◆ Jmolで見るトピックス分子（17-3） ◆

→ No.1-10 ｜ 11-20 ｜ 151-200 ｜ 401-410 ｜ 411-420（作成中） ｜ 421-430 ｜ 431-440 ｜ 441-450 ｜ 451-460 ｜ 461-470 ｜ 471-480 ｜ 481-490 ｜ 491-500 ←
→ No.501-510 ｜ 511-520 ｜ 521-530 ｜ 531-540 ｜ 541-550 ｜ 551-560 ｜ 561-570 ｜ 571-580 ｜ 581-590 ｜ 591-600 ←
→ 601-610 ｜ 611-620 ｜ 621-630 ｜ 631-640 ｜ 641-650 ｜ 651-660 ｜ 661-670 ｜ 671-680 ｜ 681-690 ｜ 691-700 ←
→ 701-710 ｜ 711-720 ｜ 721-730 ｜ 731-740 ｜ 741-750 ｜ 751-760 ｜ 761-770 ｜ 771-780 ｜ 781-790 ｜ 791-800 ←
→ 801-810 ｜ 811-820 ←
→ Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ‖ データ名一覧 ←
→ 最近の本サイトコンテンツから： ネオニコチノイド系農薬問題 ｜ 2014年にエボラ出血熱感染拡大 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 新刊：「ニュートン別冊　学びなおし 中学・高校化学 改訂第2版」，ニュートンプレス(2020) ｜ 第1版(2018)　…第1版での該当ページを〈紫文字〉で以下に　※「ビジュアル化学 第3版」(2016)の改訂版

    初期表示は塩化ナトリウムの結晶構造
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 p.6・25・31・63・122ほか〈p.6・19・38・88ほか〉〈p.3・29ほか〉 水・氷：水（water） ｜ 氷構造の例　→ 分子の形と性質｜もっと数を増やすと（分子とは？）
    p.7・8・37・162ほか〈p.7・8・133・176〉 グルコース：α-グルコース（α-glucose）　β-グルコース（β-glucose）　→ 甘味物質の秘密
    p.7・162ほか〈p.7・176ほか〉 アミロース：アミロース（amylose）部分構造（グルコース環×4，マルトース単位×2）　→ 代表的な高分子
    p.8・33・39・163ほか〈p.8・159・177〉 セルロース：セルロース（cellulose）部分構造（グルコース環×4，セロビオース単位〔繰り返し単位〕×2）　→ 代表的な高分子
    p.8・24・72 黒鉛／p.47 グラファイト〈p.8〉：黒鉛（グラファイト，graphite）　→ フラーレン
    p.9・79〈p.9〉 ポリ塩化ビニル：ポリ塩化ビニル（PVC）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.19・38 フェノール：フェノール（phenol）　→ アルコールとフェノール
    p.19・29・31・61・78・102〈p.71〉〈p.16〉 二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide）　→ 温室効果ガス
    p.25・101・120・139〈p.86 原子どうしの結合／p.108 固体の構造〉〈p.26〉 ：塩の結晶構造塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造　→ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型
    p.32・37 フルクトース：フルクトース（果糖，fructose；フラノース型）　同（ピラノース型）　→ 甘味物質の秘密
    p.33・66〈p.9〉 ポリプロピレン：ポリプロピレン（PP）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.35 ノネナール：ノネナール（2-nonenal）　→ 悪臭の正体
    p.36 L-グルタミン酸：L-グルタミン酸（L-glutamic acid）　→ アミノ酸
    p.37 シス-ジャスモン：cis-ジャスモン（cis-jasmone）　→ 香りの分子事典
    p.37 チモール：チモール（thymol）　→ 香りの分子事典
    p.37 カルバクロール：カルバクロール（carvacrol）　→ 香りの分子事典
    p.38・157〈p.171〉〈p.53〉 ベンゼン：ベンゼン（benzene）　→ モノはなぜ見える（ポリアセン参照）
    p.41〈p.181〉 オレイン酸：オレイン酸（oleic acid）
    p.50〈p.71・159〉〈p.16〉 二酸化ケイ素：左水晶 ｜ 右水晶　→ 分子の科学｜二酸化ケイ素の結晶構造　左水晶と右水晶のキラリティー(1a)
    p.61 カフェイン：カフェイン（caffeine）
    p.62・78・156〈p.167・170〉 メタン：メタン（methane）　→ 分子の形と性質
    p.63・64・78ほか 酸素：酸素（dioxygen）　→ 分子の形と性質｜水素の燃焼
    p.66・78 エチレン：エチレン（ethylene；エテン ethene）
    p.66・166〈p.182〉 ポリエチレン：ポリエチレン（PE）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.68 乳酸：L-乳酸 〔(S)-(+)-乳酸〕<　→ 乳酸で見る鏡像異性体
    p.68 ポリ乳酸：ポリ乳酸（ポリ-L-乳酸，PLLA）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.72・121・132〈p.27〉 ダイヤモンド：ダイヤモンド（diamond，C）の結晶構造　→ 2014年は世界結晶年！
    p.73〈p.36〉 フラーレン：フラーレン（fullerene，C60）　→ フラーレン
    p.78・156〈p.167・170〉 エタン：エタン（ethane）
    p.78 アセチレン：アセチレン（acetylene；エチン ethyne）
    p.79・167〈p.182〉〈p.57〉 ナイロン66：ナイロン66（nylon 66）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.109・140〈p.73・138〉 アンモニア：アンモニア（ammonia）　→ 分子の形と性質｜窒素から見る生命の世界
    p.110〈p.80〉 体内にある元素：　例（Mo含むタンパク質例） 1fiq（キサンチンオキシダーゼ；他にFe含む）　→ 生体分子の構成元素｜金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
    p.101〈p.81〉 ヘモグロビン：　ヘモグロビン構造の例 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン）　→ ヘモグロビン
    p.120・133〈p.86〉〈p.27〉 金：金（gold）の結晶構造　→ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型
    p.132〈p.108〉 黄鉄鉱：黄鉄鉱（pyrite）の結晶構造　→ 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
    p.133〈p.109〉 アセチルコリン：アセチルコリン（acetylcholine，ACh）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.140〈p.138〉 酢酸：酢酸（acetic acid）　→ 酢酸分子の形と軌道
    p.152〈p.158〉 ドデカン酸ナトリウム〈p.49〉：ドデカン酸ナトリウム（sodium dodecanoate）　→ 界面活性剤の種類
    p.152〈p.158〉 ペラルゴニジン：ペラルゴニジン（pelargonidin；平板構造）　→ フラボノイドの生合成経路
    p.153〈p.158〉〈p.49〉 リノール酸：リノール酸（linoleic acid）
    p.153〈p.159〉 スクロース〈p.49〉：スクロース（ショ糖，sucrose）　→ 甘味物質の秘密
    p.153〈p.159〉〈p.49〉 ヘム：ヘム（haem，heme）　→ 4種類のテトラピロール
    p.153〈p.159〉〈p.49〉 イソプレンゴム：ポリイソプレン（polyisoprene）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.153〈p.159〉〈p.49〉 ナイロン6：ナイロン6（nylon 6）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.153・164〈p.90・159・178・188〉〈p.49〉 DNA／RNA：　DNA部分構造例 1d66のChain D・E ｜ A-T ｜ G-C　H原子消去　→ DNAとRNAのいろいろな姿
    p.157 ナフタレン：ナフタレン（naphthalene）　→ モノはなぜ見える（ポリアセン参照）
    p.157 スチレン：スチレン（styrene）　→ 化学物質過敏症・シックハウス情報
    p.157 ベンズアルデヒド：ベンズアルデヒド（benzaldehyde）　→ 動く香り分子事典
    p.158〈p.172〉〈p.54〉 プロパノール：プロパノール（propanol）　→ アルコールとフェノール
    p.161〈p.174〉 メントール：(-)-メントール（(-)-menthol，(1R,2S,5R)-メントール；さわやかなハッカのにおい） ｜ (+)-メントール（(+)-menthol，(1S,2R,5S)-メントール；不快臭）　→ (-)-メントールと(+)-メントール
    p.164〈p.71・178〉〈p.16〉 アミノ酸：20種類のアミノ酸（amino acid，有機概念図I/O値順，pdb形式）　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.164〈p.178〉 ホスファチジルコリン：ジオレオイルホスファチジルコリン（dioleoylphosphatidylcholine〈H原子含まない〉；リン脂質の例，PDBsumデータ4pv1_OPC[205(B)]より）　→ Jmolトピック
    p.166〈p.182〉〈p.56〉 ポリクロロプレン：ポリクロロプレン（polychloroprene）の繰り返し単位 ｜ 繰り返し単位×10（構造例1）　同（構造例2）　→ 代表的な高分子
    p.167〈p.183〉〈p.57〉 ポリエチレンテレフタラート：ポリエチレンテレフタラート（polyethylene terephthalate，PET）の繰り返し単位　→ 代表的な高分子
    p.170〈p.186〉〈p.59〉 アスピリン：アセチルサリチル酸（acetylsalicylic acid）
    p.170〈p.186〉〈p.59〉 サリシン：サリシン（salicin）
    p.171〈p.187〉 アリザリン：アリザリン（alizarin）　→ 染料の種類
    p.171〈p.187〉：テトロドトキシン（tetrodotoxin, TTX）
    p.171〈p.187〉 タミフル：オセルタミビル（oseltamivir；オセルタミビルリン酸塩が商品名タミフル Tamiflu）　→ 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報
    p.171〈p.187〉 キニーネ：キニーネ（quinine）　→ 窒素から見る生命の世界｜Jmolトピック

        
    ［左］「ニュートン別冊　学びなおし 中学・高校化学」第2版と初版　［中］塩化ナトリウムの結晶構造（p.25・139ほか；右は川上モデル）　［右］オセルタミビル（oseltamivir，p.171のタミフル参照）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 元素の話題 Bi：ビスマス - Wikipedia


    ビスマスの結晶（表面の多彩な色は酸化膜の構造色）

    PDBデータ 5xp9（ビスマス(III)イオンが結合したニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ-1〈NDM-1〉；BiイオンはA座標）
    ［New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - Wikipedia，Bismuth - Wikipedia］
    		5xp9　同PDBsumデータ5xp9_BS3$
    次サリチル酸ビスマス（bismuth subsalicylate）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ビスマス(III)イオンが結合したNDM-1 5xp9とそのPDBsumデータ　［右］次サリチル酸ビスマス（有機概念図計算：I = 300，O = 220）

  3. 今月の分子 224: レグマイン（Legumain）（PDBj，2018/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4awbのChain A・I（レグマイン）
    ［Legumain - Wikipedia］
    		4awbのChain A・I（レグマイン）　CYS（システイン）選択　Chain I選択
    7fqiのChain A（レグマイン）　同PDBsumデータ7fqi_WSN$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    レグマインの構造例 4awbのChain A（レグマイン）・I


    ヒトのレグマイン7fqiのChain AとそのPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2018/08/08 新規公開データより：6ffv The crystal structure of BtuM cobalamin transporter

    PDBデータ 6ffv（コバラミンが結合した膜輸送体BtuM）
    ［Cobalamin - Wikipedia，Membrane transport protein - Wikipedia］
    		6ffv（コバラミンが結合した膜輸送体BtuM）　B12（コバラミン）選択　同PDBsumデータ6ffv_B12$
    8c7p（コバラミン結合膜輸送体BtuM）　同PDBsumデータ8c7p_B12$
    コバラミン（cobalamin） ｜ シアノコバラミン（cyanocobalamin）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    コバラミンが結合した膜輸送体BtuMの構造6ffvと8c7p，およびそれぞれのPDBsumデータ

      
    参考図：4種類のテトラピロール同時表示と関連川上モデル
    → 4種類のテトラピロール

  5. RCSB PDB 2018/08/15 新規公開データより：6cz8 The arsenate respiratory reductase (Arr) complex from Shewanella sp. ANA-3 bound to arsenate　※他に6cz7・6cz9・6cza

    PDBデータ 6cz8のChain A・B（ヒ酸が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ）
    ［Arsenate - Wikipedia］
    		6cz8のChain A・B（ヒ酸が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ）　ART（ヒ酸）選択　SF4（Fe4S4）選択　MGD選択　同PDBsumデータ6cz8_ART[904(C)]$　同PDBsumデータ6cz8_MGD[902(C)]$　同PDBsumデータ6cz8_MGD[903(C)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ヒ酸（arsenate）が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ6cz8のChain A・BおよびそのPDBsumデータ例（ヒ酸ほか；こちらはChain Cより）

  6. RCSB PDB 2018/08/22 新規公開データより：6c70 Cryo-EM structure of Orco

    PDBデータ 6c70（昆虫の嗅覚受容体コレセプターOrco）
    ［Olfactory receptor - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    昆虫の嗅覚受容体コレセプターOrco6c70

  7. 漢方薬の未知の作用機序の予測やドラッグ・リポジショニングを実行できるアルゴリズム/データベースKampoDBを開発（富山大学，2018/08/07）　※KampoDBで表示される分子とタンパク質の例を以下に

    アコニチン（aconitine）
    ［Aconitine - Wikipedia，Kampo - Wikipedia］
    		アコニチン（aconitine）　→ アルカロイド - 窒素から見る生命の世界
    ※KampoDBで結合シミュレーションに用いられるタンパク質例： 2pfrのChain A（アリールアミン-N-アセチルトランスフェラーゼ2）　→ KampoDBでの同タンパク質へのaconitine結合シミュレーション　［N-acetyltransferase - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    KampoDBでの2pfrのChain A（アリールアミン-N-アセチルトランスフェラーゼ2）へのaconitine結合シミュレーション画像例（I/O値順着色）　→ KampoDBの当該データ

  8. 今月の分子 225: フィターゼ（Phytase）（PDBj，2018/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 1dkq（フィターゼ）
    ［Phytase - Wikipedia］
    		1dkq（フィターゼ）　同PDBsumデータ1dkq_IHP$
    イノシトール6リン酸 IP6（フィチン酸，phytic acid）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    フィチン酸（phytic acid；IP6）が結合したフィターゼ1dkqとそのPDBsumデータ

  9. 生態学： マルハナバチに対するスルホキシイミン系農薬の亜致死性の影響（Nature ハイライト，2018/09/06）

    スルホキサフロル（sulfoxaflor；異性体あり）
    ［Sulfoxaflor - Wikipedia］
    		スルホキサフロル（sulfoxaflor；異性体あり）
    ネオニコチノイド系農薬5種（イミダクロプリド，クロチアニジン，チアメトキサム，スルホキサフロル，ジノテフラン；上段左から時計回りで）の同時表示
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］スルホキサフロル（sulfoxaflor；異性体あり）　［右］ネオニコチノイド系農薬5種の同時表示

  10. RCSB PDB 2018/09/12 新規公開データより：6dlw Complement component polyC9

    PDBデータ 6dlw（補体成分C9；α炭素のみ）
    ［Complement component 9 - Wikipedia，Complement system - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    補体成分C9 6dlwα炭素のみ）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」