◆ Jmolで見るトピックス分子（25-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Structure of a putative immature form of a Rieske-type iron-sulfur protein in complex with zinc chloride（Communications Chemistry，2023/09/09）　※2023/09/20公開7yr9・7yra（両者下掲）

    塩化亜鉛が結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA 7yr9のChain A
    		7yr9のChain A（塩化亜鉛が結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA）　同PDBsumデータ7yr9_lp（PDBsumサイトデータが出たら更新） ‖ 7yraのChain A（鉄硫黄クラスターが結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA）　同PDBsumデータ7yra_lp（同）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    リースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA 7yr9（塩化亜鉛が結合）のChain Aと同7yra（鉄硫黄クラスターが結合）のChain A，およびそれぞれのPDBsumデータ（LigPlot+ v.2.2で取得，PDBsumサイトデータが出たら更新）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Structural basis of promiscuous substrate transport by Organic Cation Transporter 1（Nature Communications，2023/10/11）　※公開データ8sc1・8sc2・8sc3（下掲）・8sc4・8sc6

    フェノテロール（fenoterol）が結合した有機カチオントランスポーター1（OCT1）8sc3
    ［Organic cation transport protein - Wikipedia，Solute carrier family - Wikipedia］
    		8sc3（フェノテロールが結合した有機カチオントランスポーター1〈OCT1〉）　同PDBsumデータ8sc3_ZVJ$ ｜PDBsumデータ8sc4_MF8（メトホルミン）$　メトホルミン（metformin）　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］フェノテロール（fenoterol）が結合した有機カチオントランスポーター1（OCT1）8sc3とそのPDBsumデータ（メトホルミン結合の8sc4との比較）　［右］メトホルミン（metformin）

  3. Identification, structural, and biophysical characterization of a positive modulator of human Kv3.1 channels（PNAS，2023/10/09）　※2023/10/25公開8f1d・8f1c（下掲）

    ポジティブモジュレーターcompound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1 8f1c
    ［Voltage-gated potassium channel - Wikipedia］
    		8f1c（compound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1）　X9T（compound 4）選択　同PDBsumデータ8f1c_X9T[602(A)]（H原子追加）$
    4jtd（電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1〈Chain A・B・G・H・Y〉；サソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin，ChTx；Chain Y〉が結合）　Chain Y（カリブドトキシン）選択　同8量体（Chain A・B×4）　［Charybdotoxin - Wikipedia］
    8w4uのChain A（HN37〈pynegabine〉が結合した電位依存性カリウムチャネル KCNQ2）　同PDBsumデータ8w4u_lp（H原子追加）$
    8zyqのChain B（ピモジド〈pimozide〉が結合したヒトの電位依存性カリウムチャネル hERG〈Kv11.1〉）　同PDBsumデータ8zyq_1II$　［hERG - Wikipedia，Pimozide - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ポジティブモジュレーターcompound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1 8f1cとそのPDBsumデータ

      
    ［左］電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1 4jtdの8量体（Chain A・B×4）
    ［右］4jtd（Chain A・B・G・H・Y；Chain Yがサソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin，ChTx〉）
    ※2003年ノーベル化学賞受賞のR. Mackinnonらによる


    HN37（pynegabine）が結合した電位依存性カリウムチャネル KCNQ2 8w4uのChain AとそのPDBsumデータ


    ピモジド（pimozide）が結合したヒトの電位依存性カリウムチャネル hERG（Kv11.1） 8zyqのChain BとそのPDBsumデータ

  4. 今月の分子 287:ZAR1レジストソーム（ZAR1 Resistosome）（PDBj，2023/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    ZAR1レジストソーム集合体6j5tのChain A・B・C
    		6j5tのChain A・B・C（ZAR1レジストソーム集合体）　同PDBsumデータ6j5t_DTP[901(G)]$　同PDBsumデータ6j5t_U5P[501(I)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ZAR1レジストソーム集合体6j5tのChain A・B・CとそのPDBsumデータ

  5. セマグルチド製剤の最適使用推進ガイドラインを公表／厚労省（ケアネット，2023/11/23）　※“セマグルチド製剤のウゴービ皮下注が肥満症治療薬として承認され、2023年11月22日に薬価収載された”。

    セマグルチド（semaglutide；商品名ウゴービ〈Wegovy〉）が結合したGLP-1受容体 7ki0のChain P・R
    		7rgpのChain P・R（セマグルチドが結合したGLP-1受容体）　Chain P（semaglutide）選択　同Chain P（アミノ酸残基 7-36） ｜ 7ki0のChain P（アミノ酸残基 7-36）　［Tirzepatide - Wikipedia］（セマグルチドは31アミノ酸残基のペプチド：配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG　… HisAlaGluGlyThrPheThrSerAspValSerSerTyrLeuGluGlyGlnAlaAlaLeuGluPheIleAlaTrpLeuValArgGlyArgGly　→ DRUG: セマグルチド - KEGG
    4apdのModel 1（リラグルチド〈liraglutide〉：配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG　…セマグルチドと同じ）　同PDBsumデータ4apd_D6M$
    7rgpのChain P・R（チルゼパチドが結合したGLP-1受容体，Kobilkaらによる）　Chain P（tirzepatide）選択　同Chain P（アミノ酸残基 1-31） ｜ 7rbtのChain P（アミノ酸残基 1-32）　［Tirzepatide - Wikipedia］（チルゼパチドは39アミノ酸残基のペプチド：配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS　… Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer　→ KEGG DRUG: チルゼパチド）
    7lciのChain R（PF-06882961が結合したGLP-1受容体）　同PDBsumデータ7lci_UK4$ ‖ PDBsumデータ7lcj_UK4$　PDBsumデータ7lck_UK4$
    7s15（PF-06883365が結合したGLP-1受容体）　同PDBsumデータ7s15_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    左から セマグルチドが結合したGLP-1受容体7ki0のChain P〈semaglutide〉・R，同Chain Pのみ，
    7ki0のAlphaFold3構造例（Chain A〈semaglutide〉・B，model 0；小さい球教示は無秩序・非構造化領域），そのPDBデータとのPyMOLによる重ね合わせ
    ※セマグルチド（semaglutide）は31アミノ酸残基のペプチド
    配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG
    HisAlaGluGlyThrPheThrSerAspValSerSerTyrLeuGluGlyGlnAlaAlaLeuGluPheIleAlaTrpLeuValArgGlyArgGly
    → AlphaFold構造（2024年ノーベル化学賞）


    リラグルチド（liraglutide）4apdのModel 1（配列はセマグルチドと同じ）とPDBsumデータ

      
    ［左］チルゼパチドが結合したGLP-1受容体7rgpのChain P・R（Chain Pのアミノ酸残基：1-31）
    ［右］同7rbtのChain P（アミノ酸残基：1-32）
    ※チルゼパチド（tirzepatide）は39アミノ酸残基のペプチド
    配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS：
    Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer

    セマグルチド・リラグルチド・チルゼパチドのアミノ酸配列（I/O値順着色）
    セマグルチド・リラグルチド His Ala Glu Gly Thr Phe Thr Ser Asp Val Ser Ser Tyr Leu Glu Gly Gln Ala Ala Lys Glu Phe Ile Ala Trp Leu Val Arg Gly Arg Gly
    チルゼパチド Tyr  X  Glu Gly Thr Phe Thr Ser Asp Tyr Ser Ile  X  Leu Asp Lys Ile Ala Gln Lys Ala Phe Val Gln Trp Leu Ile Ala Gly Gly Pro Ser Ser Gly Ala Pro Pro Pro Ser


    PF-06882961（danuglipron，ダヌグロプリン）が結合した7lciのChain RとそのPDBsumデータ（7lcj・7lckとの比較）


    PF-06883365が結合した7s15とそのPDBsumデータ

  6. 妊婦のつわりの原因を特定、重症化予防の可能性も　英ケンブリッジ大研究（Forbes JAPAN，2023/12/25）　※“成長分化因子15 (GDF 15) として知られるこのホルモンは…”，“GDF15にC211Gと呼ばれる珍しい遺伝子変異があると…妊娠悪阻の発症リスクが10倍高くなる”。“糖尿病治療薬のメトホルミンを用いて妊娠前の女性のGDF15値を上昇させる臨床試験が現在進行中”のメトホルミンを下掲。

    成長分化因子15（GDF15）の構造例 5vz3
    ［GDF15 - Wikipedia］
    		5vz3（成長分化因子15〈GDF15〉）　末端アミノ酸残基5・112選択（α炭素ラベル表示）
    メトホルミン（metformin）　→ 本ページ内別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］成長分化因子15（GDF15）の構造例 5vz3（アミノ酸残基番号5-112；末端を球表示）
    ［右］同分子のAlphafold構造Q99988画像（アミノ酸残基番号1-308；C211G該当のCys211強調）


    メトホルミン（metformin）
    → 本ページ内別トピック

  7. 複雑な形状を持つタンパク質をゼロから人工設計することに成功（生命創成探究センター，2024/01/04）

    人工設計された5つのall α型タンパク質中のH5_fold-0_Elsaの計算機構造7dns_calc
    ※計算機構造データはNature Structural & Molecular Biology誌論文 Supplementary Data 1 （zipファイル）より
    		7dns_calc（all α型タンパク質中のH5_fold-0_Elsaの計算機構造） ｜ 7dnsのChain B（同実験構造）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］人工設計された5つのall α型タンパク質中のH5_fold-0_Elsaの計算機構造7dns_calc　［中］同実験構造7dnsのChain B
    ［右］両分子のPyMOLによる重ね合わせ

  8. 今月の分子 289:メディエータ（Mediator）（PDBj，2024/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    ヒトのメディエータ7enj 《α炭素のみ》
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒトのメディエータ7enj（α炭素のみ）

  9. Structural Insights into the Activation of Human Aryl Hydrocarbon Receptor by the Environmental Contaminant Benzo[a]pyrene and Structurally Related Compounds（Journal of Molecular Biology，2023/12/20）　※2024/01/10公開8qmo

    ベンゾ[a]ピレンが結合したHsp90-XAP2-AHR複合体
    ［Aryl hydrocarbon receptor - Wikipedia，AH receptor-interacting protein - Wikipedia］
    		8qmo（ベンゾ[a]ピレンが結合したHsp90-XAP2-AHR複合体）　同PDBsumデータ8qmo_lp$
    ベンゾ[a]ピレン（benzo[a]pyrene）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］ベンゾ[a]ピレンが結合したHsp90-XAP2-AHR（芳香族炭化水素受容体）複合体8qmoとそのPDBsumデータ
    ［右］ベンゾ[a]ピレン（benzo[a]pyrene）

  10. mRNA reading frame maintenance during eukaryotic ribosome translocation（Nature，2023/11/29）　※2023/09/20公開PDBデータ8ccs・8cdl・8cf5・8cdr（下掲）・8cg8・8ceh・8civ・8cgn・8cku・8cmj

    阻害剤ソルダリン（sordarin）が結合した80Sリボソーム・伸長因子2（eEF2）・tRNA複合体 8cdrのChain Aa
    ［EEF2 - Wikipedia］
    		8cdr（阻害剤ソルダリン（sordarin）が結合した80Sリボソーム・伸長因子2（eEF2）・tRNA複合体中のeEF2）のChain Aa（mmCIF → PDB converterでデータ変換）　同PDBsumデータ8cdr_Aa_cif_lp（Chain名AaをAに変更）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール（東京大学プレスリリース図3を参考に着色）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤ソルダリン（sordarin）が結合した伸長因子2（eEF2）8cdrのChain Aa（80Sリボソーム・eEF2・tRNA複合体中；mmCIF → PDB converterでデータ変換）とそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」