- PGD2関連研究・情報例
- プロスタグランジン - Wikipedia
- プロスタグランジン（本サイト） ｜ GPCR - 2012年ノーベル化学賞 ｜ 川上モデル｜鍵と鍵穴模型（PGE2結合タンパク質掲載）
［Prostaglandin - Wikipedia］
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PGD2 ※参考（PGD2が結合したタンパク質例から）：1ry0のChain A（PGF合成酵素） 同PDBsumデータ 1ry0_PG2$（NAPとそのHB削除） ※参考（PGE2が結合したタンパク質例から）：6ak3_P2E（GPCR，プロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体） → 川上モデル｜鍵と鍵穴模型 ｜ 7d7m_P2E（同） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］PGD2 ［右］参考：PGD2結合タンパク質例（PGF合成酵素）1ry0のPDBsumデータ
参考：PGE2結合タンパク質例（プロスタグランジン受容体）6ak3のPDBsumデータ → 川上モデル｜鍵と鍵穴模型
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 今月の分子 045: エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)（2003/09） ｜ 092: たんぱく質同化性ステロイド (Anabolic Steroids, 筋肉増強剤)（PDBj，2007/08）
- 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝（本サイト） ｜ オキシトシン
▼別記事追加 - ママもパパもハッピーになる子育て！最新科学が教えるヒント - NHKスペシャル ママたちが非常事態!? ～最新科学で迫るニッポンの子育て～（NHK，2016/03/27放送）
- 番組制作統括の井上智広さん（NHK制作局 科学環境番組部 チーフ・プロデューサー）にご登壇いただきました：トークセッション＠サイエンスアゴラ『科学と文化を紡ぐ教育プロジェクト“ビッグヒストリー”』（日本科学未来館，2016/11/05）
- 自閉症 治療薬に弾み 金大など 新化合物効果確認 開発ベンチャー設立へ（中日新聞，2015/02/17） ※“オキシトシンに炭素を加えた新しい化合物”。
［Dihydrotestosterone - Wikipedia］
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性ホルモン関連 1ereのChain A*（17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体） 同PDBsumデータ 1ere_EST$ 2q7j*（テストステロンが結合したアンドロゲン受容体） 同PDBsumデータ 2q7j_TES$ 1d2s*（ジヒドロテストステロンが結合した性ホルモン結合グロブリン） 同PDBsumデータ 1d2s_DHT$ オキシトシン関連 オキシトシン リポオキシトシン-1（lipo-oxytocin-1，LOT-1） 1npo（オキシトシンを含むタンパク質例） B鎖（オキシトシン）選択 同PDBsumデータ 1npo_oxytocin$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 緑 ピンク 濃ピンク 橙 紫 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］LOT-1（lipo-oxytocin-1） ［右］オキシトシン（oxytocin）
- 今月の分子 143: Toll様受容体（Toll-like Receptors）（PDBj，2011/11）
- 参考：筋収縮のエネルギー変換機構を解明（JST，2007/07/23）
- Toll様受容体（本サイト）
［Toll-like receptor - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Leu選択 BCAA球表示（Leu Ile Val） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 緑 ピンク 濃ピンク 橙 紫 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- 攻撃行動促す染色体をマウスで発見（マイナビニュース，2014/06/17）
- トリプトファンヒドロキシラーゼ - Wikipedia
- 参考：セロトニン神経系 - 脳科学辞典 ｜ セロトニン
- 今月の分子 164: セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)（2003/09）
- 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例（本サイト） ｜ GPCR - 2012年ノーベル化学賞 ｜ 抗うつ剤の分類
［Serotonin - Wikipedia，Tryptophan hydroxylase - Wikipedia］
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セロトニン 1mlw（セロトニン合成酵素トリプトファンヒドロキシラーゼ；上掲論文のTph2でなくTph1） 同PDBsumデータ 1mlw_HBI$ ※参考（セロトニン結合タンパク質例）：2ymd（5-HT3受容体） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
7,8-ジヒドロ-L-ビオプテリンが結合したセロトニン合成酵素トリプトファンヒドロキシラーゼ1mlwのPDBsumデータ
- Ca2+-stabilized adhesin helps an Antarctic bacterium reach out and bind ice（Bioscience Reports，2014/06/03）
- 細菌アドヘシン - meddic
［Bacterial adhesin - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- ネオニコチノイド系農薬の危険性をめぐる議論は次の段階に（Vol. 12 No. 7 | Nature ダイジェスト）
- 平成26年度蜜蜂被害事例調査の結果と今後の対策について（農林水産省，2015/06/23）
- 【生態】ネオニコチノイドはトウヨウミツバチの嗅覚学習を阻害する（Nature ハイライト，2015/06/18）
- 農薬でハチがハイになる…！ ネオニコチノイド系農薬の新たな事実が発覚（ギズモード・ジャパン，2015/05/06）
- Bee studies stir up pesticide debate（Nature，2015/04/22）
- ミツバチ大量死の原因？ 米で一部農薬の新規使用禁止（朝日，2015/04/04）
- EPA Announces It Is Unlikely to Approve New Outdoor Neonicotinoid Pesticide Uses（EPA，2015/04/02）
- EPA tells neonic producers approval of new uses unlikely, for now（AgriPulse，2015/04/03） ※“imidacloprid, clothianidin, thiamethoxam, and dinotefuran”。
- Neonicotinoid Pesticides & Bee Colonies（Compound Interest，2015/04/14）
- 「ミツバチ減少の原因」、殺虫剤が米ポートランド市で使用禁止に（ロイター，2015/04/03）
- 農産物の「特別栽培」表示では農薬使用の危険度はわからない（ハーバー・ビジネス・オンライン，2015/02/17）
- ミツバチの群れ消滅、原因は農薬 米・ハーバード大が実験（47NEWS，2015/02/16）
- Researchers confirm that neonicotinoid insecticides impair bee's brains（Phys.Org，2015/02/05）
- 一斗缶一杯が茶わん一杯に…ミツバチ失踪相次ぐ（読売，2015/01/20）
- 「ミツバチ大量死」との関連が疑われる農薬に、世界中で規制の動き。日本は逆行（ハーバー・ビジネス・オンライン，2014/12/31）
- ミツバチ大量死？の農薬、残留基準緩和へ 厚労省（朝日，2014/12/24） ※“クロチアニジンは日本ではコメや大豆の害虫対策に使われている。今後、国民への意見募集などの手続きをへて…”。
- アメリカ、ハワイなど野生生物の保護区でもネオニコ禁止に ～オバマ大統領令につづくアメリカの動き（2）（グリーンピース，2014/12/20）
- ネオニコチノイド、ミツバチ大量死の原因とされる農薬がカナダ・オンタリオ州で規制（ハフポ，2014/12/01）
- ミツバチ保護急務、農業に貢献大 国連機関が報告書 （日経，2014/10/16）
- 農薬ネオニコチノイドを規制する世界、行動しない日本（朝日，2014/07/24）
- ミツバチ大量死、原因は害虫用殺虫剤 分析で成分検出（朝日，2014/07/19）
- 夏季に北日本水田地帯で発生が見られる巣箱周辺でのミツバチへい死の原因について（農研機構，2014/07/18）
- 「ネオニコ系農薬はミツバチ減少の要因」――800の論文を基に国際的な科学者チームが発表（オルタナ，2014/06/26）
- イネの農薬がミツバチ大量死の原因か（NHK，2014/06/22）
- Presidential Memorandum -- Creating a Federal Strategy to Promote the Health of Honey Bees and Other Pollinators（White House，2014/06/20）
- 木村-黒田純子・黒田洋一郎，『自閉症・ADHDなど発達障害増加の原因としての環境化学物質 ─有機リン系，ネオニコチノイド系農薬の危険性（下）』，「科学」，2013年7月号
- EUでネオニコチノイド系農薬の規制スタート！（グリーンピース，2013/12/06） ｜ BEE MY FRIEND 食と農の明日のために
- ハチの経済価値は予想以上に大、独研究（AFPBB News，2013/12/04）
- 謎のミツバチ大量死 EU農薬規制の波紋 - NHK クローズアップ現代（2013/09/12放送）
- 減少するミツバチ 殺虫剤、メリットはあるが生態系への懸念も（swissinfo.ch，2013/06/25） ※ネオニコチノイド。“有効な成分を一から開発するには約2億ドルの費用、2500人の研究者、2万5千回の臨床実験が必要”。
- EU ミツバチ減少で農薬3種を禁止（NHK，2013/05/25）
- ハチ激減と関連性ある殺虫剤3種、2年間の使用禁止へ EU（AFPBB News，2013/04/29）
- 特集『ミツバチ大量死の背景にあるもの -神経かく乱物質の関与はあるのか？』，環境ホルモン学会ニュースレター，Vol.13，No.3 (2010)
- 第24回環境ホルモン学会講演会「ネオニコチノイド -新たな環境かく乱物質となるのか？」（2011/02/07，東京大学山上会館） [PDF]
- 松永和紀，「食の安全と環境」，日本評論社(2010)
- ネオニコチノイド - Wikipedia
- ネオニコチノイド系農薬と予防原則（NHKクロ現，2013/09/12） - Togetter
- ネオニコチノイド系農薬問題（本サイト） ｜ “科学技術と社会”を考える（旧タイトル：「予防原則」を取り上げた本から） ｜ 農薬データ集 ｜ 別トピック（アセチルコリン結合タンパク質）
［Neonicotinoid - Wikipedia，Imidacloprid - Wikipedia］
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PDBデータ 3c79*（アセチルコリン結合タンパク質；イミダクロプリドが結合） 同PDBsumデータ 3c79_IM4$ イミダクロプリド（imidacloprid；ネオニコチノイド系農薬） クロチアニジン（clothianidin；同） チアメトキサム（thiamethoxam；同） ジノテフラン（dinotefuran；同，異性体あり） 参考：ニコチン（nicotine） ∥ ニコチン（最上段）とネオニコチノイド系農薬4種（イミダクロプリド，クロチアニジン，チアメトキサム，ジノテフラン；中段左から時計回りで）の同時表示 参考（ネオニコチノイド系以前の農薬例）：DDT（有機塩素系 → 新規POPs有害物質リスト） ｜ マラチオン（malathion；有機リン系 → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例） ∥ DDT，マラチオン，クロチアニジンの同時表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 緑 ピンク 濃ピンク 橙 紫 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ニコチンとネオニコチノイド系農薬4種の同時表示
（データ上掲；右は「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」による）
アセチルコリン結合タンパク質1uw6（ニコチン結合）・3c79（イミダクロプリド結合）・3wti（クロチアニジン結合）のPDBsumデータ
- Structural Basis for the Enzymatic Formation of the Key Strawberry Flavor Compound 4-Hydroxy-2,5-dimethyl-3(2H)-furanone（Journal of Biological Chemistry，2013/04/15）
- フラネオール - Wikipedia ※フラネオールは商品名
- 参考：醤油の楽しみ方 - 職人醤油
- 動く香り分子事典（本サイト）
［Furaneol - Wikipedia］
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PDBデータ 4idc（イチゴのエノン酸化還元酵素； HDMFとNADPHが結合） 同PDBsumデータ 4idc_1XX（NADPH含む）$ HDMF選択 HDMF（4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone；異性体あり） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 緑 ピンク 濃ピンク 橙 紫 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」によるアスペルギロマラスミンA（aspergillomarasmine A）の表示
- 幼い命がなぜ… ～東京女子医大病院 医療事故の深層～ - NHK クローズアップ現代（2014/07/22放映）
- プロポフォールに関するトピックス（朝日，2013-2014）
- 麻酔科学会が注意喚起 「プロポフォール」投与巡り（日経，2014/06/14）
- 東京女子医大:「禁止薬使用、重大問題」…小児12人死亡（毎日，2014/06/12）
- プロポフォール関連別ニュース：コロナ重症治療の麻酔薬がピンチ 患者急増の影響で（朝日，2021/05/21）
- プロポフォール関連別研究：Propofol rescues voltage-dependent gating of HCN1 channel epilepsy mutants（Nature，2024/07/31） [NEW!] ※2024/07/31公開8uc7（下掲）・9bc6・8uc8・9bc7
- プロポフォール - Wikipedia
- 参考：X-ray structures of general anaesthetics bound to a pentameric ligand-gated ion channel（Nature，2011/01/19）
［Propofol - Wikipedia］
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プロポフォール（propofol） ※プロポフォール結合タンパク質例 8uc7のChain A（プロポフォール〈propofol〉が結合したHCNチャネルHCN1） 同PDBsumデータ 8uc7_PFL[701(D)]$ ［HCN channel - Wikipedia］ 3p50*（リガンド開口型イオンチャネル） 同PDBsumデータ 3p50_PFL$（PLC含む） PFL（プロポフォール）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
プロポフォール（propofol；商品名ディプリバン，Diprivan）
プロポフォール（propofol）が結合した野生型HCNチャネルHCN1 8uc7のChain AとそのPDBsumデータ
（他にM305L変異型の9bc6あり）
- Crystal Structure of Cas9 in Complex with Guide RNA and Target DNA（Cell，2014/02/13）
- ゲノムDNAを自在に切断する"はさみ"のかたち ～Cas9タンパク質の構造解明～（東京大学，2014/02/14）
- ゲノム編集コンソーシアム
- CRISPR/Casシステムを用いたアレル特異的ゲノム編集とラット毛色突然変異の修復！（京都大学，2014/06/26）
- 別トピック（本サイト）
［Genome editing - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 B鎖（RNA）選択 C鎖（DNA）選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |