Jmolで見るトピックス分子（18-3）

◆ Jmolで見るトピックス分子（18-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

構造生物学：明らかになったアミノ酸輸送体LAT1の構造（Nature ハイライト，2019/04/04）　※2019/03/27公開6irs・6irt（下掲）。

Structure of the human LAT1-4F2hc heteromeric amino acid transporter complex（Nature，2019/03/13）
他のアミノ酸トランスポーター研究
- Structural basis for the inhibition mechanism of LAT1-4F2hc complex by JPH203（Cell Discovery，2024/07/02） [NEW!]　※2024/07/17公開8xpuを下掲
- Molecular Variability in Levodopa Absorption and Clinical Implications for the Management of Parkinson’s Disease（Journal of Parkinson's Disease，2024/08/31） [NEW!]
  - パーキンソン病治療薬レボドパの吸収に影響を及ぼす要因と具体的な対策（Neurology　興味を持った「脳神経内科」論文，2024/09/22） [NEW!]　※レボドパはL-DOPA，L-DOPA結合LAT1-4F2hc構造8j8lを下掲　［L-DOPA - Wikipedia］

PDBデータ 6irt（BCHが結合したヒトアミノ酸輸送体LAT1-4F2hc）
［Amino acid transporter - Wikipedia］

6irt（BCHが結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc）　AUU（BCH）選択　同PDBsumデータ6irt_AUU$
8xpu（JPH203が結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc）　同PDBsumデータ8xpu_VRW$
8j8l（L-DOPAが結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc）　同PDBsumデータ8j8l_DAH$
※参考（レボドパ以外のパーキンソン病治療薬例）：アポモルフィン（apomorphine）　　→ アルツハイマー病治療薬

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

BCHが結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc 6irtとそのPDBsumデータ

JPH203が結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc 8xpuとそのPDBsumデータ

L-DOPAが結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc 8j8lとPDBsumデータ

※参考：パーキンソン病治療薬例のL-DOPA（レボドパ）とアポモルフィン（apomorphine）
→ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

RCSB PDB 2019/05/01新規公開データより：6ahy Wnt signaling complex

PDBデータ 6ahyのChain A・B（Wnt-frizzled複合体）
［Wnt signaling pathway - Wikipedia，Frizzled - Wikipedia］

6ahyのChain A・B（Wnt-frizzled複合体）　MLY（L-ペプチド結合）選択　同PDBsumデータ6ahy_PAM$

Wnt-frizzled複合体 6ahyのChain A・BとそのPDBsumデータ

今月の分子 233: S-ニトロシル化ヘモグロビン（S-Nitrosylated Hemoglobin）（PDBj，2019/05）｜ Molecule of the Month（PDB）

Crystal Structure of the S-Nitroso Form of Liganded Human Hemoglobin（Biochemistry，1998/11/04）　※下掲1buwについて
ヘモグロビン（本サイト）

PDBデータ 1buw（S-ニトロシル化ヘモグロビン）
［Hemoglobin - Wikipedia］

1buw（S-ニトロシル化ヘモグロビン）　NO選択　SNC（L-ペプチド架橋）選択　同-S-N=O部分選択　同PDBsumデータ1buw_HEM-NO[HEM 142(A) to NO 143(A)] $

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　ヘム選択　Fe選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

一酸化窒素が結合したS-ニトロシル化ヘモグロビン1buwとそのPDBsumデータ

構造生物学：セロトニン輸送の仕組みの解明（Nature ハイライト，2019/05/02）

Serotonin transporter-ibogaine complexes illuminate mechanisms of inhibition and transport（Nature，2019/04/24）　※2019/04/24公開PDBデータ6dzw（パロキセチン結合）・6dzy（イボガイン結合）・6dzv（同；occluded conformation）・6dzz（同，inward conformation；下掲）
Treating addiction: Cryo-EM technology enables the 'impossible'（Science Daily，2019/04/24）
抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）

PDBデータ 6dzz（イボガインと15B8 Fabが結合したセロトニン輸送体）
［Serotonin transporter - Wikipedia，Ibogaine - Wikipedia］

6dzz（イボガインと15B8 Fabが結合したセロトニン輸送体；inward conformation）　HJM（イボガイン）選択　同PDBsumデータ6dzz_HJM$ ∥ PDBsumデータ6dzv_HJM$　PDBsumデータ6dzy_HJM$　PDBsumデータ6dzw_8PR$
　　

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］イボガイン（ibogaine）と15B8 Fabが結合したセロトニン輸送体6dzz
［中］セロトニン輸送体6dzz・6dzv・6dzy（以上イボガイン結合）・6dzw（パロキセチン結合）のPDBsumデータ
［右］イボガイン

新たなタイプの認知症「LATE」が発見される、アルツハイマー病と診断された患者の多くはLATEだった可能性も（GIGAZINE，2019/05/09）　※“アルツハイマー病の症状があるもののアミロイドβタンパク質の蓄積がない患者について、研究者らはTDP-43と呼ばれるタンパク質が蓄積したことによって認知に障害が出ていたことを突き止めました”。

Limbic-predominant age-related TDP-43 encephalopathy (LATE): consensus working group report（Oxford University Press，2019/04/30）
Atomic structures of TDP-43 LCD segments and insights into reversible or pathogenic aggregation（Nature Structural & Molecular Biology，2018/05/21）　※TDP-43構造例5whn・5whp・5wia・5wiq・5wkb・5wkd・6cb9・6cew・6cf4・6cfh（下掲）
The N-terminal dimerization is required for TDP-43 splicing activity（Scientific Reports，2017/07/21）　※TDP-43溶液構造例5x4f（下掲）
TDP-43タンパク質の安定化が神経難病ALSの発症時期のカギ　-遺伝性ALS患者81人の臨床情報と生化学的特性の相関を解析-（理研，2012/12/18）
TDP-43タンパク質による新タイプ認知症LATE - Togetter
アルツハイマー病治療薬（本サイト）｜別トピック（ALS関連TDP-43，本サイト）

PDBデータ 6cfhの20量体（Chain A・B×10；TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント）
［TARDBP - Wikipedia，Limbic-predominant age-related TDP-43 encephalopathy - Wikipedia］

6cfhの20量体（Chain A・B×10；TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント）
5x4fのModel 1（TDP-43のN末端ドメイン溶液構造）

［左］TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント 6cfhの20量体（Chain A・B×10）　［右］TDP-43のN末端ドメイン溶液構造例 5x4fのModel 1

RCSB PDB 2019/05/15新規公開データより：6a6v Crystal structure of the modified fructosyl peptide oxidase from Aspergillus nidulans with 7 additional mutations, in complex with FSA　※他に6a6r・6a6s・6a6t・6a6u公開

PDBデータ 6a6vのChain A（フルクトシルペプチドオキシダーゼ；FADとチオ酢酸フルクトシルが結合）
［Glycated hemoglobin - Wikipedia］

6a6vのChain A（FADとチオ酢酸フルクトシルが結合したフルクトシルペプチドオキシダーゼ）　FSA（チオ酢酸フルクトシル）選択　同PDBsumデータ6a6v_FSA$

FADとチオ酢酸フルクトシルが結合したフルクトシルペプチドオキシダーゼ 6a6vのChain AとそのPDBsumデータ

日焼け止めの化学物質は体内に吸収され、血液中に流れ込んでいた：米当局の臨床試験から明らかに（WIRED.jp，2019/05/08）　※“被験者から血液を採取し、アヴォベンゾン、オキシベンゾン、オクトクリレン、エカムシュル（テレフタリリデンジカンフルスルホン酸）の量を測定”。

以下に上記記事収載：浮き彫りになったテクノロジーの「光と闇」：『WIRED』が振り返る2019年（サイエンス編）（WIRED.jp，2019/12/31）

Effect of Sunscreen Application Under Maximal Use Conditions on Plasma Concentration of Sunscreen Active Ingredients（JAMA，2019/05/06）　※“the active ingredients (avobenzone, oxybenzone, octocrylene, and ecamsule)”
日焼け止めの血漿濃度はFDAの基準値を上回る　6種類の有効成分が体内に吸収され、長時間高い濃度を保つ（日経メディカル，2020/02/13）　※“6種類の有効成分（アボベンゾン、オキシベンゾン、オクトクリレン、ホモサラート、サリチル酸オクチル、オクチノキサート）”。
Sunscreen Innovation Act (SIA)（FDA）
Sunscreen enters bloodstream after just one day of use, study says（CNN，2019/05/06）
パラオ、有害成分含む日焼け止めを全面禁止世界初（BBCニュース，2018/11/02）
Sunscreen - Wikipedia
別トピック（本サイト，難燃剤と紫外線吸収剤）

アヴォベンゾン，オキシベンゾン，オクトクリレン，エカムシュルの同時表示（左上から時計回りで）
［Avobenzone - Wikipedia，Oxybenzone - Wikipedia，Octocrylene - Wikipedia，Ecamsule - Wikipedia］

アヴォベンゾン（avobenzone），オキシベンゾン（oxybenzone），オクトクリレン（octocrylene；異性体あり），エカムシュル（ecamsule）の同時表示（左上から時計回りで）
※紫外線（UV）による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの例：1t4i　［Pyrimidine dimer - Wikipedia，今月の分子 091: チミン2量体 (Thymine Dimers) （PDBj，2007/07）］

バックボーン　二次構造　　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA/RNA backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］日焼け止め成分例（左上から時計回りで）：アヴォベンゾン（avobenzone），オキシベンゾン（oxybenzone），オクトクリレン（octocrylene），エカムシュル（ecamsule）
［中］紫外線（UV）による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの構造例 1t4i
［右］参考図：紫外線の種類と紫外線カット製品の例

RCSB PDB 2019/05/22新規公開データより：6jb1 Structure of pancreatic ATP-sensitive potassium channel bound with repaglinide and ATPgammaS at 3.3A resolution　※他に6jb3公開

PDBデータ 6jb1のChain A・B（レパグリニドが結合したATP感受性 K（K_ATP）チャネル）
［ATP-sensitive potassium channel - Wikipedia，Repaglinide - Wikipedia］

6jb1のChain A・B（レパグリニドが結合したATP 感受性 K（K_ATP）チャネル）　BJX（レパグリニド）選択　同PDBsumデータ6jb1_BJX$

レパグリニドが結合したATP感受性 K（K_ATP）チャネル 6jb1のChain A・BとそのPDBsumデータ（ジギトニンが共存）

RCSB PDB 2019/05/29新規公開データより：6o9m Structure of the human apo TFIIH　※他に6o9l（holo-PIC）公開

PDBデータ 6o9m（転写因子TFIIH）
［Transcription factor II H - Wikipedia，Transcription preinitiation complex - Wikipedia］

ヒトの転写因子TFIIH 6o9m

今月の分子 234: MDM2とがん（MDM2 and Cancer）（PDBj，2019/06）｜ Molecule of the Month（PDB）

Structure of the MDM2 Oncoprotein Bound to the p53 Tumor Suppressor Transactivation Domain（Science，1996/11/08）　※下掲1ycrについて
In Vivo Activation of the p53 Pathway by Small-Molecule Antagonists of MDM2（Science，2004/02/06）　※下掲1rv1について
他のMDM2関連研究例
- RCSB PDB 2024/05/01新規公開データより：8j81 MDM2 bound with a peptoid [NEW!]
Mdm2 - Wikipedia
抗がん剤開発と標的タンパク質（本サイト）

PDBデータ 1ycr（p53腫瘍抑制因子に結合したMDM2）
［Mdm2 - Wikipedia］

1ycr（p53に結合したMDM2）
1rv1（阻害剤ニュートリン-2〈nutlin-2〉が結合したMDM2）　同Chain A　同PDBsumデータ1rv1_IMZ$　［Nutlin - Wikipedia，Nutlin-2 | C31H34Br2N4O4 - PubChem］
8j81（ペプトイド〈ペプチド類似構造分子〉が結合したMDM2）　同PDBsumデータ8j81_UAC$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

p53に結合したMDM2 1ycrと阻害剤ニュートリン-2（nutlin-2）が結合したMDM2 1rv1のChain A，および後者のPDBsumデータ

ペプトイド（ペプチド類似構造分子）が結合したMDM2 8j81とそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」