◆ Jmolで見るトピックス分子（Vol.7） ◆
※初期表示はスフィンゴシン-1-リン酸受容体（GPCR）。

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  1. MBP（monobutyl phthalate ；フタル酸ジブチルの代謝物）　MEHHP（mono(2-ethyl-5-hydroxyhexyl) phthalate；異性体あり，フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物）　MEOHP（mono(2-ethyl-5-oxohexyl) phthalate；異性体あり，フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物）　［Phthalate - Wikipedia］
  2. PDBデータ 1BNA*（B-DNA）　［Rosalind Franklin - Wikipedia，今月の分子（PDBj）］
  3. PDBデータ 1eer（エリスロポエチンと受容体）　A鎖（エリスロポエチン）選択　［Erythropoietin - Wikipedia，Erythropoietin receptor - Wikipedia］
  4. PDBデータ 4l6r（GPCR，グルカゴン受容体）　［Glucagon receptor - Wikipedia］
  5. PDBデータ 4k5y*（GPCR，コルチコトロピン放出因子受容体；阻害剤CP-376395が結合）　同PDBsumデータ 4k5y_1Q5$（CP-376395）　1Q5選択　［Corticotropin releasing hormone receptor 1 - Wikipedia］
  6. “生物界で見られる4種類のテトラピロール”（岩波「科学」2013年7月号コラム，p.723図を参考に）
    (a) クロロフィルa PDBデータ 3arcのChain A（光合成光化学系IIの部分構造）　同PDBsumデータ 3arc_CLA607s（35件のCLAの中から607番；CLA607以外のヘテロ分子は削除）　CLA（クロロフィルa）選択　［Chlorophyll a - Wikipedia，光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例（本サイト）］
    (b) ヘム PDBデータ 2hhb（デオキシヘモグロビン，4量体）　同PDBsumデータ 2hhb_HEM（A鎖）$　HEM（ヘム）選択　［Heme - Wikipedia，ヘモグロビン（本サイト）］
    (c) ビタミンB12（シアノコバラミン） PDBデータ 1n2zのChain A（ビタミンE輸送タンパク質）　同PDBsumデータ 1n2z_CNC$　CNC（シアノコバラミン）選択　［Vitamin B12 - Wikipedia，水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（本サイト）］
    (d) F430 PDBデータ 3pot（メチル補酵素Mレダクターゼ）　同PDBsumデータ 3pot_F43（COM含む；06Cは削除）$　F43（F430）選択　［Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase - Wikipedia，Cofactor F430 - Wikipedia］
  7. PDBsumデータ 3min_CLF（8Fe-7Sクラスターのみ）　［Iron-sulfur protein - Wikipedia，鉄硫黄クラスター（本サイト）］
  8. PDBデータ 4k6l（腸チフス毒素）　［Typhoid fever - Wikipedia］
  9. PDBデータ 2m5nのModel 1（トランスサイレチン；クロスβ構造アミロイド）　［Beta amyloid - Wikipedia］
  10. PDBデータ 2frvのChain S・L*（［NiFe］ヒドロゲナーゼ）　同PDBsumデータ 2frv_Ni$　［Hydrogenase - Wikipedia］
  11. ファビピラビル（favipiravir，T-705；現在未認可のインフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤）　［RNA polymerase - Wikipedia］
  12. PDBデータ 3min（ニトロゲナーゼ）　同PDBsumデータ 3min_CLF$（8Fe-7Sクラスター）　同PDBsumデータ 3min_HCA-CFM$（[MoFe]コファクター）　［Nitrogenase - Wikipedia］
  13. ロドデノール（rhododenol；4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol 異性体あり） ‖ 参考： ラズベリーケトン（raspberry ketone；4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanone）　［Raspberry ketone - Wikipedia］
  14. PDBデータ 4bsaの6量体（H7N9インフルエンザウイルスのヘマグルチニン；Chain A・B×3）#
  15. PDBデータ 3w9jのChain A-C（緑膿菌の多剤排出タンパク質 MexB；阻害剤ABI-PPが結合）　同PDBsumデータ 3w9j_P9D$　P9D（阻害剤）選択　［Multi antimicrobial extrusion protein - Wikipedia］
  16. イミダクロプリド（imidacloprid；ネオニコチノイド系農薬） ‖ PDBデータ 3c79*（アセチルコリン結合タンパク質；イミダクロプリドが結合）　同PDBsumデータ 3c79_IM4$　［Neonicotinoid - Wikipedia，Imidacloprid - Wikipedia］
  17. PDBデータ 3p05（HIVウイルスのカプシドタンパク質，5量体）　［Structure and genome of HIV - Wikipedia，Capsid］
  18. PDBデータ 3zpmのModel 1（界面活性作用を有するタンパク質 latherin〈現在和訳なし〉）　Leu（ロイシン）選択
  19. PDBデータ 1el0のModel 1（ケモカインCCL11）　Cys（システイン）選択　［CCL1 - Wikipedia，CCR8 - Wikipedia］
  20. PDBデータ 4i3bのChain A（UnaGタンパク質；ビリベルジン〈biliverdin，biliverdine〉が結合）　同PDBsumデータ4i3b_BLA$　BLA（ビリベルジン）選択 ｜ ビリルビン（bilirubin）　 ‖ 参考： ヘム（haem，heme） ｜ PDBデータ 1s8cのChain A（ヘムオキシダーゼ；ビリベルジンが結合）　同PDBsumデータ 1s8c_BLA$　［Bilirubin - Wikipedia，Heme - Wikipedia，Biliverdin - Wikipedia］
  21. PDBデータ 3vvs*（多剤排出輸送体 MATE；阻害環状ペプチドが結合）　B鎖（環状ペプチドMaD3S）選択　DPN選択　［Multi antimicrobial extrusion protein - Wikipedia］
  22. PDBデータ 4kfmの12量体（Gタンパク質依存性内向き整流K+チャネルGIRK2-Gタンパク質βγ複合体；Chain A・B・G×4）　［G protein - Wikipedia，G protein-coupled inwardly-rectifying potassium channel - Wikipedia］
  23. PDBデータ 4jtd（電位依存性K+チャネル〈Chain A・B・G・H・Y〉；サソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin，Y鎖〉が結合）　Y鎖（カリブドトキシン）選択　同8量体（Chain A・B×4）　［Voltage-gated potassium channel - Wikipedia，Charybdotoxin - Wikipedia］
  24. PDBデータ 3w1kの20量体（SelA〈セレノシステインSec合成に必要な酵素〉とtRNASecの複合体，Chain A-J×2）　［Selenocysteine - Wikipedia］
  25. PDBデータ 2ymkの6量体*（ダームシジン，Chain A-C×2）　［Dermcidin - Wikipedia］
  26. オキシコドン（oxycodone）　［Oxycodone - Wikipedia，Opioid - Wikipedia］
  27. PDBデータ 4j4v（SFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質；阻害剤スラミンが結合）　［Severe fever with thrombocytopenia syndrome - Wikipedia，Phlebovirus - Wikipedia，Suramin - Wikipedia］
  28. フェノキシカルブ（fenoxycarb）　ピリプロキシフェン（pyriproxyfen）　メトプレン（methoprene）　ファルネセン酸メチル（methyl farnesoate；ミジンコの幼若ホルモン） ｜ 4分子同時表示 ‖ 3aosのChain A（カイコの幼若ホルモン結合タンパク質；幼若ホルモンIIが結合）　同PDBsumデータ 3aos_JH2$　［Fenoxycarb - Wikipedia，Pyriproxyfen - Wikipedia，Methoprene - Wikipedia，Juvenile hormone - Wikipedia］
  29. ヘキサブロモシクロドデカン（HBCD，分子例 1,2,5,6,9,10-hexabromocyclododecane；異性体あり）　［Hexabromocyclododecane - Wikipedia］
  30. 二酸化塩素（chlorine dioxide）　［Chlorine dioxide - Wikipedia］
  31. 3rti（リシン）#　［Ricin - Wikipedia］
  32. 4bhx（父性発現遺伝子タンパク質）　［Genomic imprinting - Wikipedia］
  33. 3f0p（有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2〉MerBの例） ｜ PDBsumデータ 3f0p_HG（Hg追加）$
  34. PDBデータ 173d（DNAにインターカレートしたアクチノマイシン）　［Actinomycin - Wikipedia］
  35. PDBデータ 3w3j#（Toll様受容体 TLR8；CL097複合体）　［Toll-like receptor - Wikipedia］
  36. ミヤコシンA（miyakosyne A）
  37. PDBデータ 3awm*（P450；ヘキサデカン酸〈パルミチン酸〉が結合，パルミチン酸と近傍アミノ酸残基は座標2種のうちAのみ）　PLM（ヘキサデカン酸）選択　同PDBsumデータ 3awm_PLM$　［Cytochrome P450 - Wikipedia］
  38. PDBデータ 4en3#（NKT細胞のT細胞レセプターと糖タンパク質CD1d；α-GalCerが結合）　AGH（α-GalCer）選択　同PDBsumデータ 4en3_AGH$　［Galactocerebroside - Wikipedia，Natural killer T cell - Wikipedia，T-cell receptor - Wikipedia］
  39. 1,2-ジクロロプロパン（1,2-dichloropropane）　［1,2-Dichloropropane - Wikipedia］ ｜ ジクロロメタン（dichloromethane）
  40. PDBデータ 4iar*（5-HT 1B-BRILキメラタンパク質；エルゴタミンが結合）　［5-HT receptor - Wikipedia，Ergotamine - Wikipedia］
  41. キサントフモール（xanthohumol）　［Xanthohumol - Wikipedia］ ‖ 参考：CETPの構造例 PDBデータ 4f2a#　［Cholesterylester transfer protein - Wikipedia］
  42. PDBデータ 2gtl （エリスロクルオリン；部分 A-O鎖）　［Erythrocruorin - Wikipedia］
  43. 1-ニトロピレン（1-nitropyrene）　1,3-ジニトロピレン（1,3-dinitropyrene）　3-ニトロベンツアントロン（3-nitrobenzanthrone）
  44. PDBデータ 1i15（ドーパミン〈ドパミン〉D2受容体；Theoretical Model，α鎖部分のみ）　［Dopamine receptor D2 - Wikipedia］
  45. PDBデータ 2begのModel 1（アルツハイマー病のアミロイドβ繊維）　Chain A ‖ 1fkn（阻害剤OM99-2が結合したβ-セクレターゼ） ‖ ドコサヘキサエン酸（docosahexaenoic acid，DHA） ‖ 参考：DHAを含むPDBsumデータ例 1fdq_HXA$　［Beta amyloid - Wikipedia，Beta-secretase 1 - Wikipedia，Docosahexaenoic acid - Wikipedia］
  46. PDBデータ 3v2y*（スフィンゴシン-1-リン酸受容体；GPCR）　［G protein-coupled receptor - Wikipedia］
  47. PDBデータ 1jm7（BRCA1タンパク質〈腫瘍抑制タンパク質の1種〉）　［BRCA1 - Wikipedia］
  48. PDBデータ 3ux4の6量体（プロトン開閉型尿素チャネル，Chain A-C×2）
  49. アカンプロサート（acamprosate）　［Acamprosate - Wikipedia］
  50. PDBデータ 2lhb（ヤツメウナギ〈lamprey〉のヘモグロビン）　ヘム選択　［Lamprey - Wikipedia］


バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）
等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　
　　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J


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