「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例

◆ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例 ◆
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アドレナリン｜ノルアドレナリン｜ドーパミン／ドパミン｜アセチルコリン* ｜セロトニン｜メラトニン｜エルゴタミン｜パロキセチン*
フェニルプロパノールアミン｜メタンフェタミン｜ MDMA ｜ (R)-ケタミン*
* 「亀-C-C-N」構造を持たない参考データ

初期表示は4a7u_ALE（アドレナリン；I/O値順（特性基 R）着色）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　リガンド中N選択　HB選択
空間充填　球棒　球10％　球30％　球60％　スティック（太）　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　緑　濃ピンク　橙
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示　｜　
｜背景・黒　灰　白　紺

◆アドレナリン　※I/O = 2.139
2hkk_ALE（炭酸脱水酵素）　I'/O' = 1.708
4a7u_ALE（スーパーオキシドジスムターゼ1，SOD1）　I'/O' = 2.379
4ldo_ALE（β2アドレナリン受容体）　I'/O' = 1.500　→ GPCR
◆ノルアドレナリン　※I/O = 2.406
2qeo_LNR（D7タンパク質D7r4；マラリア蚊）　I'/O' = 1.017
3dye_LNR（D7タンパク質AeD7；マラリア蚊）　I'/O' = 1.096
3hcd_LNR（アドレナリン合成酵素PNMT）　I'/O' = 1.305
4pah_LNR（フェニルアラニンヒドロキシラーゼ）　（I'/O' = 1.203） ※水2原子とFe 1原子含む
 ◆ドーパミン（ドパミン）　※I/O = 1.781
2a3r_LDP　I'/O' = 0.868
◆アセチルコリン　※「亀-C-C-N」構造は有しません；I/O = 3.286
2ha4_ACH　I'/O' = 0.574
◆セロトニン　※I/O = 1.500
3adv_SRO　I'/O' = 0.740
3q6k_SRO　I'/O' = 0.807
◆メラトニン　※I/O = 1.346
2qx4_ML1-FAD（FAD含む）　（I'/O' = 0.281） …FAD除くアミノ酸残基のみ　メラトニン選択　メラトニン中N選択
 ◆エルゴタミン　※I/O = 1.200
4iar_ERM　I'/O' = 0.700
4ib4_ERM　I'/O' = 0.864
4nc3_ERM　I'/O' = 0.991
※参考：エルゴタミン（MDL MOL形式）
◆パロキセチン（SSRIの例）　※「亀-C-C-C-N」構造；I/O = 0.481
4l9i_8PR　I'/O' = 1.151
◆フェニルプロパノールアミン（PPA）　※I/O = 1.028
3u8q_NPU　I'/O' = 1.543
◆メタンフェタミン　※I/O = 0.425
3gkz_B40　I'/O' = 0.861
◆シロシビン（サイロシビン）　※I/O = 3.596
8qxq（シロシビン〈サイロシビン〉が結合したシロシビンシンターゼPsiM）　X8Q（シロシビン）選択　同PDBsumデータ8qxq_lp（A・B座標のうちA）　(I'/O' = 0.955) ｜シロシビン（サイロシビン，psilocybin）
◆MDMA　※I/O = 0.614
3gm0_B41　I'/O' = 0.861
◆ケタミン　※「亀-C-N」構造；I/O = 0.567
4f8h_RKE（(R)-ケタミン）　I'/O' = 1.167

◆L-DOPA〈参考〉　※パーキンソン病治療薬；ドーパミン，ノルアドレナリン，アドレナリンの前駆体；I/O = 2.417
8j8l_DAH（L-DOPA）　I'/O' = 0.539 ｜ L-DOPA（L-ドーパ，レボドパ）　→ 分子モデルで見るノーベル賞｜ Jmolトピック

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

「亀-C-C-N」構造例：左から　メチルフェニデート，セロトニン，L-ドーパ　→ Jmolトピック

アドレナリンが結合したデータのPDBsumデータ：4a7u・2hkk・4ldoの比較

ノルアドレナリンが結合したデータのPDBsumデータ：2qeo・3dye・3hcd・4ldo・4pahの比較

［左］ノルアドレナリン（noradrenaline，PuzMolによる）　［中］同（Jmol形式）
［右］フェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ 3hcd（Chain A）とAlphaFill構造 P11086のPDBsumデータ

［左］AlphaFill構造 P11086の回転画像（空間充填表示が無秩序・非構造化領域）
［右］PyMOLによる3hcdのChain AとAlphaFill構造 P11086の重ね合わせ　→ AlphaFold構造データ集