◆ ネオニコチノイド系農薬問題 ◆

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■ネオニコチノイド系農薬の例  ※初期表示はニコチンとネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン)の同時表示


アセタミブリド(acetamiprid;ネオニコチノイド系農薬)
イミダクロプリド(imidacloprid;同)
クロチアニジン(clothianidin;同)
ジノテフラン(dinotefuran;同,異性体あり)
スルホキサフロル(sulfoxaflor;同,異性体あり)
チアクロプリド(thiacloprid;同)
チアメトキサム(thiamethoxam;同)
ニテンピラム(nitenpyram;同)
参考:ニコチン(nicotine) ‖ ニコチン(最上段)とネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン;中段左から時計回りで)の同時表示 | ネオニコチノイド系農薬8種(アセタミブリド,イミダクロプリド,クロチアニジン,ジノテフラン,スルホキサフロル,チアクロプリド,チアメトキサム,ニテンピラム;上段左から→下段左から)の同時表示
参考(ネオニコチノイド系以前の農薬例):DDT(有機塩素系 → 新規POPs有害物質リスト) | マラチオン(malathion;有機リン系 → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例) ‖ DDT,マラチオン,クロチアニジンの同時表示

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
モル・タロウ色(CHN結合以外はJmol色)
 
背景・黒 灰 白 

  
ニコチンとネオニコチノイド系農薬4種の同時表示
(データ上掲;右は「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」による)


ネオニコチノイド系農薬8種の同時表示

■アセチルコリン結合タンパク質の例  ※初期表示はPDBデータ 3C79(アセチルコリン結合タンパク質;ネオニコチノイド系農薬のイミダクロプリドが結合)


PDBデータ 3c79*(イミダクロプリドが結合したアセチルコリン結合タンパク質) 同PDBsumデータ 3c79_IM4$ → 論文
PDBデータ 3wti(クロチアニジンが結合したアセチルコリン結合タンパク質) 同PDBsumデータ 3wti_CT4[301(A)]$ → 論文
PDBデータ 8xsuのChain A・B(ジノテフランが結合したアセチルコリン結合タンパク質;cif→pdb変換) 同PDBsumデータ 8xsuAB_lp[301(A)]$ → プレスリリース
※参考(ニコチンが結合したアセチルコリン結合タンパク質): PDBデータ 1uw6のChain A-E(アセチルコリン結合タンパク質;ニコチンが結合) 同PDBsumデータ 1uw6_NCT[1208(A)]$

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

モル・タロウ色(リガンドのCHN結合のみ)
 ピンク 濃ピンク  
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  
アセチルコリン結合タンパク質の構造:左からイミダクロプリド結合の3c79全体構造,
続いてPDBsumデータからで1uw6(ニコチン結合)・3c79(イミダクロプリド結合)・3wti(クロチアニジン結合)

  
ジノテフラン(dinotefuran)が結合したアセチルコリン結合タンパク質8xsuのChain A・BとPDBsumデータ



イミダクロプリド(モル・タロウ色表示)が結合したアセチルコリン結合タンパク質
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