◆ HIVとエイズ(旧版) ◆
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新版エイズ薬の例各種エイズ治療薬を含むHIVタンパク質のSITE比較
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[TOPIC] HTLV-1情報(Jmol版)
Jmol版「分子の学習帳」

PDB部分データリスト掲載データ例 〈 〉は抗HIV薬名(候補を含む),初期表示は1ohr
1a5v*〈Y3(インテグラーゼ阻害剤)〉
1aid〈C23H27ClFNOS2(プロテアーゼ阻害剤)〉
1fk9のChain A〈エファビレンツ/efavirenz/EFV(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1hpx*〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hsg〈インジナビル/indinavir/IDV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hxb〈サキナビル/saquinavir/SQV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hxw〈リトナビル/ritonavir/RTV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1lwcのChain A〈ネビラピン/nevirapine/NVP(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1msm〈KNI-764(プロテアーゼ阻害剤)〉
1mui〈ロピナビル/lopinavir/LPV(プロテアーゼ阻害剤);lopinavirは座標2種のうちAのみ〉
1n5yのChain A・P・T〈ジドブジン/zidovudine monophosphate/ZDVMP(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1ohr〈メシル酸ネルフィナビル/nelfinavir mesylate/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1qs4のChain A〈5CITEP(インテグラーゼ阻害剤)〉(Web資料[PDF]参照)
1rl8〈リトナビル/ritonavir/RTV(プロテアーゼ阻害剤)〉
1t03のChain A・P・T〈テノホビル/tenofovir/TDF(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2aqu*〈アタザナビル/atazanavir/ATV(プロテアーゼ阻害剤);atazanavirは座標2種のうちAのみ〉
2f8g〈ダルナビル/darunabir/TMC-114(プロテアーゼ阻害剤);TMC-114は座標2種のうちAのみ〉
2fgv〈サキナビル/saquinavir/SQV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2hc0*〈AB-2(プロテアーゼ阻害剤);リガンド・水分子は座標2種のうちAのみ〉
2i4d〈GS-8373(プロテアーゼ阻害剤)〉
2i4u〈TMC-126(プロテアーゼ阻害剤)〉
2i4w〈GS-8374(プロテアーゼ阻害剤)〉
2i5j*〈DHBNH(逆転写酵素の一部であるリボヌクレアーゼH阻害剤)〉
2ic3*〈HBY 097(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2j9j*〈JG-365(プロテアーゼ阻害剤);阻害剤の複数座標混在〉
2j9k〈MVT-101(プロテアーゼ阻害剤);B鎖NLEの複数座標混在〉
2qci〈GRL-98065(プロテアーゼ阻害剤);A鎖Arg8ほか,B鎖Lys107ほか,GRL-98065は座標2種のうちAのみ〉
2o4p〈チプラナビル/tipranavir/TPV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2opp*〈GW420867X(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2p3a〈TL-3(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2pk5〈KNI-10075(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2pk6〈KNI-10033(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2psu〈CARB-AD37(プロテアーゼ阻害剤)〉
2psv〈CARB-KB45(プロテアーゼ阻害剤)〉
2pym〈ネルフィナビル/nelfinavir/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉
2qnn*〈ピロリジン誘導体の例(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
2rki〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉
2vg5*〈チオカルバメート系非核酸系逆転写酵素阻害剤〉
2won〈UK-453061(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2zd1〈リルピビリン/リルピヴィリン/rilpivirine/TMC-278(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
2zye*〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤);中性子回折データ〉 ※PDBsumデータ集参照
3a07(抗HIVタンパク質アクチノヒビン) 同Chain A
3c6t〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉
3bhe〈“three armed pyrrolidine derivative”(プロテアーゼ阻害剤)〉
3cyw〈ダルナビル/darunabir/TMC-114(プロテアーゼ阻害剤);darunavirおよび近傍アミノ酸は座標2種のうちAのみ〉
3dk1〈GRL-0105A(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
3dle〈GF128590(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dlg〈GW564511(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dok*〈GW678248(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dol〈GW695634(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3drp〈MK-4965(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3dya〈ピラゾール系(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
3ekv〈アンプレナビル/amprenavir(プロテアーゼ阻害剤)〉
3ggt〈ダルナビル/darunabir(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉
3h5b〈GRL-02031(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標3種のうちAのみ〉
3l2t*〈ラルテグラビル/raltegravir/MK-0518(インテグラーゼ阻害剤);インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉
3l2u〈エルビテグラビル〔エルビテグラビア〕/elvitegravir/GS-9137/JTK-303(インテグラーゼ阻害剤);インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉 [国内では2013年3月承認] ELV(elvitegravir)選択
3s3m〈ドルテグラビル/dolutegravir(インテグラーゼ阻害剤;プロトタイプフォーミーウイルス(PFV)のインテグラーゼとDNAに結合)〉 | 同Chain A | 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ [NEW!;2013年8月FDA承認]
4mbsのChain A〈マラビロク/maraviroc(ケモカイン受容体CCR5阻害剤)〉 同PDBsumデータ 4mbs_MRV$ MRV(マラビロク)選択 [CCR5 - WikipediaMaraviroc - Wikipedia[NEW!;Scientist記事(2013/09/12)参照]
  (今後追加します)


◆グリッドコンピューティングによるHIV関連治療薬候補探索で用いられたタンパク質
HIV-1 Protease1a30
HIV Integrase1hyv
HIV gp411czq
HIV gp1201g9m

 Find-a-Drug: Projects - HIV(現在終了;Team Japan HIVWorld Community Grid [日本語版]参照)で用いられたタンパク質

◆その他の参考データ
1a8kのChain A-C 〔プロテアーゼ〕
1u04* 〔アルゴノート(argonaute)〕
1zlw# 〔抗体2G12〕
2bf1# 〔SIV由来の非結合型gp120〕
2cmr 〔gp41,中和抗体〕
2exfのModel 1 〔ヌクレオカプシド NCp7,DNA〕
2i5yのChain G・H・L・M# 〔gp120,CD4〕
2jzwのModel 1 〔HIV-1,ヌクレオカプシド NCp7,逆転写,DNA〕
2nxy# 〔gp120,CD4,抗体17b〕
2oiy 〔RNA〕
2qad# スルホチロシン(Tys)選択 〔HIV-1,gp120,CD4,CCR5,抗体412d〕
2qsc*# 〔抗HIV-1抗体,gp120〕
2rll スルホチロシン(Tys)選択 〔HIV-1,CCR5 N末端〕
3c3z* 〔HIV-1,二本鎖RNA,リボスタマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3c44* 〔HIV-1,二本鎖RNA,パロモマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3c5d* 〔HIV-1,二本鎖RNA,リビドマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3c7r* 〔HIV-1,二本鎖RNA,ネオマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕
3dvv* 〔HIV-1ゲノムRNA,二本鎖RNA,リボスタマイシン〕
3gut 〔転写因子p65(ACEG鎖,ヒト),NF-κB(BDFH鎖,ヒト),HIV-1 LTR(IJXY鎖)〕 [NEW!]

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P


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