Jmolで見るトピックス分子（20-2）

◆ Jmolで見るトピックス分子（20-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

RCSB PDB 2020/07/15新規公開データより：6txr Structural insights into cubane-modified aptamer recognition of a malaria biomarker

PDBデータ 6txrのChain A（キュバン修飾型アプタマーが結合した三日熱マラリア原虫の乳酸脱水素酵素〈PvLDH〉）
［Lactate dehydrogenase - Wikipedia，Plasmodium vivax - Wikipedia］

6txrのChain A（キュバン修飾型アプタマーが結合した三日熱マラリア原虫の乳酸脱水素酵素〈PvLDH〉）　O0Q（キュバン修飾型アプタマー）選択　同PDBsumデータ6txr_O0Q[401(A)]$
※他の乳酸脱水素酵素の構造例：1ldnのChain A-D（Bacillus stearothermophilusの乳酸脱水素酵素〈BsLDH〉）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

キュバン修飾型アプタマーが結合した三日熱マラリア原虫の乳酸脱水素酵素（PvLDH）6txrのChain AとそのPDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

甘味・うま味・苦味物質の認識に必要なATPチャネルの構造可視化に成功（東京大学，2020/07/18）　※2020/07/29公開データ6lmt（他に6lmu・6lmv・6lmw・6lmx公開）

Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator channels in diverse oligomeric assemblies（Science Advances，2020/07/17）　※“6LMT (OlCALHM1EM), 6LMU (HsCALHM2), 6LMV (CeCLHM-1), 6LMW (OlCALHM1c 8-mer), and 6LMX (OlCALHM1c 9-mer)”
甘味・うま味・苦味の認識に必要なATPチャネルを可視化、立体構造を解明－東大ほか（QLifePro，2020/07/21）

PDBデータ 6lmt（CALHM1；カルシウム恒常性モジュレータ1）
［CALHM1 - Wikipedia］

6lmt（CALHM1；カルシウム恒常性モジュレータ1）　同PDBsumデータ6lmt_Y01[401(A)]（ヘミコハク酸コレステリル）$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

CALHM1（カルシウム恒常性モジュレータ1）6lmtとそのPDBsumデータ（ヘミコハク酸コレステリル，[401(A)]）

An embedded lipid in the multidrug transporter LmrP suggests a mechanism for polyspecificity（Nature Structural & Molecular Biology，2020/07/27）　※2020/07/29新規公開データ6t1zを以下に

Structures suggest how bacterial transporters bind multiple drugs（Chemical & Engineering News，2020/07/29）

PDBデータ 6t1z（多剤トランスポーターLmrP）

6t1z（多剤トランスポーターLmrP）　HT1（Hoechst 33342）選択　同PDBsumデータ6t1z_HT1$

多剤トランスポーターLmrP 6t1zとそのPDBsumデータ

今月の分子 248: フィトスルホカイン受容体（Phytosulfokine Receptor）（PDBj，2020/08）｜ Molecule of the Month（PDB）

ファイトスルフォカイン - Wikipedia

PDBデータ 4z64（フィトスルホカイン受容体）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　Leu（ロイシン）選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

フィトスルホカイン（phytosulfokine）補助受容体タンパク質SERK1が結合したフィトスルホカイン受容体1 4z64

フィトスルホカイン受容体1のアミノ酸配列（4z64のChain A）

Glu Ser Gln Thr Thr Ser Arg Cys His Pro His Asp Leu Glu Ala Leu Arg Asp Phe Ile Ala His Leu Glu Pro Lys Pro Asp Gly Trp Ile Asn Ser Ser Ser Ser Thr Asp Cys Cys Asn Trp Thr Gly Ile Thr Cys Asn Ser Asn

Asn Thr Gly Arg Val Ile Arg Leu Glu Leu Gly Asn Lys Lys Leu Ser Gly Lys Leu Ser Glu Ser Leu Gly Lys Leu Asp Glu Ile Arg Val Leu Asn Leu Ser Arg Asn Phe Ile Lys Asp Ser Ile Pro Leu Ser Ile Phe Asn Leu

Lys Asn Leu Gln Thr Leu Asp Leu Ser Ser Asn Asp Leu Ser Gly Gly Ile Pro Thr Ser Ile Asn Leu Pro Ala Leu Gln Ser Phe Asp Leu Ser Ser Asn Lys Phe Asn Gly Ser Leu Pro Ser His Ile Cys His Asn Ser Thr Gln

Ile Arg Val Val Lys Leu Ala Val Asn Tyr Phe Ala Gly Asn Phe Thr Ser Gly Phe Gly Lys Cys Val Leu Leu Glu His Leu Cys Leu Gly Met Asn Asp Leu Thr Gly Asn Ile Pro Glu Asp Leu Phe His Leu Lys Arg Leu Asn

Leu Leu Gly Ile Gln Glu Asn Arg Leu Ser Gly Ser Leu Ser Arg Glu Ile Arg Asn Leu Ser Ser Leu Val Arg Leu Asp Val Ser Trp Asn Leu Phe Ser Gly Glu Ile Pro Asp Val Phe Asp Glu Leu Pro Gln Leu Lys Phe Phe

Leu Gly Gln Thr Asn Gly Phe Ile Gly Gly Ile Pro Lys Ser Leu Ala Asn Ser Pro Ser Leu Asn Leu Leu Asn Leu Arg Asn Asn Ser Leu Ser Gly Arg Leu Met Leu Asn Cys Thr Ala Met Ile Ala Leu Asn Ser Leu Asp Leu

Gly Thr Asn Arg Phe Asn Gly Arg Leu Pro Glu Asn Leu Pro Asp Cys Lys Arg Leu Lys Asn Val Asn Leu Ala Arg Asn Thr Phe His Gly Gln Val Pro Glu Ser Phe Lys Asn Phe Glu Ser Leu Ser Tyr Phe Ser Leu Ser Asn

Ser Ser Leu Ala Asn Ile Ser Ser Ala Leu Gly Ile Leu Gln His Cys Lys Asn Leu Thr Thr Leu Val Leu Thr Leu Asn Phe His Gly Glu Ala Leu Pro Asp Asp Ser Ser Leu His Phe Glu Lys Leu Lys Val Leu Val Val Ala

Asn Cys Arg Leu Thr Gly Ser Met Pro Arg Trp Leu Ser Ser Ser Asn Glu Leu Gln Leu Leu Asp Leu Ser Trp Asn Arg Leu Thr Gly Ala Ile Pro Ser Trp Ile Gly Asp Phe Lys Ala Leu Phe Tyr Leu Asp Leu Ser Asn Asn

Ser Phe Thr Gly Glu Ile Pro Lys Ser Leu Thr Lys Leu Glu Ser Leu Thr Ser Arg Asn Ile Ser Val Asn Glu Pro Ser Pro Asp Phe Pro Phe Phe Met Lys Arg Asn Glu Ser Ala Arg Ala Leu Gln Tyr Asn Gln Ile Phe Gly

Phe Pro Pro Thr Ile Glu Leu Gly His Asn Asn Leu Ser Gly Pro Ile Trp Glu Glu Phe Gly Asn Leu Lys Lys Leu His Val Phe Asp Leu Lys Trp Asn Ala Leu Ser Gly Ser Ile Pro Ser Ser Leu Ser Gly Met Thr Ser Leu

Glu Ala Leu Asp Leu Ser Asn Asn Arg Leu Ser Gly Ser Ile Pro Val Ser Leu Gln Gln Leu Ser Phe Leu Ser Lys Phe Ser Val Ala Tyr Asn Asn Leu Ser Gly Val Ile Pro Ser Gly Gly Gln Phe Gln Thr Phe Pro Asn Ser

Ser Phe Glu Ser Asn His Leu Cys Gly Glu His Arg Phe Pro Cys Ser Glu Gly Thr Glu Ser Ala Leu Ile Lys His His His His His His

Leu = 100 （15.8 ％）
Ile = 32 （5.1 ％）
Val = 20 （3.2 ％）
Cys = 13 （2.1 ％）
Total = 631

RCSB PDB 2020/08/05新規公開データより：7bw1 Crystal structure of Steroid 5-alpha-reductase 2 in complex with Finasteride

Structure of human steroid 5α-reductase 2 with anti-androgen drug finasteride（Research Squareプレプリント，2020/07/15）　→ 全文PDF　※“Finasteride and dutasteride as SRD5α2 inhibitors are widely used anti-androgen drugs for benign prostate hyperplasia, which have recently been indicated in the treatment of COVID-19”
同PDBデータ引用別研究：AlphaFold heralds a data-driven revolution in biology and medicine（Nature Medicine，2021/10/12）　→ AlphaFoldについてはこちら参照
3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ - Wikipedia ｜フィナステリド
新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報（本サイト）｜発毛剤・育毛剤の成分

PDBデータ 7bw1（NADP-ジヒドロフィナステリドが結合した3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2）
［5α-Reductase - Wikipedia，Finasteride - Wikipedia］

7bw1（NADP-ジヒドロフィナステリドが結合した3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2）　NDX（NADP-ジヒドロフィナステリド）選択　同PDBsumデータ7bw1_NDX$
フィナステリド（finasteride）

［左・中］NADP-ジヒドロフィナステリドが結合した3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2 7bw1とそのPDBsumデータ　［右］フィナステリド（finasteride）

RNAからタンパク質へ機能の移行　生命の起源の解明のヒントに（九州大学，2020/07/31）　※2020/08/12公開データ6lvr

PDBデータ 6lvrのChain A・C（エンザイム型リボヌクレアーゼPのPPR〈ペンタトリコペプチドリピート〉ドメインとtRNA複合体立体構造）
［Ribonuclease P - Wikipedia，Pentatricopeptide repeat - Wikipedia］

エンザイム型リボヌクレアーゼPのPPR（ペンタトリコペプチドリピート）ドメインとtRNA複合体立体構造 6lvrのChain A・C

テルペン環化酵素に秘められた新規機能を発見（東京大学，2020/08/07）　※2020/07/08新規公開データ6lcd・6vyd（下掲）・6w26

Discovery of the cryptic function of terpene cyclases as aromatic prenyltransferases（Nature Communications，2020/08/07）

PDBデータ 6vydのChain A（テルペン環化酵素 FgGS）

6vydのChain A（テルペン環化酵素 FgGS）　BTM（N-ベンジル-N,Nジエチルエタンアミニウム）選択　同PDBsumデータ6vyd_BTM$ ｜ PDBsumデータ6w26_IMD（イミダゾール）$

N-ベンジル-N,Nジエチルエタンアミニウムが結合したテルペン環化酵素 FgGS 6vydのChain AとそのPDBsumデータ（イミダゾール結合の6w26との比較）

生体に近い室温条件でのタンパク質構造の測定法を開発　～創薬候補化合物探索のスピードアップに期待～（北海道大学，2020/08/26）　※2020/08/26公開：室温条件下の7bs0・7bs2・7brz・7brv・7brw・7brx（下掲）・7bry・7bs1，および低温条件下の7bs7・7bs9・7bs6・7bs3・7bsa・7bs4・7bs5・7bs8

PDBデータ 7brx（5-メトキシトリプタミンが結合したウシ膵臓トリプシン）
［Trypsin 1 - Wikipedia，5-Methoxytryptamine - Wikipedia］

7brx（5-メトキシトリプタミンが結合したウシ膵臓トリプシン）　同PDBsumデータ7brx_F5U（5-メトキシトリプタミン）$ ｜ PDBsumデータ7bs2_SRO（セロトニン）$　PDBsumデータ7brw_6SO（5-クロロトリプタミン）$

［左］5-メトキシトリプタミンが結合したウシ膵臓トリプシン7brx
［右］膵臓トリプシンのPDBsumデータ比較：7bs2（セロトニン），7brw（5-クロロトリプタミン），7brx（5-メトキシトリプタミン）

創薬：キャプシドを標的とするHIV治療（Nature ハイライト，2020/08/27）

Clinical targeting of HIV capsid protein with a long-acting small molecule（Nature，2020/07/01）　※2020/07/01公開6v2f
創薬：HIV感染症の新たな治療薬候補（Nature ハイライト，2020/07/01）
Gilead社、HIVカプシド阻害薬GS-6207の第1b相で安全性確認（日経バイオテク，2020/03/19）
Gilead and Merck collaborate on combo HIV treatment（Chemical & Engineering News，2021/03/20）　※lenacapavir（レナカパビル），islatravir（イスラトラビル）
レナカパビル関連別記事
- 多剤耐性HIV-1感染症治療薬として開発中の長期作用型カプシド阻害剤レナカパビルの国内製造販売承認を申請（共同通信，2023/06/02）
- Science’s 2024 Breakthrough of the Year: Opening the door to a new era of HIV prevention（Science，2024/12/12） [NEW!]　※“Many HIV/AIDS researchers are now hopeful that the drug, lenacapavir, will powerfully drive down global infection rates when used as pre-exposure prophylaxis (PrEP)”。lenacapavir（レナカパビル）。
  - 参考：曝露前・曝露後の予防内服（oPEP/nPEP/PrEP）（エイズ治療・研究開発センター，2024/10/21更新）
カプシド - Wikipedia
HIVとエイズ（本サイト）｜エイズ薬の例

PDBデータ 6v2fのChain A（レナカパビル〈lenacapavir，GS-6207〉が結合したHIV-1カプシド）
［HIV - Wikipedia，HIV/AIDS - Wikipedia，Lenacapavir - Wikipedia］

6v2fのChain A（lenacapavir〈GS-6207〉が結合したHIV-1カプシド）　同PDBsumデータ6v2f_QNG[300(A)]$
レナカパビル（lenacapavir，GS-6207；カプシド阻害剤）
イスラトラビル（islatravir；核酸系逆転写酵素阻害剤）　［Islatravir - Wikipedia］

レナカパビル（lenacapavir，GS-6207；カプシド阻害剤）が結合したHIV-1カプシド 6v2fのChain AとそのPDBsumデータ

［左］レナカパビル（lenacapavir，GS-6207；カプシド阻害剤）　［右］イスラトラビル（islatravir；核酸系逆転写酵素阻害剤）

Structures of human pannexin 1 reveal ion pathways and mechanism of gating（Nature，2020/06/03）　※Nature v584 n7822に日本語タイトル『構造生物学：ヒトパネキシン1の構造から明らかになったイオンの通路とゲート開閉機構』，2020/06/03公開6wbf・6wbg・6wbi・6wbk・6wbl（下掲）・6wbm・6wbn

PDBデータ 6wbl（カルベノキソロン〈carbenoxolone〉が結合したヒトパネキシン1）
［Pannexin - Wikipedia，PANX1 - Wikipedia，Carbenoxolone - Wikipedia］

6wbl（カルベノキソロン〈carbenoxolone〉が結合したヒトパネキシン1）
カルベノキソロン（carbenoxolone）

カルベノキソロン（carbenoxolone）が結合したヒトパネキシン1 6wbl（PDBsumデータに近傍アミノ酸無し；最近は各ChainのTrp）とカルベノキソロン

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」