フキノトウの苦み成分ペタシン（petasin）

  
［左・中］ラロキシフェンが結合したアルデヒドオキシダーゼ7orcのChain AとそのPDBsumデータ　［右］ラロキシフェン（raloxifene）

病原性寄生虫ジアルジア（Giardia lamblia）のヌクレオソーム 7d69

細菌の膜輸送体タンパク質SbmA 7p34のChain AとそのPDBsumデータ

ゾウアザラシ由来ミオグロビン 7dduのChain A，アミノ酸残基8・13・19・34・35・54・56・62・116・117・122・144・152を空間充填表示（上掲iSciense論文Figure 3との比較）

COVID-19治療薬候補例 H-77

Pin1構造例 4tns（レチノイン酸結合）と2xpaのPDBsumデータと後者の全体構造

tRNAが結合したラジカルSAM酵素MiaB 7mjwとそのPDBsumデータ

PDBデータ 5is0（カプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1；Juliusらによる）

5is0（カプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1；Juliusらによる）　同PDBsmデータ5is0_6ET$　→ 他のTRPV1　［TRPV1 - Wikipedia］ ｜ カプサイシン（capsaicin） 8gfaのChain A（アンタゴニストSB-366791が結合したカプサイシン受容体TRPV1）　ZEI（SB-366791）選択　同PDBsmデータ8gfa_ZEI$ 8u43のChain A（PIP2-Br4が結合したTRPV1）　V5H（PIP2-Br4）選択　同PDBsmデータ8u43_lp$ 8gkg（TRPチャネルTRPV3） 8v6lのChain A（テトラヒドロカンナビバリン〈tetrahydrocannabivarin〉が結合したTRPチャネルTRPV3）　I8E（テトラヒドロカンナビバリン）選択　同PDBsmデータ8v6l_I8E（POV[901(B)]削除）$ 8j1bのChain A（アゴニストGSK101とルテニウムレッドが結合した温度感受性TRPチャネルTRPV4）　同PDBsmデータ8j1b_lp（GSK101）$ 8jviのChain A（アンタゴニストA2が結合した温度感受性TRPチャネルTRPV4）　V469・S470・I473・N474・Y591・I744・F748空間充填／α炭素ラベル表示　同PDBsmデータ8jvi_lp（アンタゴニストA2）$ ウサギのTRPV5 8ffqのChain A　R2R（ルテニウムレッド）選択　同PDBsumデータ8ffq_R2R$ ヒトのカルシウム選択チャネルTRPV6 7s8bのChain A　R2R（ルテニウムレッド）選択　同PDBsumデータ7s8b_R2R$ ｜ PDBsumデータ7s8c_ECL（エコナゾール）$　ECL（エコナゾール）選択　［Econazole - Wikipedia］ 6bpz（ピエゾ1機械受容チャネル；Patapoutianらによる）　［Mechanosensitive channels - Wikipedia，PIEZO1 - Wikipedia］ 7wluのChain A（ピエゾ1機械受容チャネル） 6kg7（ピエゾ2機械受容チャネルPIEZO2；α炭素とリガンドのみ）　→ 別トピック バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

  
［左・中］カプサゼピン（capsazepine）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0（Juliusらによる）と同PDBsumデータ
［右］カプサイシン（capsaicin）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 7lpe　→ 他のTRPV1

アンタゴニストSB-366791が結合したカプサイシン受容体TRPV1 8gfaのChain Aと同PDBsumデータ

PIP₂-Br₄が結合したTRPV1 8u43のChain Aと同PDBsumデータ

  
［左］TRPチャネルTRPV3 8gkg
［中・右］テトラヒドロカンナビバリン（tetrahydrocannabivarin）が結合したTRPV3 8v6lのChain Aと同PDBsumデータ（POV[901(B)]削除）

アゴニストGSK101とルテニウムレッドが結合した温度感受性TRPチャネルTRPV4 8j1bのChain AとそのPDBsumデータ

アンタゴニストA2が結合した温度感受性チャネルTRPV4 8jviのChain AとそのPDBsumデータ

ルテニウムレッドが結合したウサギのTRPV5 8ffqのChain AとそのPDBsumデータ

ルテニウムレッドが結合したヒトのカルシウム選択チャネルTRPV6 7s8bのChain AとそのPDBsumデータ（エコナゾール結合の7s8cとの比較）

ピエゾ1機械受容チャネル（Piezo1）6bpz（Patapoutianらによる）

  
［左］Piezo1 7wluのChain A（flattened structure）；curved structureが7wlt
［右］同分子と該当AlphaFold2構造E2JF22（上掲なし）のPyMolによる重ね合わせ

イオンチャネルPIEZO2タンパク質 6kg7（α炭素とリガンドのみ）　→ 別トピック

マクミラン触媒（MacMillan's catalyst）の例

マクミラン触媒（MacMillan's catalyst）の例　…NobelPrize.orgプレスリリースFig.4 [PDF]参照 L-プロリン（L-proline）　…NobelPrize.orgプレスリリースFig.3 [PDF]参照　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸 ※参考（2021/12/19放映サイエンスZEROで紹介のPDB 2ALDに代えて）：4ald（アルドラーゼ）　同PDBsumデータ4ald_2FP$　Lys229選択（Protein Science誌論文参照） バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

(S)-リモネンと(R)-リモネン　…NobelPrize.orgプレスリリースFig.2 [PDF]参照

(S)-リモネン〈レモン香味〉 空間充填　球棒　スティック 　　　 背景・黒　灰　白　紺　黄

(R)-リモネン〈オレンジ香味〉 空間充填　球棒　スティック 　　　 背景・黒　灰　白　紺　橙

  
［左］マクミラン触媒（MacMillan's catalyst）の例　［右］L-プロリン（L-proline）

(S)-リモネンと(R)-リモネン

参考：アルドラーゼ4ald（2021/12/19放映サイエンスZEROで登場の2aldに代えて）とそのPDBsumデータ（Lys229は論文中に）

PDBデータ 2brd（バクテリオロドプシン）　赤字が上掲「今月の分子 262」掲載のPDB ID

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

2hhb（デオキシヘモグロビン，ヘモグロビンα・β×2；2dhbに代えて）　同Chain A（ヘモグロビンα）　→ ヘモグロビン 2brd（バクテリオロドプシン）　RET（レチナール）選択　→ 膜貫通タンパク質データ集 1gix〈現在4v42〉のChain B・C・1（転移RNA，A-siteおよびP-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons；6tnaに代えて）　→ DNAとRNAのいろいろな姿｜コドンと遺伝暗号表 1mbn（ミオグロビン）　→ 別トピック　※上掲記事中のAlphaFold2については：PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造 ◆PDBeによるツイッタータグ #PDB50structures による50日間連続PDB構造ツイートから（緑字が回数，本サイトで掲載済みのデータのみ） 1 1mbn（ミオグロビン，上と重複） ｜ 2 6lu7の4量体（Chain A・C×2；SARS-CoV-2メインプロテアーゼ） ｜ 3 5fst（UniProt accession P00698の例として；リゾチーム） ｜ 4 1z58（7k00に代えて，ラパマイシンが結合したリボソームのラージサブユニット；2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる；リボソーム） ｜ 5 1hgg（3hmgに代えて；ヘマグルチニン） ｜ 6 1tf7（シアノバクテリアの概日時計タンパク質KaiC） ｜ 7 5tis（2axtに代えて；光化学系II）　Mn4CaO5クラスター選択 ｜ 8 1jz8〈X線回折による〉（Cryo電子顕微鏡による5a1aに代えて；β-ガラクトシダーゼ → 本サイト内Google“Cryo-EM”検索結果） ｜ 9 1cvn（3cnaに代えて；コンカナバリンA → PDBj「今月の分子 124」参照） ｜ 10 2d1s（UniProt accession P08659とは異なる同P13129の例として；ルシフェラーゼ） ｜ 11 3j2t（3j9lに代えて；アポトソーム） ｜ 12 6d6v（3kylに代えて；テロメラーゼ） ｜ 13 ｜ 14 2cpp（P450 → 関連でAlphaFold構造（PDB 2v0m）） ｜ 15 1mco（免疫グロブリン） ｜ 16 1bl8（イオンチャネル） ｜ 17 3pcqの36量体（Chain A-F・I-M・X×3；光化学系I） …XFEL〈X線自由電子レーザー〉による構造解析の例として ｜ 18 3ckzのPDBsumデータ（1nncに代えて；ザナミビル〈リレンザ〉が結合したインフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ） ｜ 19 4pkn（1svtに代えて；GroEL-GroESシャペロニン〈シャペロンの一種〉；1svtと異なりフットボール型GroEL-GroES2 → 参考：GroEL-GroE川上モデル紹介YouTube動画） ｜ 20 1trzのChain A・B（1zniに代えて；インスリン） ｜ 21 1geh（8rucに代えてに代えて；ルビスコ） ｜ 22 ドブタミン〈dobutamine〉が結合したβ1アドレナリン受容体2y00のChain A（サルブタモール〈salbutamol〉結合の2y04に代えて；β1アドレナリン受容体，GPCRの一種 → サルブタモールの構造） ｜ 23 6kn8（アクチン・ミオシン・トロポニンの複合体） ｜ 24 3pqr（UniProt accession P02699の例として；ロドプシン，GPCRの一種 → 川上モデル）　レチナール選択 ｜ 25 7c7o（6rkwに代えて；DNAジャイレース） ｜ 26 1jb0のChain A（光化学系I；光化学系Iは連載17の3pcqに続き） ｜ 27 1ema（GFP） ｜ 28 6y5aのChain A（セロトニン受容体5-HT3A，リガンド依存性イオンチャネルでGPCRではない） ｜ 29 2wbs（亜鉛フィンガーの例として → 亜鉛フィンガーのPDBsumデータ例） 亜鉛フィンガー（3個分）選択 ｜ 30 5ireの360量体（Chain A-F×60，α炭素とHETATMのみ；（ジカウイルス） ｜ 31 3c79（3wipに代えて；ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドが結合したアセチルコリン結合タンパク質） ｜ 32 3p05（3j3qに代えて；HIV-1 カプシド → PDBj「今月の分子 163」参照） ｜ 33 5c1m（μオピオイド受容体，GPCRの一種） ｜ 34 1agnのChain A（ADH7，1hdy〈ADH1B〉に代えて；アルコールデヒドロゲナーゼ〈アルコール脱水素酵素，ADH〉） ｜ 35 1r9t（1i50に代えて；RNAポリメラーゼ） ｜ 36 COX-2の1cvu（UniProt accession Q05769の例として；シクロオキシゲナーゼ（COX））　ACD（アラキドン酸）選択 ｜ 36 2wdi（tRNA〈PDBeサイト該当データ〉，2009年ノーベル化学賞受賞のRamakrishnanらによる70Sリボソーム〈現在4v5cに置換〉） ｜ 38 2hhb（2dhbに代えて；ヘモグロビン） ｜ 39〔トマトブッシースタントウイルス；関連データ掲載略〕 ｜ 40 4esv（Chain A-F・V，DNAヘリカーゼ） ｜ 41 1oxr（アスピリンが結合したホスホリパーゼA2） ｜ 42 5o3l（7nrvに代えて；アルツハイマー病患者のタウタンパク質） ｜ 43 NMR法による構造例シニョリン1uao（Model〜18のアニメーション；NMR法による構造ホスホランバン5量体2kyvに代えて） ｜ 44 1tup（Chain B・E・F，UniProt accession P04637の例として；腫瘍抑制因子 p53） ｜ 45 1e79（5areに代えて，どちらも1997年ノーベル化学賞受賞のJ.E. Walkerらによる；ATP合成酵素） ｜ 46 5x2g（2020年ノーベル化学賞受賞のCharpentierとDoudnaらによるCRISPR-Cas9） ｜ 47 1prc（光合成反応中心） ｜ 48 6w41（抗体が結合したSARS-CoV-2スパイクタンパク質（2021/12/07時点で150件）の例として） ｜ 49 1k28のChain A・D×3（5iv5に代えて；T4ファージのベースプレート，元ツイートでは他にカプシド例5vf3） ｜ 50 7pw5（キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体）　7pw5のChain AのAlphaFold構造（UniProt accession Q96Q15；PDBsumサイトより；比較画像下掲） → AlphaFold構造（本サイト） ◆Journal of Biochemistry誌50周年記念バーチャル号の引用数ベスト10から2件 引用数1位（633件） 2taaのChain A（タカアミラーゼA；α-アミラーゼ）　［タカアミラーゼA - Wikipedia］ 引用数3位（167件） 2e2r（ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ）　→ ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ

デオキシヘモグロビン2hhb（左からJmol表示，PyMOL表示，川上モデル）

    
［左］バクテリオロドプシン2brd
［中］1gix〈現在4v42に差替え〉のChain B・C・1（転移RNA，A-siteおよびP-site tRNA^PheとA- and P-site mRNA codons）
［右］ミオグロビン1mbn

キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体7pw5と同Chain AのAlphaFold構造（UniProt accession Q96Q15の比較　→ AlphaFold構造（本サイト）

  
Journal of Biochemistry誌50周年記念バーチャル号の引用数ベスト10から
［左］2taaのChain A（タカアミラーゼA；α-アミラーゼ，引用数1位）　［右］2e2r（ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ，引用数3位）