◆ Jmolで見るトピックス分子（13-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. Rules for Biologically Inspired Adaptive Network Design（Science，2010/01/22）　※文中のPhysarum polycephalum（モジホコリ，真正粘菌）でRCSB PDBを検索して表示される16件の中から1cjaを以下に。

    PDBデータ 1cjaのChain A（粘菌Physarum polycephalumのアクチン-フラグミンキナーゼ；AMP結合）

    		1cjaのChain A（粘菌Physarum polycephalumのアクチン-フラグミンキナーゼ；AMP結合）　同PDBsumデータ 1cja_AMP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］1cjaのChain A（AMP結合）　［中・左］「科学発信!! Hakodate」での高木清二さんと展示の粘菌

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 磁気コンパスのようにふるまうタンパク質複合体（Nature ハイライト，2015/11/17）　※“MagR/Cry複合体”のMagRデータがPDBに無いためCry（クリプトクロム）関連情報を以下に。

    PDBデータ 4gu5のChain A（ショウジョウバエのクリプトクロム）
    ［Magnetoreception - Wikipedia，Cryptochrome - Wikipedia］

    		4gu5のChain A（ショウジョウバエのクリプトクロム）　同PDBsumデータ 4gu5_FAD（Mg含む）$　Trp314・375・420選択
    5zm0（クラミドモナスのクリプトクロム；水分子は原子番号4136のみ含む）　同PDBsumデータ 5zm0_FAD（グリセロール含む）$　Trp322・376・399（Trp-triad）選択　Trp294・354・399（FAD近傍）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    クリプトクロム4gu5のA鎖とその同PDBsumデータ；何れもFAD近傍の3つのTrpを強調表示

      
    クラミドモナスのクリプトクロム5zm0（FADとTrp-triadを強調表示；東邦大学プレスリリース図3参照）とその同PDBsumデータ

  3. 構造生命科学ニュースウオッチ　※2015/11/23付け記事『XFELによって、一酸化炭素の解離から広がるミオグロビンの超高速構造変化を、直接観察』で紹介のPDBデータの一部を以下に。

    PDBデータ 5cn5ののPDBsumデータ（ウマのミオグロビン，0 ps time delay）
    ［Myoglobin - Wikipedia］

    		PDBsumデータ 5cn5_CMO（0 ps time delay）$
    PDBsumデータ 5cnb_CMO（0.5 ps time delay）$
    PDBsumデータ 5cnd_CMO（3 ps time delay）$
    PDBsumデータ 5cne_CMO（10 ps time delay）$
    PDBsumデータ 5cng_CMO（150 ps time delay）$

    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    ヘム選択　Fe選択　一酸化炭素CO選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    0 ps（5cn5）〜150 ps（5cng）のPDBsumデータによるアニメ画像

  4. 今月の分子 192: バンコマイシン（Vancomycin）（PDBj，2015/12） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※紹介データの中からPDBエントリー 1fvm )”を以下に。

    PDBデータ 1fvmのChain A・G（DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン）
    ［Vancomycin - Wikipedia］

    		1fvmのChain A・G（DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン）　同PDBsumデータ1fvm_MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG$　MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG（vancomycin）選択　Chain G選択　D-Ala-D-Ala選択
    バンコマイシン含む他のPDBデータ例： 1pnvのChain B（バンコマイシンが結合したTDP-epi-vancosaminyltransferase GtfA）　VAN（vancomycin）選択
    バンコマイシン（vancomycin）
    D-アラニル-D-アラニン ｜ L-アラニン
    ペニシリンG（水色表示）とD-アラニル-D-アラニンの重ね合わせ〔PDB形式データ；すべてHETATM〕　ペニシリンG選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    1fvmのChain A・G（DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン）

  5. RCSB PDB 2015/12/02 新規公開データより：4wvm Stonustoxin structure

    PDBデータ 4wvm（オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン〈stonustoxin〉）
    ［Synanceia verrucosa - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン（stonustoxin）4wvm

  6. RCSB PDB 2015/12/09 新規公開データより：5ea3 Crystal Structure of Inhibitor JNJ-2408068 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein

    PDBデータ 5ea3（阻害剤JNJ-2408068が結合したRSウイルスのF糖タンパク質）
    ［Human respiratory syncytial virus - Wikipedia］

    		5ea3（RSウイルスのF糖タンパク質；阻害剤JNJ-2408068が結合）　同PDBsumデータ 5ea3_5NK$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    5NK（JNJ-2408068）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤JNJ-2408068が結合したRSウイルスのF糖タンパク質5ea3

  7. 【健康】マウスの脳内に沈着したアミロイドベータ斑の除去に役立つ可能性のある分子（Nature ハイライト，2015/12/09）

    EPPS（HEPPS；4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazinepropanesulphonic acid）
    ［HEPPS (molecule) - Wikipedia］

    		EPPS（HEPPS）
    ※参考（EPPSが結合したPDBデータ例）： 5cs3（EPPSが結合した肝細胞増殖因子のNK1フラグメント）　同PDBsumデータ 5cs3_EP1$　※EPPS結合PDBデータ一覧
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    EPPS（左）とEPPSを含む5cs3のPDBsumデータ（右；上掲記事とは無関係）

  8. 新刊：喜多喜久，「創薬探偵から祝福を」，新潮文庫nex(2015)　※一部化合物の分子モデルを以下に。

    初期表示はアリザリンレッドS（Alizarin Red S；C.I.Mordant Red 3）
    　［Alizarin - Wikipedia］
    		p.33 ファビピラビル：ファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤）　→ 別トピック　［Favipiravir - Wikipedia］ ｜ 6-fluoro-3-oxo-4-(5-O-phosphono-β-D-ribofuranosyl)-3,4-dihydropyrazine-2-carboxamide；ファビピラビルの1リン酸体（活性体は3リン酸体） → PDBリガンド1RP ｜ ファビピラビルの3リン酸体T-705RTP（活性体） ｜ ファビピラビル，同3リン酸体T-705RTP，ブリンシドフォビルの同時表示　… 2014年にエボラ出血熱感染拡大
    p.64 テアフラビン：テアフラビン（theaflavin）　［Theaflavin - Wikipedia］
    p.170 アリザリンレッドS：アリザリンレッドS（Alizarin Red S；C.I.Mordant Red 3）　… 染料の種類
    p.184 テストステロンやエストロゲン ：テストステロン（testosterone） ｜ 17β-エストラジオール（17β-Estradiol；エストロゲン〈estrogen〉の一種） ｜ テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示　［Testosterone - Wikipedia，Estrogen - Wikipedia］　… 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.231 山中因子：山中因子の一部を含むPDBデータ例1gt0*（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例）　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　［Induced pluripotent stem cell - Wikipedia］　… Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    DNA/RNA選択　同backbone選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］ファビピラビル，同3リン酸体（活性体），ブリンシドフォビル（brincidofovir）の同時表示
    ［中］アリザリンレッドS（Alizarine Red S；C.I.Mordant Red 3）
    ［右］テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示

  9. RCSB PDB 2015/12/16 新規公開データより：4uxf Crystal structure of the carboxy-terminal region of the bacteriophage T4 proximal long tail fibre protein gp34, P21 native crystal

    PDBデータ 4uxf（T4ファージの尾繊維タンパク質gp34）
    ［Enterobacteria phage T4 - Wikipedia］

    		4uxf（T4ファージの尾繊維タンパク質gp34）
    ※他のT4ファージのPDBデータ例：1k28のChain A・D×3（T4ファージのタンパク質gp5）　● バリン，● グリシン で空間充填表示　→ T4ファージのgp5タンパク質例
    バックボーン　二次構造

    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    T4ファージのgp34尾繊維タンパク質4uxf

  10. RCSB PDB 2015/12/23 新規公開データより：4rzt Lac repressor engineered to bind sucralose, sucralose-bound tetramer [NEW!]

    PDBデータ 4rztの Chain A（スクラロースが結合したlacリプレッサー）
    ［Lac repressor - Wikipedia，Sucralose - Wikipedia］

    		4rztの Chain A（スクラロースが結合したlacリプレッサー）　同PDBsumデータ 4rzt_40J$
    スクラロース（sucralose）
    バックボーン　二次構造

    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    スクラロースが結合したlacリプレッサー4rztのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」