◆ 今週の分子 ◆
連載95（2005/09/01〜）：DNAのG-四重らせん構造の例（PDBデータ2A5Rより）
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DNAのG-四重らせん構造例1kf1
Telomere - Wikipediaに画像掲載のデータ

　今年6月に創刊されたNature Chemical Biologyの最新トピック（無料の利用者登録が必要）の中に，

という記事が出ていたのを参考に，見慣れている二重らせん構造とは異なったDNAの一面を表現してみた。なお，四重らせん構造（四重鎖構造）は，テロメア（telomere）DNAでも見ることができ，こちらではG-四量体の中央にK+イオンが存在する。


※参考：生体分子のかたちの不思議／DNAの2つの姿


バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択
DNA/RNA選択　同バックボーン選択　RNA選択　G（guanine）選択
リガンド選択　
 空間充填　球棒　同（球大き目）
スティック　スティック（太）　針金
DNA/RNA（ATGCU）
Chain色　CPK色　｜　Jmol色　Rasmol色 ｜ 濃赤　濃青
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺
 DNAのG-四重らせん構造の例　初期表示（1組のG-四量体の強調）　2A5RのModel 1（初期表示；ポルフィリン含む）
※1組のG-四量体を空間充填表示，ポルフィリン（ポルフィン）誘導体をスティック表示
2A5PのModel 1（ポルフィリンなし）
　G-四量体例選択（2A5R・2A5P共通）
　　その１（6,15,19,24），その２（5,9,14,18），その３（4,8,13,17），１〜３
RNAのG-四重らせん構造の例　7Q48のModel 1　G（guanine）選択
参考（ヒトのテロメアDNAの例；ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG）
1KF1*　“テロメアの帽子”表示（話の種参照）
　G-四量体例選択（1KF1）
　　その１（4,10,16,22），その２（3,9,15,21），その３（2,8,14,20），テロメア配列TTAGGG選択（1KF1）
　　その１（5-10），その２（11-16），その３（17-22），１〜３
1K8P*
　G-四量体例選択（1K8P）
　　その１（5,11,17,23），その２（4,10,16,22），その３（3,9,15,21），１〜３
8JFQのModel 1
　G-四量体例選択（8JFQ）
　　１〜３


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！


2A5Rより（画像はChime版で作成，クリックで拡大）


2023/08/02公開8JFQのModel 1
Structure of the Major G-Quadruplex in the Human EGFR Oncogene Promoter Adopts a Unique Folding Topology with a Distinctive Snap-Back Loop（JACS，2023/07/17）

  
〔左〕絵本「テロメアの帽子」のサイト
〔右〕1KF1データで作成したテロメアの“帽子”（テロメアの繰り返しTTAGGG×3を球棒表示，G-四量体×3とK+イオンを空間充填表示）

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