Ala
    サツマハオリムシ Ala Leu Asn Phe Val Val Phe Gly Lys Ala Leu Phe Ala Thr Val Gly Gly Gln Phe Gly Val Cys Phe Asp Leu Pro Ala Trp Glu Ser Cys Tyr Lys Val Ile Ala Met Gly Ile Thr Gly Asn Asp Met Phe Ser

  8. Cover Story： 脂質との結託：結合した脂質が膜タンパク質の機能を調節する仕組み（Nature，2014/06/05）

    PDBデータ 4nh2のChainA・D・F（アンモニアチャネル AmtB；ホスファチジルグリセロールが結合）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  9. Structural View of HIV/AIDS: A Video Challenge for High School Students（RCSB PDB） ｜ 2014 Competition Winners Announced　※Video 11で利用されている阻害剤リトナビルを含むHIVプロテアーゼ1hxwを以下に。

    PDBデータ 1hxw（HIVプロテアーゼ；阻害剤リトナビルが結合）

    		1hxw　同PDBsumデータ 1hxw_RIT$
    リトナビル（ritonavir，RTV）　［Ritonavir - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    参考：HIV-1プロテアーゼ1mui（ロピナビル結合）と1rl8（リトナビル結合）のPDBsumデータ　→ 別トピック

  10. 最近読んだ本から：木田敏之，『ドーナツ型オリゴ糖の穴を用いて分子を捕まえる』，「ドーナツを穴だけ残して食べる方法」（大阪大学出版会，2014）収載　※p.158 図7-8のγ-シクロデキストリンポリマーによるPCBの除去を参考にPCBの一種を取り込んだγ-シクロデキストリン構造を以下に。 ｜ 同書文庫版（日経ビジネス文庫，2019年刊）

    PCB 169（3,3',4,4',5,5'-HxCB）が入り込んだγ-シクロデキストリン

    		γ-シクロデキストリン
    γ-シクロデキストリン＋PCB 169（3,3',4,4',5,5'-HxCB）　γ-CD選択
    参考（γ-シクロデキストリンが結合したタンパク質例）：1d3c ｜ 同PDBsumデータ 1d3c_gCD$（3つ含まれるγ-シクロデキストリンのうち GLC 692(A)-GLC 699(A)）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PCB 169（3,3',4,4',5,5'-HxCB）が入り込んだγ-シクロデキストリン

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