◆ DNAとRNAのいろいろな姿（Jmol版） ◆
※初期表示は1d66のChain D・E
《 2007/12/27作成開始 ｜ トピックス 》
A-DNAの例116dのPQSによる二量体
■DNA
DNA部分構造例
116d* [A-DNA] ‖ PQSによる二量体* → Wikipedia参照
151dの部分 [抗がん剤アドリアマイシンのインターカレーション]
1a02のChain A・B・F・J Leu選択 [Leucine Zipper]
1bceのModel 1 [DNA三重らせん構造]
1bna* [B-DNA] → 今月の分子（PDBj）参照
1d66のChain D・E
1db6のModel 1 [DNAアプタマー]
1dxaの部分 [ベンツピレン代謝物のインターカレーション]
1eqz* [ヌクレオソームコア]
1gtcのModel 1 [岡崎フラグメント]
1hcqのChain A・B・C・D [Zinc Finger]
1iv6のModel 1 ｜ TTAGGGの例 [テロメア]
1jdg [ベンツピレン代謝物のインターカレーション] → Wikipedia参照
1jes* [Z-DNA]
1kf1* ｜ TTAGGGの例 [テロメア，G-四重らせん構造]
1n4eのChain A・B [チミンダイマー]
1pnn* [PNA（ペプチド核酸）/DNA]
1tupのChain B・E・F [がん抑制遺伝子p53，Zinc Finger]
1v3pの8量体（Chain A・B×4） [DNA八重らせん] [NEW!] → 上智大学 生物物理学研究室
1wqz*（D2O） [B-DNA，中性子回折]
2a5pのModel 1 [MYC DNA，G-四重らせん構造]
2acj [B-DNA，Z-DNA] → Wikipedia参照
2bna* [B-DNA] → Wikipedia参照
2et0* ‖ PQSによる三量体 [three-way DNA junction]
2hto* [Z-DNA]
2jskのModel 1 [テロメア，G-四重らせん構造]
2rpfのModel 1 [RecO-DNA（Synthetic construct）；原子No.50・119削除] → 理研資料参照
2z2gのModel 1 [複素芳香族アミンIQのインターカレーション]
2zke* メチル化シトシンの塩基選択 [UHRF1，DNAメチル化]
330d* [B-DNA]
3gbiの12量体（A-D鎖×3） [人工設計DNA結晶] → 今月の分子参照
3gom* [ホリデイジャンクション（Holliday junction）]
3mfi [DNAポリメラーゼη〔Polη〕，チミンダイマー；タンパク質A鎖は座標2種のうちAのみ] 同PDBsumデータ 3mfi_DTP$（dATP＋チミン二量体＋DOC） cis-syn チミン-チミン（T-T）二量体選択
5ix7の2量体（Chain A×2） [DNA-銀ハイブリッドナノワイヤー] → 上智大学 生物物理学研究室 ｜ Jmolトピック
5zna [Z-DNA（理論形）]
《参考》DNA部分構造例（mol形式データは塩基色表示ができません）
A-Tx2_G-Cx2 A-T_G-C（mol形式；以下の2データの同時表示）
A-T 同mol形式
G-C 同mol形式
■RNA ※参考：コドンと遺伝暗号表
1asyのChain A・R [tRNAAspとAspRSの複合体]
1g59のChain A・B [tRNAGluとGluRSの複合体]
1gixのChain B・C・1 [A-siteおよびP-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons]
1ml5のChain B・C [P-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons]
1mme [ハンマーヘッド型リボザイム]
1r9f* [siRNA（低分子干渉RNA）] → Molecule of the Month参照
1wz2のChain A・C ‖ 2bytのChain A・B [ロイシルtRNA合成酵素LeuRSとtRNAの複合体] → 理研資料参照
2ckyのChain A [リボスイッチ，チアミン二リン酸（TPP），Os]
2dvi [CCA付加酵素] → 産総研資料参照
2ez6 [リボヌクレアーゼIII（二本鎖RNA特異的切断酵素）] → Molecule of the Month参照
2oomのModel 1 [HIV-1，LNA/RNAアプタマー]
2zzm* SAM（S-アデノシルメチオニン）選択 [aTrm5-tRNA（tRNALeu）複合体] → 理研資料参照
2zzn* SAM（S-アデノシルメチオニン）選択 [aTrm5-tRNA（tRNACys）複合体] → 理研資料参照
3bnl* [ヘキサアンミンコバルト(III)塩]
3c44* [HIV-1，二本鎖RNA，二量化開始部位（DIS），パロモマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）]
3c5d* [HIV-1，二本鎖RNA，二量化開始部位（DIS），リビドマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）]
3c7r* [HIV-1，二本鎖RNA，二量化開始部位（DIS），ネオマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）]
3ciy [二本鎖RNA（dsRNA），トール様受容体TLR3]
3d0u* [リボスイッチ，ヘキサアンミンイリジウム(III)塩]
9h86 [環状RNAダイマー]
■DNA＋RNA
1hmhのChain A・B [RNA World]
■トピックス
●2006年 生理学医学賞関連／RNA干渉 → RNA干渉
2az0*
2b9zのModel 1
●2006年 化学賞関連／真核生物の遺伝情報転写 → 転写
1r9t ｜ Chain A・N・R・Tのみ
1i6h ｜ Chain A・D・Rのみ
◆2010年 NASAがCHNOAsS型生物発見
DNA部分構造のPをAsに変更したデータ（座標はそのまま；As型DNAの模擬構造） ｜ 1d66Chain D・Eの同様変更データ As選択 ※何れも水素結合表示は不可
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