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結晶と非結晶，無生物と生物（Jmolカラー参照）
結晶と非結晶，無生物と生物（Jmolカラー参照）
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 C 炭素（C）の同素体：ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン（C60），カーボンナノチューブ（アームチェア型の例） → フラーレン｜ベンゾ[ghi]ペリレン，ダイヤモンド，グラファイトの同時表示 Au・Ag・Cu 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示 ｜ 金（Au） 銀（Ag） 銅（Cu） Fe 鉄（Fe；面心立方格子構造の結晶） ｜ ※参考： 鉄（Fe；体心立方格子） Fe・S 黄鉄鉱（pyrite；FeS2）部分構造 ｜ Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年！｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例｜Jmolトピック 2017年制作のリガンド・分子・結晶群 ｜ 新旧データ群の抜粋 As 1hyv_TTA Au 5gu2の3量体（Chain名をM・Q・Uに変更） 金（Au）選択 同 中心のAu12原子 → Jmolトピック Cu 1c9e_MP1 Fe 2hhb_HEM（ヘム） → ヘモグロビン Hf 1o7t_HF5（リガンドのみ；アミノ酸の多くが遠方のため） Mg 3arc_CLA[607(A)]（クロロフィルa） → 光合成 光化学系IIの部分構造例 Mo 1ogp_MTQ → Mo化合物，W化合物を含む生体分子 P 4at1_ATP（ATP） P 4pv1_OPC[205(B)]（ジオレオイルホスファチジルコリン；リン脂質の例，クロロフィルaも含む） → Jmolトピック W 1b25_PTT（鉄硫黄クラスターも含む） → Mo化合物，W化合物を含む生体分子 Te・W 4z12_TEW → Mo化合物，W化合物を含む生体分子 ◆環境問題編 Br デカブロモジフェニルエーテル（DBDE，BDE-209；分子ソフトで組み立て） → 新規POPs有害物質リスト Cl 3,3',4,4',5-PeCB（分子ソフトで組み立て） H原子消去（川上モデルでは水素省略） → ダイオキシン類 Hg 塩化メチル水銀（分子ソフトで組み立て） H原子消去 → 水俣病 I 1y0x_T44（チロキシン） → 甲状腺ホルモンと受容体 ABS（アルキルベンゼンスルホン酸塩）の例 ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム（DBS；分子ソフトで組み立て） H原子消去 → 界面活性剤の種類 ビスフェノールA 2e2r_2OH → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 ◆その他 DNA部分構造例 A-T ｜ G-C H原子消去 → DNAとRNAのいろいろな姿 セルロースとアミロース セルロース（セロビオース単位×2）とアミロース（マルトース単位×2）の同時表示 → 代表的な高分子｜Jmolトピック |
［左・中］FeMoコファクターを含むニトロゲナーゼ4tku，5ijyのPDBsumデータ
［右］Fe-Mo-Sクラスター（C〈格子間炭素〉含む）を含む4tkvのPDBsumデータ → モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
［左・中］ニトロゲナーゼ4tkuとそのPDBsumデータ
［右］5cx1のPDBsumデータ（CFe7MoS9クラスター，化学同人「星屑から生まれた世界」p.212 図8.3ではMoNFe8S11クラスター）；写真の3Dプリンタ模型はCFe7MoS8クラスター）
※Nature論文（2022/07/06），京都大学プレスリリース参照
［左］4分子同時表示 ［中・右］1n2z_CNC
4分子模型と関連書籍（左から 「現代化学」2024年1月号と化学同人「星屑から生まれた世界 進化と元素をめぐる生命38億年史」）
