◆ Jmolで見るトピックス分子（Vol.3） ◆
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  1. バレニクリン（varenicline）　※禁煙補助剤は酒石酸塩　［Varenicline - Wikipedia］ ‖ フルオキセチン（fluoxetine）　※日本では未承認（抗うつ剤の分類参照）
  2. ピリフルキナゾン（pyrifluquinazon）
  3. PDBデータ 2xshのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；2,6-ジクロロビフェニル含む） ｜ 2xrxのChain A-F（同；ビフェニル含む）　［Biphenyl 2,3-dioxygenase - Wikipedia］
  4. PDBデータ 3agv#（IgG，RNAアプタマー）　［Aptamer - Wikipedia］
  5. PDBデータ 1um2のChain A・C（エンドヌクレアーゼ，インテイン）　［Endonuclease - Wikipedia，Intein - Wikipedia］
  6. PDBデータ 1ftmのChain A（AMPA型グルタミン酸受容体；AMPAが結合）　［AMPA receptor - Wikipedia，AMPA - Wikipedia］
  7. プロストラチン（prostratin）　［Prostratin - Wikipedia］
  8. PDBデータ 1u8d（リボスイッチ）　［Riboswitch - Wikipedia］
  9. PDBデータ 3ef7*（透明帯構成タンパク質ZP3）　［In vitro fertilisation - Wikipedia，Zona pellucida - Wikipedia，ZP3 - Wikipedia］
  10. PDBデータ 3al0（グルタミン・トランスアミドソーム）
  11. PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ，阻害剤PLX4032結合）　［BRAF (gene) - Wikipedia］
  12. PDBデータ 3ok9（HIV-1プロテアーゼ；阻害剤GRL-0519Aが結合，GRL-0519Aは座標2種のうちAのみ）　［HIV-1 protease - Wikipedia］
  13. パクリタキセル (paclitaxel） ‖ 参考：パクリタキセルを含むPDBデータ例 1jff（チューブリン）　同PDBsumデータ 1jff_TA1$ ‖ 同3edlの165量体（Chain ABDFG×33；AFがα-チューブリン，BGがβ-チューブリン，Dがキネシン-13モータードメイン） α炭素のみ（4.00MB）　パクリタキセル選択　［Paclitaxel - Wikipedia，Tubulin - Wikipedia］
  14. PDBデータ 2xp2（未分化リンパ腫キナーゼ（ALK），クリゾチニブ（PF-02341066）が結合）　クリゾチニブ選択　［Anaplastic lymphoma kinase - Wikipedia，Crizotinib - Wikipedia］
  15. PDBデータ 1imx*（インスリン様成長因子，IGF-1）　［Insulin-like growth factor - Wikipedia］
  16. カプトン（Kapton；ポリイミドの例）　［Kapton - Wikipedia，Polyimide - Wikipedia］
  17. PDBデータ 2xkk*（トポイソメラーゼ；アシネトバクター・バウマニ由来〈A・C鎖〉，モキシフロキサシン 含む）　［Acinetobacter baumannii - Wikipedia，Topoisomerase - Wikipedia，Moxifloxacin - Wikipedia］
  18. CS-8958（ラニナミビル，laninamivir）　［Laninamivir - Wikipedia］
  19. PDBデータ 9icd（イソクエン酸脱水素酵素；2量体）　［Isocitrate dehydrogenase - Wikipedia
  20. PDBデータ 3m6g（アクチン；lobophorolide 含む）
  21. ムギネ酸（mugineic acid）
  22. PDBデータ 3hvt（HIV-1逆転写酵素；阻害剤ネビラピン nevirapine 含む）　［Reverse transcriptase - Wikipedia，Nevirapine - Wikipedia］
  23. PDBデータ 3n45（ファルネシルピロリン酸合成酵素；阻害剤含む2量体／阻害剤はFBS_04とビスホスホネート系のゾレドロネート）
  24. 酢酸ウリプリスタル（ulipristal acetate，ella）　［Ulipristal acetate - Wikipedia］
  25. PDBデータ 3adb（tRNASec・PSTK複合体）　selenocysteine選択　［Selenocysteine - Wikipedia］
  26. ビタミンK2〈メナキノン〉の例；メナキノン-6　［Vitamin K - Wikipedia］
  27. アンブロキサン（ambroxane）
  28. PDBデータ 3bes#（インターフェロンγ〈L鎖〉とエクトロメリアウイルスのインターフェロンγ結合タンパク質〈R鎖〉の複合体） ｜ 同8量体（Chain L・R×4）#　［Interferon - Wikipedia］
  29. PDBデータ 3ah8（Gタンパク質とYM-254890複合体）　Y鎖（YM-254890）選択　YM-254890のみ表示　［G protein-coupled receptor - Wikipedia］
  30. PDBデータ 3ngb#（HIV-1 gp120＋抗体VRC01） ｜ 同Chain A-C#
  31. PDBデータ 3l1e（クリスタリン；2量体）　［Crystallin - Wikipedia］
  32. ブチルブチレート（butyl butyrate；酪酸ブチル，ブタン酸ブチル）　［Butyl butyrate - Wikipedia］ ｜ 2-メチルブタノール（2-methylbutanol；異性体あり）　［2-Methyl-1-butanol - Wikipedia］
  33. オセルタミビル（リン酸塩が商品名タミフル） ｜ 17β-エストラジオール（天然エストロゲンの例） ｜ エチニルエストラジオール（合成エストロゲンの例） ｜ イブプロフェン（抗炎症薬） ｜ カルバマゼピン（抗てんかん剤）
  34. PDBデータ 3mfi（DNAポリメラーゼη〔Polη〕；タンパク質A鎖は座標2種のうちAのみ）　同PDBsumデータ 3mfi_DTP$（dATP＋チミン二量体＋DOC）　cis-syn チミン-チミン（T-T）二量体選択　［DNA polymerase - Wikipedia］
  35. Liイオン内包フラーレンC60（Li@C60）　［Fullerene - Wikipedia］
  36. アログリプチン（alogliptin）　［Alogliptin - Wikipedia］
  37. ラベプラゾールナトリウム（sodium rabeprazole） ｜ ラベプラゾール　［Rabeprazole - Wikipedia］
  38. PDBデータ 2zm8（ナイロンオリゴマー分解酵素；解像度は1.55Å）　同PDBsumデータ 2zm8_ACA2（ナイロン6ダイマー）$　ナイロン6ダイマー選択
  39. PDBデータ 1yy9#（EGF受容体；セツキシマブ〔cetuximab〕含む）　C・D鎖（Cetuximab Fab）選択　［Epidermal growth factor receptor - Wikipedia，Cetuximab - Wikipedia］
  40. PDBデータ 1fpv（パルボウイルス，ネコ汎白血球減少症ウイルス）　60量体 α炭素のみ（1.83MB）
  41. PDBデータ 3aeq*（光非依存性プロトクロロフィリド還元酵素）　［Protochlorophyllide reductase - Wikipedia］
  42. ピラセタム（piracetam）　［Piracetam - Wikipedia］ ｜ メチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩がリタリン）　［Methylphenidate - Wikipedia］
  43. フェネチルアミン（phenethylamine）　［Phenethylamine - Wikipedia］
  44. PDBデータ 1cvn#（コンカナバリンA） ｜ 同Chain A#　［今月の分子 2010/04（PDBj），Concanavalin A - Wikipedia］
  45. ラメルテオン（ramelteon）　［Ramelteon - Wikipedia］
  46. (R)-リナロール ｜ (S)-リナロール　［Linalool - Wikipedia］
  47. PDBデータ 2zxo
  48. ビタミンB1（vitamin B1；チアミン thiamine）　［Thiamine - Wikipedia］
  49. アドレナリン → 脳内物質例（抗うつ剤の分類 内） ‖ グルタミン酸ナトリウム（グルタミン酸モノナトリウム）　 → 20種類のアミノ酸 ‖ セルロース（レーヨンはセルロース繊維の一種）〈セロビオース単位〉 → 代表的な高分子
  50. アトルバスタチン（atorvastatin）｜ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B　同PDBsumデータ 1hwk_117$ ‖ ドネペジル（donepezil；塩酸ドネペジルが商品名アリセプト Aricept）


バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）
等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　
　　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J

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