◆ 今週の分子 ◆
連載84（2005/04/28〜）：ロドプシンの例（PDBデータ1L9Hより）

　先日，科学技術振興機構（JST）から以下のニュースが出されました。

　上記ページにはわかりやすい図も掲載されているほか，研究代表者である京都大学大学院の七田芳則教授のページにも関連研究情報が掲載されています。
　PDBサイトにはまだ今回のロドプシンデータが掲載されていませんが，同教授らのグループが2002年に登録しているデータがありましたので，今回はそれを取り上げました。7本のα-ヘリックス構造（膜貫通部分）に囲まれた中にあるのは，all-trnas-レチナールではなく11-cis-レチナールです。
　なお，ロドプシン型タンパク質データのポケット部位をCASTpで求め，におい分子の受容体について考察した以下のページも参考になるかと思います。 　光，におい，味などの異なった刺激を似通った仕組みで認識しているとすれば，とても興味深いことです。


※別のロドプシンデータ1f88より


ロドプシンの例（1L9HのChain A）
※初期表示で緑色が11-cis-レチナール
バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF

全選択　 タンパク質選択　 ヘリックス選択
リガンド選択 ロドプシン選択
 空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino ｜ ラベル表示 OFF
濃赤 濃青 緑
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順（タンパク質）
log P値順（タンパク質）
有機概念図I/O値順（Protein特性基 R）| 同（アミノ酸）
 ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP
※有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS
TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
※同上（アミノ酸）
GLY　SER　ASN　ASP　GLN　THR　GLU　ALA　ARG　HIS
VAL　LYS　CYS　PRO　LEU　TYR　ILE　MET　TRP　PHE

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