- Structure Of Allium Lachrymatory Factor Synthase Elucidates Catalysis On Sulfenic Acid Substrate（bioRxiv，2017/05/30）
- Plant biochemistry: An onion enzyme that makes the eyes water（Nature，2002/10/17）
- タマネギ研究でのイグノーベル賞受賞について（ハウス食品，2013/09/13） [PDF]
- 【詳説】2013年イグノーベル化学賞！「涙のでないタマネギ開発」（Chem-Station，2013/09/14）
- 涙の出ないタマネギ - Wikipedia
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5gtgのChain A・B（S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素LFS） PGO（S-1,2-プロパンジオール）選択 ※参考（タマネギの催涙成分）： syn-プロパンチアール-S-オキシド（syn-propanethial S-oxide） ［Syn-Propanethial S-oxide - Wikipedia］ ※参考（タマネギやニンニクに含まれるにおい成分）： アリシン（allicin） ｜ アリイン（alliin；アリシンの前駆体） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素（LFS）5gtgのChain A・B ［右］タマネギの催涙成分 syn-プロパンチアール-S-オキシド
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Structural basis for allosteric, substrate-dependent stimulation of SIRT1 activity by resveratrol（Genes & Development，2015/06/15）
- サーチュイン遺伝子 - Wikipedia ｜ レスベラトロール
- レスベラトロール関連別トピック
［Sirtuin - Wikipedia］
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5btrのChain A・D（レスベラトロールが結合したSIRT1） STL（1-レスベラトロール）選択 Chain D選択 同PDBsumデータ5btr_STL[702(A)]$ レスベラトロール（resveratrol） → 別トピック[1]・[2] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
レスベラトロールが結合したサーチュイン1（SIRT1） 5btrのChain D（左）とそのPDBsumデータ（右）
- An Unusual Dimeric Inhibitor of Acetylcholinesterase: Cooperative Binding of Crystal Violet（Molecules，2017/08/30）
- コリンエステラーゼ - Wikipedia ｜ クリスタルバイオレット
- アセチルコリンエステラーゼのSITE比較（本サイト） ｜ 地下鉄サリン事件 ｜ 染料の種類
［Acetylcholinesterase - Wikipedia，Crystal violet - Wikipedia］
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5ov9のChain A#（クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ） CVI（クリスタルバイオレット）選択 同PDBsumデータ5ov9_CVI[608(A)]$ クリスタルバイオレット（crystal violet） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ 5ov9のChain A（左）とそのPDBsumデータ（右）
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ラパマイシン（rapamycin） ※参考（ラパマイシンが結合したタンパク質例）： 5gpg（ラパマイシンが結合したペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼFKBP25と哺乳類ラパマイシン標的タンパク質〈mTOR〉のFRBドメイン） 同PDBsumデータ5gpg_RAP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ラパマイシンおよびそれを含む参考PDBデータ5gpg（ラパマイシンが結合したペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼFKBP25とmTOR）と同PDBsumデータ
- 構造生物学： リポ多糖の輸送は「トラップ・アンド・フリップ」機構によっている（Nature ハイライト，2017/09/14）
- Structural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport（Nature，2017/09/06）
- ABC輸送体 - Wikipedia
［Flippase - Wikipedia，ATP-binding cassette transporter - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ABC輸送体（フリッパーゼ）MsbA 5tv4
- ノーベル化学賞は分子イメージングの先駆者に（Nature ダイジェスト，2017/11/29）
- 【速報】2017年ノーベル化学賞は「クライオ電子顕微鏡の開発」に！（Chem-Station，2017/10/04）
- 【詳報】2017年ノーベル化学賞はクライオ電子顕微鏡法の開発！（科学コミュニケーターブログ，2017/10/05）
- ノーベル化学賞は低温電子顕微鏡法を開発した 欧米の3氏 自然科学系の4年連続受賞ならず（JST，2017/10/04）
- ノーベル化学賞を受賞した3人の研究者は、電子顕微鏡の革新で「未知なるミクロの世界」への扉を開いた（WIRED.jp，2017/10/06）
- たんぱく質の観察、手法開発に化学賞 ノーベル賞、欧米の３氏（朝日，2017/10/05）
- 2017 Nobel Prize in Chemistry（Nature，2017/10/05）
- Nobel Prize In Chemistry Honors Views Of Human Cells Working At The Atomic Level（NPR，2017/10/04）
- PDB Trends: Expanding Boundaries of Complexity with 3DEM（RCSB PDB，2017/10/30） ※ニュース内データから5xnlを下掲。
- 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト）
［Glutamate receptor - Wikipedia，AMPA receptor - Wikipedia，Quisqualic acid - Wikipedia］
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5vhz（キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体） QUS（キスカル酸）選択 同PDBsumデータ5vhz_QUS$ ※参考（クライオ電子顕微鏡によるZikaウイルスの構造例） → Jmolで見るジカウイルス 5h37の720量体（Chain ABCDEFGHIKLM×60〈α炭素とHETATMのみ〉；Fab C10と構造タンパク質Mが結合したジカウイルスの構造） 構造タンパク質M（Chain D・E・F）選択 C10 IgG重鎖（Chain G・I・K）選択 C10 IgG軽鎖（Chain H・L・M）選択 ※同時公開に5h30・5h32，オリジナルデータ（gz形式） 5ireの60量体（Chain A-F×10〈α炭素とHETATMのみ〉；ジカウイルスの構造） ※オリジナルデータ（gz形式） 5iz7の360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉；ジカウイルスの構造） ※オリジナルデータ（gz形式） 5u4wの360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉；未成熟なジカウイルスの構造） ※オリジナルデータ（gz形式） ※参考（クライオ電子顕微鏡によるその他の構造例）： 5xnlのChain A（光化学系IIのアンテナ色素タンパク質複合体LHCIIの部分構造） OEX（Mn4CaO5クラスター）選択 PL9（プラストキノン-9）選択 同PDBsumデータ5xnl_OEX$ → 光合成 光化学系IIの部分構造例（“歪んだ椅子”） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
2017年ノーベル化学賞受賞者の1人J. FrankによるPDBデータ例5vhz（キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体）とそのPDBsumデータ
クライオ電子顕微鏡によるZikaウイルスの構造例：5ire（左） 5iz7（中） 5u4w（右；未成熟なジカウイルス） ※いずれも360量体（Chain A-F×60；α炭素とリガンドのみ）
クライオ電子顕微鏡による光化学系IIのアンテナ色素タンパク質複合体LHCIIの部分構造例5xnlのChain AとPDBsumデータ（Mn4CaO5クラスター）
→ RCSB PDBニュース，2017/10/30 ｜ 光合成 光化学系IIの部分構造例（“歪んだ椅子”）
- Design, synthesis, X-ray studies, and biological evaluation of novel macrocyclic HIV-1 protease inhibitors involving the P1′-P2′ ligands（Bioorg. Med. Chem. Lett.，2017/09/06）
- 今月の分子 006: HIV-1タンパク質分解酵素（HIV-1 Protease）（PDBj，2000/06） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- HIVとエイズ（本サイト） ｜ エイズ薬の例 ｜ 各種エイズ治療薬を含むHIVタンパク質のSITE比較
［HIV-1 protease］
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5wlo（新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ） GR7（環状阻害剤）選択 同PDBsumデータ5wlo_GR7$ ※参考（他の阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ例）： 1ohr（ネルフィナビル〈メシル酸ネルフィナビル〉が結合したHIV-1プロテアーゼ） 同PDBsumデータ1ohr_1UN$ ｜ ネルフィナビル（nelfinavir，NFV） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ5wloおよびそのPDBsumデータ
- Cysteinyl-tRNA synthetase governs cysteine polysulfidation and mitochondrial bioenergetics（Nature Communications，2017/10/27） ※1li5（下掲）・1u0bをドッキング計算に利用
- 硫黄呼吸：哺乳類も ヒト生命維持に不可欠（毎日，2017/10/27）
- 東北大、哺乳類における「硫黄呼吸」を発見（日経，2017/10/27） ｜ プレスリリース [PDF]
- 生体硫黄関連試薬（同仁化学）
- 桜井 弘，「元素118の新知識 引いて重宝、読んでおもしろい」，pp.104-108，講談社ブルーバックス(2017)
- 生命の神秘“硫黄呼吸”！ - Togetterまとめ
- 参考：鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト）（上記Nature Communications論文中で生体内の硫黄原子利用例として鉄硫黄クラスターに言及） ｜ 別トピック
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1li5AのChain A（システイニルtRNA合成酵素） Cys28・Cys209・His234・Glu238（Zn近傍アミノ酸）選択 同PDBsumデータ1li5_ZN$ システインパースルフィド（システインペルスルフィド；cysteine persulfide；Cys-SSH） ｜ システインとシステインパースルフィドの同時表示 ※参考： 硫化水素 ｜ アリシン → 悪臭の正体 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
システイニルtRNA合成酵素1li5およびそのPDBsumデータ（●はアミノ酸中のS原子）
システインとシステインパースルフィド（システインペルスルフィド；cysteine persulfide；Cys-SSH）
［Aspartate carbamoyltransferase - Wikipedia］
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5at1の12量体（Chain A-D×3；アスパラギン酸カルバモイル転移酵素） 同PDBsumデータ5at1_CTP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素5at1の12量体（Chain A-D×3）
5at1~12
［Transferrin - Wikipedia］
※タンパク質の一部がバックボーンや二次構造表示できません。
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5h52（Tiイオンが結合したトランスフェリン） 同PDBsumデータ5h52_4TI[702(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Tiイオンが結合したトランスフェリン5h52およびそのPDBsumデータ