DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4y

  
［左］PPi型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ6k31のChain A　［右］ピロリン酸（PPi）と“現在のエネルギー通貨”ATP

アゴニストJT010が結合したヒトTRPA1チャネル6pqoとそのPDBsumデータ

  
別研究によるヒトTRPA1構造6wj5（阻害剤GDC-0334結合）および7or0（アンタゴニスト3-60結合）のChain AとそれぞれのPDBsumデータ

  
［左］ルテニウムレッドと2-APBが結合したTRPV2 8ffmのChain AとそのPDBsumデータ（ホウ素は軽金属として I/O 値計算）
［右］カンナビジオール（cannabidiol，CBD）と2-APBが結合したTRPV2 7t37のChain AとPDBsumデータ　→ 危険ドラッグ

  
エチゾラム（etizolam）と同分子を含むブロモドメインタンパク質4（BRD4）4c66のPDBsumデータ

Ca²⁺存在下の心筋の細いフィラメント全体構造6kn8

初期表示はポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合，天然ゴムの主成分）の繰り返し単位
［Natural rubber - Wikipedia，Polyisoprene - Wikipedia］

p.7・p.437（訳者あとがき） ゴム：天然ゴムの主成分 ポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合）の繰り返し単位 ｜ 参考 ポリイソプレン（trans-1,4結合）の繰り返し単位 p.437（訳者あとがき） 絹：絹フィブロインの構造例 3ua0の4量体（Chain A・B×2；カイコのフィブロイン構造例）　［Fibroin - Wikipedia］　→ 別トピック p.437（訳者あとがき） ナイロン：ナイロン66（nylon 6,6） ｜ ナイロン6（nylon 6）　［Nylon - Wikipedia］ バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

    
[左]ポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合，天然ゴムの主成分）の繰り返し単位
［中］絹フィブロインの構造例3ua0の4量体（アミノ色表示；球表示はフィブロインに多いGly・Ala・Ser）
［右］ナイロン66（nylon 6,6）の繰り返し単位

阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA（TrkA）6iqnのChain AとそのPDBsumデータ。

  
［左］ポリビニルアルコール（polyvinyl alcohol，PVA）の繰り返し単位　［右］ボロノフェニルアラニン（p-boronophenylalanine，BPA）

    
［左］新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体（Chain A・C×2）
［中・右］SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7（Chain A・C）とSARS-CoV-2のプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像

  
［左］別研究のSARS-CoV-2プロテアーゼ6y2f　［中・右］参考：MERS-CoVのプロテアーゼ4wmdのChain A（中）とSARS-CoV-2のプロテアーゼ1q2wのChain A（右）

  
［左］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsb（GlcNAcは糖鎖 N-アセチルグルコサミン）
［右］SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6vxx（closed state）と同6vyb（open state）のPyMOLによる重ね合わせ画像動画（どちらもChain B）

  
［左・右］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsbとSARSスパイク糖タンパク質6crz（Science論文で比較）のPyMOLによる重ね合わせ画像と動画（どちらもChain A）

  
［左］ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン（RBD）との複合体 6vw1のChain A・E
［右］ヒトACE2とB⁰AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体 6m17

    
［左］SARS-CoV-2エンドリボヌクレアーゼ（endoribonuclease）6vwwのChain A
［中］SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン 6m3mのChain A
［右］SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ 6vxsのChain A

  
［左］LPV/r（ロピナビル/リトナビル）　［右］参考：HIV-1プロテアーゼ1muiと1rl8のPDBsumデータ

        
左からレムデシビル（remdesivir），バリシチニブ（baricitinib），シクレソニド（ciclesonide），ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine），ナファモスタット（nafamostat）

［左］ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan）　［中］ファビピラビル3リン酸体T-705RTP（活性体）
［右］ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6（ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）のPDBsumデータ　→ 別トピック｜エボラ出血熱

新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7・6y2fとSARSのプロテアーゼ1q2wのアミノ酸配列比較（何れもA鎖；後者FASTAデータの最初の2残基は除外）

1-50	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Ser	Gly	Phe	Arg	Lys	Met	Ala	Phe	Pro	Ser	Gly	Lys	Val	Glu	Gly	Cys	Met	Val	Gln	Val	Thr	Cys	Gly	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Gly	Leu	Trp	Leu	Asp	Asp	Val	Val	Tyr	Cys	Pro	Arg	His	Val	Ile	Cys	Thr	Ser	Glu	Asp	Met	Leu
	1q2w（SARS）	Ser	Gly	Phe	Arg	Lys	Met	Ala	Phe	Pro	Ser	Gly	Lys	Val	Glu	Gly	Cys	Met	Val	Gln	Val	Thr	Cys	Gly	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Gly	Leu	Trp	Leu	Asp	Asp	Thr	Val	Tyr	Cys	Pro	Arg	His	Val	Ile	Cys	Thr	Ala	Glu	Asp	Met	Leu
51-100	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Asn	Pro	Asn	Tyr	Glu	Asp	Leu	Leu	Ile	Arg	Lys	Ser	Asn	His	Asn	Phe	Leu	Val	Gln	Ala	Gly	Asn	Val	Gln	Leu	Arg	Val	Ile	Gly	His	Ser	Met	Gln	Asn	Cys	Val	Leu	Lys	Leu	Lys	Val	Asp	Thr	Ala	Asn	Pro	Lys	Thr	Pro	Lys
	1q2w（SARS）	Asn	Pro	Asn	Tyr	Glu	Asp	Leu	Leu	Ile	Arg	Lys	Ser	Asn	His	Ser	Phe	Leu	Val	Gln	Ala	Gly	Asn	Val	Gln	Leu	Arg	Val	Ile	Gly	His	Ser	Met	Gln	Asn	Cys	Leu	Leu	Arg	Leu	Lys	Val	Asp	Thr	Ser	Asn	Pro	Lys	Thr	Pro	Lys
101-150	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Tyr	Lys	Phe	Val	Arg	Ile	Gln	Pro	Gly	Gln	Thr	Phe	Ser	Val	Leu	Ala	Cys	Tyr	Asn	Gly	Ser	Pro	Ser	Gly	Val	Tyr	Gln	Cys	Ala	Met	Arg	Pro	Asn	Phe	Thr	Ile	Lys	Gly	Ser	Phe	Leu	Asn	Gly	Ser	Cys	Gly	Ser	Val	Gly	Phe
	1q2w（SARS）	Tyr	Lys	Phe	Val	Arg	Ile	Gln	Pro	Gly	Gln	Thr	Phe	Ser	Val	Leu	Ala	Cys	Tyr	Asn	Gly	Ser	Pro	Ser	Gly	Val	Tyr	Gln	Cys	Ala	Met	Arg	Pro	Asn	His	Thr	Ile	Lys	Gly	Ser	Phe	Leu	Asn	Gly	Ser	Cys	Gly	Ser	Val	Gly	Phe
151-200	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Asn	Ile	Asp	Tyr	Asp	Cys	Val	Ser	Phe	Cys	Tyr	Met	His	His	Met	Glu	Leu	Pro	Thr	Gly	Val	His	Ala	Gly	Thr	Asp	Leu	Glu	Gly	Asn	Phe	Tyr	Gly	Pro	Phe	Val	Asp	Arg	Gln	Thr	Ala	Gln	Ala	Ala	Gly	Thr	Asp	Thr	Thr	Ile
	1q2w（SARS）	Asn	Ile	Asp	Tyr	Asp	Cys	Val	Ser	Phe	Cys	Tyr	Met	His	His	Met	Glu	Leu	Pro	Thr	Gly	Val	His	Ala	Gly	Thr	Asp	Leu	Glu	Gly	Lys	Phe	Tyr	Gly	Pro	Phe	Val	Asp	Arg	Gln	Thr	Ala	Gln	Ala	Ala	Gly	Thr	Asp	Thr	Thr	Ile
201-250	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Thr	Val	Asn	Val	Leu	Ala	Trp	Leu	Tyr	Ala	Ala	Val	Ile	Asn	Gly	Asp	Arg	Trp	Phe	Leu	Asn	Arg	Phe	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Asp	Phe	Asn	Leu	Val	Ala	Met	Lys	Tyr	Asn	Tyr	Glu	Pro	Leu	Thr	Gln	Asp	His	Val	Asp	Ile	Leu
	1q2w（SARS）	Thr	Leu	Asn	Val	Leu	Ala	Trp	Leu	Tyr	Ala	Ala	Val	Ile	Asn	Gly	Asp	Arg	Trp	Phe	Leu	Asn	Arg	Phe	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Asp	Phe	Asn	Leu	Val	Ala	Met	Lys	Tyr	Asn	Tyr	Glu	Pro	Leu	Thr	Gln	Asp	His	Val	Asp	Ile	Leu
251-300	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Gly	Pro	Leu	Ser	Ala	Gln	Thr	Gly	Ile	Ala	Val	Leu	Asp	Met	Cys	Ala	Ser	Leu	Lys	Glu	Leu	Leu	Gln	Asn	Gly	Met	Asn	Gly	Arg	Thr	Ile	Leu	Gly	Ser	Ala	Leu	Leu	Glu	Asp	Glu	Phe	Thr	Pro	Phe	Asp	Val	Val	Arg	Gln	Cys
	1q2w（SARS）	Gly	Pro	Leu	Ser	Ala	Gln	Thr	Gly	Ile	Ala	Val	Leu	Asp	Met	Cys	Ala	Ala	Leu	Lys	Glu	Leu	Leu	Gln	Asn	Gly	Met	Asn	Gly	Arg	Thr	Ile	Leu	Gly	Ser	Thr	Ile	Leu	Glu	Asp	Glu	Phe	Thr	Pro	Phe	Asp	Val	Val	Arg	Gln	Cys
301-	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Ser	Gly	Val	Thr	Phe	Gln
	1q2w（SARS）	Ser	Gly	Val	Thr	Glu	Gly

※自作秀丸マクロにより作表

フクチン関連タンパク質（FKRP）6kajのChain AとそのPDBsumデータ