Jmolで見るトピックス分子（21-5）

◆ Jmolで見るトピックス分子（21-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。

ジャガイモ毒の例ソラニン（solanine）に関する最近のニュースから

ジャガイモの毒α-ソラニンはトマトの苦味成分から分岐進化した（神戸大学，2021/02/26）
- 秋山遼太・水谷正治，『【解説】ジャガイモの毒はトマトの苦味から進化した！　─ ステロイドグリコアルカロイドの生合成研究で発見した新経路』，化学 2022年2月号収載
- 神大と京大、理研、阪大、ジャガイモのソラニンはトマトの苦み成分から分岐進化　ジャガイモ虫害対策に遺伝子情報活用の特許公開（日経バイオテク，2021/03/03）
令和3年度ゲノム編集技術により得られたステロイドグリコアルカロイド低生産性バレイショ(ジャガイモ)の栽培実験について（農研機構，2021/04/12）
ジャガイモによる食中毒を予防するために：農林水産省
CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集（本サイト）

ジャガイモ毒の例ソラニン（solanine）
［Solanine - Wikipedia］

ソラニン（solanine）
コレステロール（cholesterol）　→ ステロイドホルモンの生合成と代謝

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
Jmol色　Rasmol色
　　
背景・黒　灰　白　紺

ジャガイモとその毒素例ソラニン（solanine）

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

DNAが酵素活性を増強する新機能の発見　―未知の生命現象の一端を掴んだ！診断技術開発へも展開―（東京農工大学，2021/06/07）　※2021/06/16公開データ7e5p（下掲）

アプタメリック・エンザイム・サブユニット（AES；新規DNAアプタマー） 7e5pのModel 1
［Aptamer - Wikipedia］

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
水素結合表示
　　
背景・黒　灰　白　紺

アプタメリック・エンザイム・サブユニット（AES；新規DNAアプタマー） 7e5pのModel 1

ロピニロールのメディシナルケミストリー　-iPS創薬でALS治療に光明-（Chem-Station，2021/06/25）　※“フェネチルアミン (フェニル-エチル-アミン) ”，“パーキンソン病に対するロピニロールの主な作用機序はドパミンD₂アゴニスト作用ですが…”。

ロピニロール（ropinirole）
［Ropinirole - Wikipedia］

ロピニロール（ropinirole）
ドパミン／ドーパミン（dopamine）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）
※参考（ドパミンD₂受容体構造例）： 6cm4（ドパミンD₂受容体；リスペリドン〈risperidone〉結合）　8NU（リスペリドン）選択　同PDBsumデータ6cm4_8NU$　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）　［Dopamine receptor D₂ - Wikipedia，Risperidone - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

ロピニロール（ropinirole）

参考：リスペリドン（risperidone）が結合したドパミンD₂受容体構造例 6cm4とそのPDBsumデータ

生命の源、光合成の足場づくり～「足場＝チラコイド膜」を守り光合成を高めるしくみを明らかに～（岡山大学，2021/06/24）　※“植物が光合成を行う葉緑体の膜にあるタンパク質分子の集合体「VIPP1」”。2021/06/30公開PDBデータ7o3w・7o3x・7o3y・7o3z（下掲）・7o40

VIPP1（vesicle-inducing protein in plastids 1）の構造例 7o3zの108量体（Chain A-F×18，α炭素のみ）

VIPP1（vesicle-inducing protein in plastids 1）の構造例 7o3zの108量体（Chain A-F×18，α炭素のみ）

Structural basis of antifolate recognition and transport by PCFT（Nature，2021/05/21）　※邦題『構造生物学：葉酸拮抗剤のPCFTによる認識と輸送の構造基盤』（Nature v595 n7865）。2021/05/12公開PDBデータ7bc6・7bc7（下掲）

話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）｜水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（葉酸）｜別トピック

ペメトレキセド（pemetrexed）が結合したプロトン共役葉酸トランスポーター（PCFT）7bc7
［Proton-coupled folate transporter - Wikipedia，Pemetrexed - Wikipedia］

7bc7（ペメトレキセド〈pemetrexed〉）が結合したプロトン共役葉酸トランスポーター）　同PDBsumデータ7bc7_LYA$
ペメトレキセド（pemetrexed）
葉酸（folate；ビタミンB₉，ビタミンM）　［Folate - Wikipedia］

［左・中］ペメトレキセドが結合したプロトン共役葉酸トランスポーター（PCFT）7bc7とそのPDBsumデータ　［右］ペメトレキセド（pemetrexed）

今月の分子 259: 人工設計タンパク質と市民科学（Designed Proteins and Citizen Science）（PDBj，2021/07）｜ Molecule of the Month（PDB）　※記事中のディールス・アルドラーゼ（Diels-Alderase）の構造例を以下に

Increased Diels-Alderase activity through backbone remodeling guided by Foldit players（Nature Biotechnology，2012/01/22）
Diels-Alderase別研究例：天然物が持つ鏡像異性な環状骨格を作り分ける 2つの酵素の反応機構を解明（鳥取大学，2012/08/19）　※Fsa2（PDB 7e5t）およびPhm7（PDB 7e5u ・7e5v〈下掲〉）。
- Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons（Angewandte Chemie International Edition，2012/06/13）
Foldit - Wikipedia
ディールス・アルダー反応関連情報例

ディールス・アルドラーゼ（Diels-Alderase）3u0sのChain A

3u0sのChain A（ディールス・アルドラーゼ〈Diels-Alderase〉）　EPE選択　同PDBsumデータ3u0s_EPE$
7e5vのChain A（ディールス・アルドラーゼ〈Diels-Alderase〉）　HZC（阻害剤）選択　同PDBsumデータ7e5v_HZC[401(A)]$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

ディールス・アルドラーゼ（Diels-Alderase）3u0sのChain AとそのPDBsumデータ

同7e5v（3-アミノメチル-p-メンタン）のChain AとそのPDBsumデータ

構造生物学：血液脳関門を維持する（Nature ハイライト，2021/07/08）　※“DHAは、リゾホスファチジルコリンとのリン脂質複合体として輸送体MFSD2Aにより血液脳関門を横切って輸送される”。

Structural basis of omega-3 fatty acid transport across the blood-brain barrier（Nature，2021/06/16）

輸送体MFSD2A 7mjsのChain X
［MFSD2 - Wikipedia］

7mjsのChain X（輸送体MFSD2A）　同PDBsumデータ7mjs_ZGS$
※参考： DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）　→ 別トピック

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左・中］輸送体MFSD2A 7mjsのChain XとそのPDBsumデータ　［右］DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）

Discovery of macrocyclic HDACs 1, 2, and 3 selective inhibitors for HIV latency reactivation（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2021/07/01）　※2021/07/14公開データ7mos・7mot・7mox・7moy・7moz（下掲）

ヒストン脱アセチル化酵素2（HDAC2） 7mozのChain A
［Histone deacetylase - Wikipedia，Histone deacetylase 2 - Wikipedia］

7mozのChain A（ヒストン脱アセチル化酵素2〈HDAC2〉）　ZL4選択　同PDBsumデータ7moz_ZL4$ ｜ PDBsumデータ7mos_ZLV$
5eduのChain A（ヒストン脱アセチル化酵素6〈HDAC6〉；trichostatin A〈トリコスタチンA〉が結合）　TSN（trichostatin A）選択　同PDBsumデータ5edu_TSN$　→ 別トピック
1t69（ヒストン脱アセチル化酵素8〈HDAC8〉；ボリノスタット〈vorinostat；SAHA〉が結合）　同PDBsumデータ1t69_SHH$　→ 抗がん剤開発と標的タンパク質

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

大環状阻害剤が結合したヒストン脱アセチル化酵素2（HDAC2）7mozのChain AとそのPDBsumデータ（7mosとの比較）

左からヒストン脱アセチル化酵素6（HDAC6；トリコスタチンAが結合）5eduのChain A，同8（HDAC8；ボリノスタットが結合）1t69，両者のPDBsumデータ

GHB analogs confer neuroprotection through specific interaction with the CaMKIIα hub domain（PNAS，2021/08/03）　※2021/07/21公開7rec

カルシウムカルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ - 脳科学辞典ia

PDBデータ 7recの14量体（Chain A-G×2；Ca²⁺/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII〈CaMKII〉）
［Ca²⁺/calmodulin-dependent protein kinase II - Wikipedia］

7recの14量体（Chain A-G×2；Ca²⁺/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII〈CaMKII〉）　同PDBsumデータ7rec_7ZV[500(G)]

Ca²⁺/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII（CaMKII）7recの14量体（Chain A-G×2）

サイエンスZERO「おっぱいの科学 “神秘の液体”の謎に迫る」（NHK，2021/06/30放送）　→ YouTube動画　※番組で紹介されたミルクオリゴ糖構造例を以下に

2'-フコシルラクトース（2'-fucosyllactose；2'FL，2FL）
［Human milk oligosaccharide - Wikipedia，2'-Fucosyllactose - Wikipedia］
※PDB 4ym1のリガンドにWinmostar無償版でH原子付加して作成

2'-フコシルラクトース（2'-fucosyllactose；2'FL，2FL）｜同データ作成のPDB元データ： 4ym1のChain A（2'-フコシルラクトース〈2'FL，2FL〉が結合したヒトガレクチン-4）　2'-フコシルラクトース選択　同PDBsumデータ4ym1_BGC-GAL-FUC$　→ FEBS Journal誌論文（2015/06/16）　［Galectin-4 - Wikipedia］
ラクトース（lactose；PDB形式〈6eymより〉）　同（MOL形式）　→ 甘味物質の秘密

［左］2'-フコシルラクトース（2'-fucosyllactose；2'FL，2FL）
［中・左］同データ作成のPDB元データ 4ym1（2'-フコシルラクトースが結合したヒトガレクチン-4）とそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」