◆ 今週の分子 ◆
連載95(2005/09/01〜):
DNAのG-四重らせん構造の例(PDBデータ2A5Rより;Chime版)
= テロメアと『テロメアの帽子』の話題を含めて =
Jmol版DNAとRNAのいろいろな姿

 今年6月に創刊されたNature Chemical Biologyの最新トピック(無料の利用者登録が必要)の中に,

という記事が出ていたのを参考に,見慣れている二重らせん構造とは異なったDNAの一面を表現してみた。なお,四重らせん構造(四重鎖構造)は,テロメア(telomere)DNAでも見ることができ,こちらではG-四量体の中央にK+イオンが存在する。


※参考:生体分子のかたちの不思議/DNAの2つの姿

DNAのG-四重らせん構造の例  初期表示(1組のG-四量体の強調)
2A5RのModel 1(初期表示;ポルフィリン含む)
※1組のG-四量体を空間充填表示,ポルフィリン(ポルフィン)誘導体をスティック表示
2A5PのModel 1(ポルフィリンなし)
 G-四量体例選択(2A5R・2A5P共通)
   その1(6,15,19,24), その2(5,9,14,18), その3(4,8,13,17), 1〜3

参考(ヒトのテロメアDNAの例;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG
1KF1*  “テロメアの帽子”表示(話の種参照)
 G-四量体例選択(1KF1)
   その1(4,10,16,22), その2(3,9,15,21), その3(2,8,14,20), 1〜3
 テロメア配列TTAGGG選択(1KF1)
   その1(5-10), その2(11-16), その3(17-22), 1〜3

1K8P*
 G-四量体例選択(1K8P)
   その1(5,11,17,23), その2(4,10,16,22), その3(3,9,15,21), 1〜3


バックボーン
DNA/RNA(ATGCU
リガンド表示 OFF
Water表示(*印データのみ)  OFF

DNA全選択 同backbone選択
リガンド選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK色 DNA/RNA色(ATGCU
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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〔左〕絵本「テロメアの帽子」のサイト
〔右〕1KF1データで作成したテロメアの“帽子”(テロメアの繰り返しTTAGGG×3を球棒表示,G-四量体×3とK+イオンを空間充填表示)


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