光駆動ナトリウムポンプKR2の構造例6xyt（100KにおけるO-state；Nature Communications論文中のアミノ酸残基S70・L74・R109・N112・W113・D116・D251をスティック表示）と同PDBsumデータ

化合物 #466が結合したRNAトリホスファターゼ6l7yとそのPDBsumデータ（化合物 #951結合6l7xとの比較）

グレカプレビル（glecaprevir）が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ6p6lおよびそのPDBsumデータ（6p6s，6p6t，6p6vとの比較）

阻害剤ルカパリブ（rucaparib）が結合したポリ［ADP-リボース］ポリメラーゼ1（PARP-1）6vkkのChain AとそのPDBsumデータ（阻害剤EB-47結合の6vkqとの比較）

阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル6rv3のChain A（BAY 1000493はA・B座標重ね表示）とそのPDBsumデータ（A座標；BAY 2341237結合の6rv4との比較）

  
［左］biot^C4-1コファクターが結合したストレプトアビジン6y2t　［右］ビオチンが結合したストレプトアビジン7efcの4量体（Chain A×4）そのPDBsumデータ（7efdとの比較）

ミエリン関連糖タンパク質5lf5の2量体（Chain A×2）

転移RNA構造例PDBデータ 1g59（tRNA^Glu）のChain B

バックボーン　二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　　 　　 背景・黒　灰　白　紺

p.3ほか　DNA／p.4ほか　二重螺旋／p.19ほか　RNA：（以下はDNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 p.12・21・112ほか　セントラルドグマ／p.32ほか　コドン／p.112　RNAワールド仮説：　→ コドンと遺伝暗号表 DNA部分構造例（mol形式データは塩基色表示ができません）　H原子消去 A-Tx2_G-Cx2　　A-T_G-C（mol形式；以下の2データの同時表示） A-T　同mol形式 G-C　同mol形式 p.17ほか　ウラシル(U)：UUUUUUUUUUUUの構造例　→ コドンと遺伝暗号表 p.27　岡崎フラグメント：1gtcのModel 1（岡崎フラグメント構造例） p.33ほか　転移RNA（tRNA）：1g59のChain B（tRNA構造例；tRNAGlu）　同Chain A・B（tRNAGluとGluRSの複合体） p.35・142ほか　ヘモグロビン：　→ ヘモグロビン p.37・202ほか ヒストン／p.204　ヌクレオソーム：PDBデータ 1aoi（ヒストンを含むヌクレオソームの構造例）　ヒストンH2A選択　H2B選択　H3選択　H4選択　［Histone - Wikipedia，Nucleosome - Wikipedia］ いろな姿 p.48ほか　ロバスト：　→ DNAの脆弱性と強靭性 p.57・96ほか　イントロン・エキソン／p.96ほか　スプライシング：1u6b（スプライシング時の投げ縄状構造例）Chain B（イントロン）選択　Chain C（エキソン）選択 p.72　iPS細胞：　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から p.75ほか　RNAi法：　→ 2006年ノーベル生理学医学賞：RNA干渉 p.80　RNAポリメラーゼ：6j4y（DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼの構造例）　→ Science誌論文｜別トピック　［RNA polymerase - Wikipedia］ p.100ほか　クリスパー：　→ CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集を考える p.100ほか　ウイルス：　→ 本サイト“ウイルス”Google検索結果 p.107　二〇種類のアミノ酸／p.121ほか　アミノ酸：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） ｜ 　→ アミノ酸 p.109　食塩：塩化ナトリウム（NaCl）の結晶構造 p.109ほか　水：水（water） p.111ほか　RNAワールド仮説：　→ コドンと遺伝暗号表 p.116ほか　タンパクの構造は一次から四次までの構造／p.116ほか　αヘリックス・βシート：　→ ヘモグロビン（一次構造〜四次構造の例として） p.125ほか　受容体：　→ 本サイト“受容体 OR レセプター”Google検索結果｜GPCR（多彩な受容体例） p.129・131ほか　光受容体：　→ モノはなぜ見える p.135ほか　抗体：　→ 本サイト“抗体”Google検索結果 p.137　ハブ毒：1bj3（ハブ毒構造例；血液凝固因子IXサブユニットAおよびB]） p.140　薬とは何か?：　→ 日本発の医薬品 p.145・193ほか　オプジーボ（物質名ニボルマブ）／p.146　PD-L1／p.147　PD-1：5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブのFabが結合したPD-1）　Chain Y（PD-1）選択　3bik（PD-1/PD-L1複合体）　Chain C（PD-1）選択　…本庶らによるPDBデータ（他にPD-L1のみの3bis）　→ 分子モデルで見るノーベル賞｜別トピック p.159　光合成：　→ 光合成に関係する生体分子のSITE例 p.159　呼吸鎖：　→ 別トピック p.159ほか　グルコース：α-グルコース（α-glucose）　β-グルコース（β-glucose）　→ 甘味物質の秘密 p.164ほか　がん：　→ 話題の制がん剤・抗がん剤｜抗がん剤開発と標的タンパク質 p.183ほか　エピジェネティックス／p.185・192ほか　DNAのメチル化：　→ 別トピック p.208　概日リズム：　→ 別トピック p.208　ドーパミン：ドーパミン／ドパミン（dopamine）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.213　環境ホルモン：　→ 環境ホルモン情報｜環境ホルモンとして疑われている化合物例

    
［左］DNA（p.3）の3Dプリンタ模型　［中］転移RNA（tRNA）1g59（tRNA^Glu）のChain B（p.33）　［右］DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4y（p.80）

    
［左］スプライシング時の投げ縄状構造例1u6b（B鎖：イントロン　C鎖：エキソン；p.96）　［中］20種類のアミノ酸（p.107）　［右］タンパク質の一次構造〜四次構造の例としてヘモグロビン4hhb（p.117）

  
［左］ニボルマブ（商品名 オプジーボ）のFabが結合したPD-1 5ggr（p.145）　［右］PD-L1が結合したPD-1 3bik（p.147）

  
［左］呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN（フラビンモノヌクレオチド）（p.159）　［右］ヒストンを含むヌクレオソームの構造例1aoi（p.202）

  
［左］レンボレキサント（lemborexant）
［中・右］レンボレキサントが結合したオレキシン1（OX₁）受容体6totのChain AとPDBsumデータ

  
［左］ダリドレキサント（daridorexant）
［中・右］ダリドレキサントが結合したオレキシン1（OX₁）受容体6tp3のChain AとPDBsumデータ

    
［左］スボレキサント（suvorexant）
［中・右］スボレキサント結合の6to7（OX₁受容体）と6tpj（OX₂受容体，どちらもChain A）とそれらのPDBsumデータ（後者はスボレキサントのH原子付加）

  
［左］ラメルテオン（ramelteon）
［中・右］ラメルテオンが結合したメラトニン受容体MT₁ 7db6のChain DとPDBsumデータ

  
［左・中］アミロイドβが結合したアデュカヌマブ（aducanumab）の構造例6co3とそのPDBsumデータ
［右］他のアミロイドβ構造例2naoのModel 1（残基番号1-42）；球表示は残基番号2-7（ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP）

第95回サイエンスカフェにいがた（2016/10/16）でaducanumab紹介（紹介論文(2016)，会場写真参照）