◆ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 ◆
→ PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性 ‖ ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ ←


エストロゲンレセプター
1ere_EST（17β-エストラジオール）
I'/O' = 0.693，I/O = 0.681
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲンレセプターα
1x7r_GEN（ゲニステイン；大豆イソフラボン）
I'/O' = 0.703，I/O = 1.423
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

レチノイン酸レセプター RXR-α
3kwy_T9T（トリフェニルスズ）
I'/O' = 0.238，I/O = 0.257
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲンレセプターα
3erd_DES（ジエチルスチルベストロール，DES）
I'/O' = 0.591，I/O = 0.644
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲンレセプター
1err_RAL_A（ラロキシフェン）
I'/O' = 0.626，I/O = 0.742
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲンレセプターα
3ert_OHT（4-ヒドロキシタモキシフェン）
I'/O' = 0.841，I/O = 0.456
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲン関連レセプターγ
2e2r_2OH（ビスフェノールA）
I'/O' = 0.793，I/O = 0.767
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲン関連レセプターγ
2zkc_BPZ（ビスフェノールZ）
I'/O' = 0.698，I/O = 0.667
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

エストロゲン関連レセプターβ
6lit_2OH
I'/O' = 0.583，I/O = 0.767
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺
Journal of Molecular Biology誌論文

エストロゲン関連レセプターγ
6k3n_CW6（BPA-monoF）
I'/O' = 0.734，I/O = 0.770
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺
Chemical Research in Toxicology誌論文

    
［左］エストロゲン受容体および関連受容体中のビスフェノール類　→ Jmolトピック（ビスフェノールを含むPDBsumデータ例）・別トピック
［中］ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ（PDB 2E2R）のPDBsumデータとその川上モデル
［右］AlphaFill構造 P08684から得たPDBsumデータ（LigPlot v.2.2による）　→ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造

  
［左］BPAが結合したエストロゲン関連レセプターβ 6litのPDBsumデータ（Journal of Molecular Biology誌論文）
［右］BPA-monoFが結合したエストロゲン関連レセプターγ 6k3nのPDBsumデータ（Chemical Research in Toxicology誌論文）


バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合（太）　OFF
　
　

背景・黒　灰　白　紺
難燃剤テトラブロモビスフェノールAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ 3oswのChain A
※参考：はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤）


3osw_XDI（テトラブロモビスフェノールA／PPARγ）
I'/O' = 0.763，I/O = 0.500
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺


1i9j_TES（テストステロン／免疫システム，Fabフラグメント）
I'/O' = 0.807，I/O = 0.545
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

1jtv_TES（テストステロン／17β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ）
I'/O' = 0.753，I/O = 0.545
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

1zhy_CLR（コレステロール／オキシステロール結合タンパク質）
I'/O' = 1.295，I/O = 0.268
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺
※参考：ステロイドホルモンの生合成と代謝

3d90_NOG（レボノルゲストレル〔ノルゲストレル〕／プロゲステロン受容体）
I'/O' = 0.727，I/O = 0.500
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺
※参考：低用量ピル


1ere，3erd，1err，3ertの比較（SITEは上掲データと異なる；Chime版ページ参照）


アミノ色で見る2e2r，1ere，3erdのアミノ酸配列（作成ページ）


DESを含む3erd


ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γより
DESを含む3erdのSITE(PDBsum)（左）とSITE（右）の同時表示のアニメーション


17β-estradiolとDES（濃色表示）の重ね合わせデータ（Chime版ページで作成）

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