［左］C型肝炎ウイルス（HCV）由来のプロテアーゼNS2 2hd0のChain I（2020年ノーベル生理学・医学賞受賞者Charles M. Riceによる）
［中・右］HCV治療薬例のテラプレビル（telaprevir；NS3/4Aプロテアーゼ阻害剤）とソホスブビル（ソフォスブビル，sofosbuvir；NS5Bポリメラーゼ阻害剤）

  
［左］結合型テラプレビルが結合したC型肝炎ウイルス（HCV）由来のプロテアーゼNS3/4A 3sv6と同PDBsumデータ
［中・右］参考：結合型テラプレビルが結合した新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のメインプロテアーゼ 7k6d・7k6eのPDBsumデータ

ソホスブビル二リン酸が結合したRNA指向性RNAポリメラーゼ4wtgと同PDBsumデータ

C型肝炎ウイルス（HCV）由来のプロテアーゼ/ヘリカーゼ NS3 1cu1　→ 今月の分子 255

サリチル酸が結合した調節タンパク質NPR4 6wpgのChain AとそのPDBsumデータ

阻害剤が結合したDNAジャイレースサブユニットB 7c7oとそのPDBsumデータ（7c7nおよびリード化合物結合の6kzzとの比較）

イネ Oryza sativa japonica （ジャポニカ米）の顆粒結合デンプン合成酵素 3vuf
斜体は同書で用いられていない語句

バックボーン　二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　　 　　 背景・黒　灰　白　紺

p.14ほか　：（以下はDNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 p.49　コルチゾール：コルチゾール（cortisol；“ストレス・ホルモン”）　→ 性ホルモン｜別トピック p.49　セロトニン：セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.50ほか　アグーチシグナル伝達タンパク質： 1y7jのModel 1（ヒトのアグーチシグナル伝達タンパク質構造例）　［Agouti-signaling protein - Wikipedia］ p.50ほか　メラニン： 関連PDBデータ例 1f9b（メラニン色素モノマー例が結合したラクトフェリン）　同PDBsmデータ1f9b_3ID$ p.93ほか　二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide）　→ 気候変動と適応（温室効果ガス） p.230ほか　CRISPR／p.232ほか　遺伝子編集（ゲノム編集）： 5f9r（sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9タンパク質；2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる）　→ CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》 p.258ほか　BSE： 2rnmのModel 1（酵母プリオンタンパク質のアミロイド型構造例）　→ 狂牛病とプリオン／牛海綿状脳症（BSE） p.263ほか　ジャポニカ／p.275　デンプン質の食料／p.122ほか　デンプン粒： イネの顆粒結合デンプン合成酵素例 3vuf（イネ Oryza sativa japonica顆粒結合デンプン合成酵素） p.236ほか　ビタミンA（p.253　レチノール）／p.254　ベータカロチン：ビタミンA（all-trans-ビタミンA，all-trans-レチノール）　ビタミンA（11-cis-ビタミンA，11-cis-レチノール） ｜ all-trans-レチナール　11-cis-レチナール ｜ ベータカロチン（β-カロチン，β-カロテン，β-carotene）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン｜モノはなぜ見える p.369ほか　ビタミンD：ビタミンD2（カルシフェロール，エルゴカルシフェロール ergocalciferol） ｜ ビタミンD3（コレカルシフェロール cholecalciferol）　活性型ビタミンD3（カルシトリオール calcitriol）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン｜別トピック p.373ほか　ヘモグロビン：1hho（ヒトのオキシヘモグロビン構造例）　→ ヘモグロビン ‖ ヒト・ウマ・オオカミ・イヌのα鎖（Chain A）比較： 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン） ｜ 6r2o（ウマ） ｜ 3pel（タテガミオオカミ） ｜ 3pel（グレイハウンド） p.375　免疫系遺伝子HLA-*B51： 関連タンパク質PDBデータ例 4mjiのChain A（HLAクラスI組織適合性抗原，B-51α鎖） p.388ほか　乳糖：乳糖（ラクトース，lactose）　→ 甘味物質の秘密 p.389　ラクターゼ：1jz8（アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ；ラクターゼはβ-ガラクトシダーゼの酵素群の1つ）　LAK（アロラクトース）選択　同PDBsumデータ1jz8_LAK$　→ 別トピック p.392ほか　テストステロン：テストステロン（testosterone）　→ 性ホルモン p.397ほか　メタン：メタン（methane）　→ 気候変動と適応（温室効果ガス） p.404　トリパノソーマ： 関連PDBデータ例 3wsaのChain A（結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素）　同PDBsumデータ3wsa_RWZ$　→ 別トピック　［Trypanosoma - Wikipedia，Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase - Wikipedia，SQ109 - Wikipedia］ （今後も追加予定です）

  
［左］コルチゾール（cortisol；“ストレス・ホルモン”）と参考データとして同分子結合グルココルチコイド受容体4p6xのPDBsumデータ（p.49 コルチゾール）
［右］セロトニン（serotonin）（p.49 セロトニン）

    
［左］ヒトのアグーチシグナル伝達タンパク質構造例1y7jのModel 1（p.50ほか アグーチシグナル伝達タンパク質関連）
［中］メラニン色素モノマー例が結合したラクトフェリン1f9bとそのPDBsumデータ（p.50 メラニン関連）
［右］sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9タンパク質5f9r（p.230ほか CRISPR関連；2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる）

    
［左］イネ Oryza sativa japonica顆粒結合デンプン合成酵素3vuf（p.263ほか ジャポニカ関連）
［中］ビタミンD₃と活性型ビタミンD₃（p.369ほか ビタミンD関連）
［右］アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ1jz8（p.389 ラクターゼ関連）

  
ヒト（2hhb）・ウマ（6r2o）・オオカミ（タテガミオオカミ，1fhj）・イヌ（グレイハウンド，3pel）のヘモグロビン比較（何れもα鎖）とそれぞれのアミノ酸配列（p.373ほか　ヘモグロビン関連）

結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素3wsaのChain AとそのPDBsumデータ（p.404 トリパノソーマ関連）

サリチル酸が結合した化学受容器PcaY_PP 6s37

  
4-ビニルフェノール（4-vinylphenol）とインドール（indole）

ラウリルマルトースネオペンチルグリコールが結合したオートファジータンパク質Atg9（脂質スクランブラーゼ） 7d0iのChain B

z   
［左・中］5'-グアノシン二リン酸モノチオリン酸が結合したアデニリルシクラーゼ（アデニル酸シクラーゼ） 6r3qとそのPDBsumデータ　［右］セカンドメッセンジャーの例であるcAMP（cyclic AMP）

z
納豆菌タンパク質YesO 5z6bとそのPDBsumデータ

分解能1.22Åのアポフェリチン部分構造7a4m（各コマでH原子は白で表示）