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  ◎2014/05/10にジュンク堂書店新潟店で第77回サイエンスカフェにいがた『iPS細胞から見る未来の医療』が開催されました。 |
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◎2014/05/10にジュンク堂書店新潟店で第77回サイエンスカフェにいがた『iPS細胞から見る未来の医療』が開催されました。 |
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◎Oct4/Sox2関連 1gt0*（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例） C鎖（Oct1）選択 D鎖（Sox2）選択 ｜ 同Chain A・B（DNAのみ） ｜ 1gt0（水分子なし） ∥ 1gt0（AlphaFold3（AlphaFold 3）構造） 3l1p（Oct4関連POUドメイン；DNAに結合） ◎Klf4関連 2wbs（Klf4・DNA 複合体の例） Znフィンガー選択（3個分） 同PDBsumデータ 2wbs_ZN$ ［亜鉛フィンガー］ ◎c-Myc関連 1nkpのChain A・B・F・G（c-Myc・Max・DNA 複合体の例） A鎖（c-Myc）選択 B鎖（Max）選択 ［Myc - Wikipedia］ ◎GFP関連 1hcjのChain A（オワンクラゲ由来のGFP） ※その他のニュース関連 トルバプタン（tolvaptan；(R)-体） …Cell Reports誌論文（2023/11/30）より バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 ※1gt0について： C鎖（Oct4類似のOct1）選択 D鎖（Sox2）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
山中4因子（Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc）；左からPDBデータ1gt0（Oct1〈Oct4類似〉・Sox2），2wbs（Klf4），1nkp（c-Myc）
上図下および以下の写真・動画が3Dプリンタによる新生体分子模型Kawakami Model（JAISTプレスリリース）
PDBデータ1gt0のPyMOLによる回転アニメ
1gt0と同データのアミノ酸配列から求めたAlphaFold3構造とPyMOLによる重ね合わせ
［左］AlphaFold Serverでの，タンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列入力例（図の上段）と計算結果例（下段）
※MITテクノロジーレビュー（2024/05/09）参照
［右］得られたAlphaFold3構造例のJmolによる表示
※得られる3D構造データはcif形式でJmol表示できないため，PyMOLに読み込んでpdb形式で保存する。
トルバプタン（(R)-tolvaptan，矢印の位置のヒドロキシ基の位置で異性体）