◆ Jmolで見るトピックス分子（12-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2015/03/18 新規公開データより：4xdk Crystal structure of human two pore domain potassium ion channel TREK2 (K2P10.1) in complex with norfluoxetine

    PDBデータ 4xdkのChain A・B（(S)-ノルフルオキセチンと(R)-ノルフルオキセチンが結合したK2Pカリウムチャネル）
    ［Potassium channel - Wikipedia，KCNK10 - Wikipedia，Seproxetine - Wikipedia］

    		4xdkのChain A・B（two-pore domainカリウム（K2P）チャネル）　405（S-体）選択　408（R-体）選択　K選択　同PDBsumデータ4xdk_408[606(A)]$　4xdk_405[607(A)]$
    (R)-ノルフルオキセチン（Rnorfluoxetine）
    (S)-ノルフルオキセチン（(S)-norfluoxetine；セプロキセチン seproxetine）
    ノルフルオキセチンの(R)-体と(S)-体の同時表示
    フルオキセチン（fluoxetine）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    K2Pカリウムチャネル4xdkのChain A・B（ノルフルオキセチン〈norfluoxetine〉の(R)-体と(S)-体は重なり合っている）と各PDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2015/04/01 新規公開データより：3wsa The Tuberculosis Drug SQ109 Inhibits Trypanosoma cruzi Cell Proliferation and acts Synergistically with Posaconazole　※他に3wsb。

    PDBデータ 3wsaのChain A（結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素）
    ※クルーズトリパノソーマはシャーガス病の原因となる。
    ［SQ109 - Wikipedia，Trypanosoma cruzi - Wikipedia，Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase - Wikipedia］

    		3wsaのChain A（結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素）　同PDBsumデータ3wsa_RWZ$
    SQ109
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素3wsaのPDBsumデータ

  3. 「一家に1枚 くすりの形」の製作について（文部科学省，2015/03/27）　→ 一家に1枚シリーズ（科学技術週間Webサイト）

    初期表示はセチリジン（cetirizine；(R)-体と(S)-体）の同時表示）

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 メチルエフェドリン（methylephedrine；異性体あり）
    サルブタモール（salbutamol；異性体あり）
    ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）　→ 別トピック
    テノホビル（テノフォビル，tenofovir；フマル酸テノホビルが抗HIV薬）　→ HIVとエイズ
    オセルタミビル（oseltamivir） ｜ GS4071（オセルタミビルが変化した薬効成分）　→ インフルエンザ情報 ｜ GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
    エスシタロプラム（escitalopram，MLD-55） ｜ セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤の分類
    ピオグリタゾン（pioglitazone）　→ 日本発の医薬品
    ベンダムスチン（bendamustine）
    フェノフィブラート（fenofibrate）
    ソリフェナシン（solifenacin）
    セレコキシブ（celecoxib）
    セチリジン（cetirizine；上が(R)-体で下が(S)-体） ｜ ヒスタミン（histamine）
    エルロチニブ（erlotinib）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤 ｜ 関連タンパク質例
    コルヒチン（colchicine）　→ 別トピック
    ペメトレキセド（pemetrexed）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤 ｜ 葉酸（folate，ビタミンM）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    ベンゼン）　→ 日本発の医薬品
    ラロキシフェン（raloxifene） ｜ 17β-エストラジオール（17β-Estradiol）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 ｜ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
    ロスバスタチン（rosuvastatin） ｜ メバロン酸（mevalonic acid）　→ 日本発の医薬品
    ※その他の掲載分子：　エタノール（ethanol）　ベンゼン（benzene）　アスピリン（Aspirin，アセチルサリチル酸）　


    ベンダムスチン（bendamustine）

  4. 今月の分子 184: グルカゴン（Glucagon）（PDBj，2015/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4ers（抗体Fab領域が結合したグルカゴン受容体）
    ［Glucagon receptor - Wikipedia，Glucagon - Wikipedia］

    		4ers（グルカゴン受容体；抗体Fab領域が結合）　 A鎖（グルカゴン受容体）選択
    4l6r（グルカゴン受容体；GPCR）
    1kx6のModel 1（グルカゴン）　→ Journal of Molecular Biology論文（1983/10/05）
    1gcn（グルカゴン）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］グルカゴン（glucagon）1kx6のModel 1　［中］同1gcn　［右］抗体Fab領域が結合したグルカゴン受容体4ers

    グルカゴンのアミノ酸配列（PDB 1KX6・1GCN共通）
    His Ser Gln Gly Thr Phe Thr Ser Asp Tyr Ser Lys Tyr Leu Asp Ser Arg Arg Ala Gln Asp Phe Val Gln Trp Leu Met Asn Thr

  5. 新潟大とエーザイ、アルツハイマー型認知症患者の認知機能変化を血液マーカーで測定（dot.，2015/04/06）

    コレステロール（上）とデスモステロール（下）の同時表示
    ［Desmosterol - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 デスモステロール（desmosterol）
    コレステロール（cholesterol）
    コレステロールとデスモステロールの同時表示

  6. RCSB PDB 2015/04/08 新規公開データより：3wxw Crystal structure of the human adiponectin receptor 2　※他に3wxv（adiponectin receptor 1）。

    PDBデータ 3wxwのChain A（アディポネクチン受容体2；AdipoR2）
    ［Adiponectini - Wikipedia］

    		3wxvのChain A（アディポネクチン受容体1；AdipoR1）　同PDBsumデータ3wxv_ZN$
    3wxwのChain A（アディポネクチン受容体2；AdipoR2）　同PDBsumデータ3wxw_ZN（HOH 515(A)を追加）$*　水分子選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    3wxvおよび3wxwのA鎖（左）と各々のPDBsumデータ（右）

  7. カロテンの優れた金属捕捉機能を発見 −β-カロテン分子が多数の金属原子を挟み込む−（村橋Ｇ、柳井Ｇら）（分子科学研究所，2015/04/14）

    β-カロテン
    ［beta-Carotene - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 β-カロテン（β-カロチン） ｜ 参考： 11-cis-レチナール，all-trnas-レチナール，11-cis-ビタミンA，all-trnas-ビタミンA，β-カロテンの同時表示


    Nature Communications論文    より

  8. 自閉症などの神経発達障害に関連するタンパク質が神経細胞同士を適切につなぐ仕組み（SPring-8，2015/04/24）　※RCSB PDBの2015/05/06新規公開データ4yh6・4yh7（下掲）・4yfc・4yfd・4yfe・4yfg

    PDBデータ 4yh7（PTPδ-IL1RAPL1複合体）
    ［PTPRD - Wikipedia，IL1RAPL1 - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4yh7

  9. Electron cryomicroscopy observation of rotational states in a eukaryotic V-ATPase（Nature，2015/05/14）　※2015/05/13公開データ3j9t（下掲）・3j9u・3j9v

    PDBデータ 3j9t（V-ATPase）
    ［V-ATPase - Wikipedia］

    		3j9t（V-ATPase）
    2cyd（V-ATPaseのrotor ring）
    3vr3（V1-ATPase〈A3B3複合体〉）
    8wci（阻害剤V-161が結合したNa+輸送性V-ATPase　同PDBsumデータ8wci_W3K$ ｜ V-161
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    V-ATPase 3j9t

      
    左から 阻害剤V-161が結合したNa+輸送性V-ATPase 8wciとPDBsumデータ，V-161

  10. 危険ドラッグの成分827物質を新たに指定薬物に包括指定　〜指定薬物等を定める省令を公布しました〜（厚生労働省，2015/05/01）

    新規指定薬物827物質の基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one（2-amino-1-phenyl-1-propanone）

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one（2-amino-1-phenyl-1-propanone）；異性体あり　…●の部分が置換
    参考： (S)-2-amino-1-phenyl-1-propanone（カチノン，cathinone）　［カチノン - Wikipedia］
    参考（指定済みの薬物例）： 4F-Octedrone（異性体あり；2014/12/25指定）


    厚生労働省 別紙 [PDF]

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」