- 掲載記事より
- 宮崎雅雄・上野山怜子・西川俊夫，「ネコのマタタビ行動」 → Jmolトピック
- 近藤健二，「新型コロナウィルス感染症による嗅覚障害」 → 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
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p.402・439 ボンビコール：ボンビコール（bombykol） → 別トピック p.405 αグロビン：1hhoのChain A（α-グロビン，ヘモグロビン構成タンパク質〈HBA〉） → ヘモグロビン p.406 mRNA（メッセンジャーRNA）：mRNA部分構造例（UUUUUUUUUUUU） → コドンと遺伝暗号表 p.407 CRISP：1wvr（CRISP；ハブ毒 / 神経毒トリフリン〈triflin〉） p.408ほか フェロモン受容体： フェロモン受容体構造例 7ad3のChain B・H（フェロモン受容体〈クラスD GPCR，Ste2〉） → GPCR ［Fungal mating pheromone receptors - Wikipedia］ p.415 アンドロステノン：アンドロステノン（androstenone） p.415・416図1 OR7D4： OR7D4のAlphaFold2構造 AF-Q8NG98（OR7D4のAlphaFold2構造；UniProt id Q8NG98） Arg88・Thr133球棒表示／α炭素ラベル表示（p.416図1 参照） → AlphaFold構造 p.418 ベータイオノン：β-イオノン（β-ionone） → 香りの分子事典 p.417 トリメチルアミン／p.419・420 メチルメルカプタン／p.419 硫化水素：トリメチルアミン ｜ メチルメルカプタン ｜ 硫化水素 → 悪臭の正体 p.426 イリドミルメシン／ネペタラクトール：イリドミルメシン（iridomyrmecin；マタタビラクトンの例） ｜ cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol） → Jmolトピック p.433 メントール：(+)-メントール → (-)-メントールと(+)-メントール p.437 ユーカリプトール／フェニルエチルアルコール／シトロネロール／オイゲノール：ユーカリプトール（1,8-シネオール） ｜ β-フェニルエチルアルコール ｜ α-シトロネロール ｜ オイゲノール → 香りの分子事典 p.440 Z-11-hexadecenal：Z-11-hexadecenal（Z-11-ヘキサデセナール） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から ボンビコール（bombykol），Z-11-hexadecenal（Z-11-ヘキサデセナール），ユーカリプトール（1,8-シネオール，1,8-cineole）
［左］イリドミルメシン（iridomyrmecin；マタタビラクトンの例） ［中・右］cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol）とその有機概念図上の位置
［左］フェロモン受容体構造例のChain B・H（フェロモン受容体〈クラスD GPCR，Ste2〉）
［右］OR7D4のAlphaFold2構造（UniProt id Q8NG98），ARG88・Thr133を球表示（特集p.416図1 参照）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［Cellulase - Wikipedia］
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8cel（セルラーゼ） 同PDBsumデータ8cel_GLC9$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
セルロースが結合したセルラーゼ 8cel（現在は削除されている理論モデルの構造；上掲記事では7cel掲載）とそのPDBsumデータ
- ブリグチニブ結合EGFR別データ：RCSB PDB 2023/10/25新規公開データ 8h7x Crystal structure of EGFR T790M/C797S mutant in complex with brigatinib
- 上皮成長因子受容体 - Wikipedia
［Epidermal growth factor receptor - Wikipedia］
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7zyn（阻害剤WZ4002が結合したEGFR） Met790・Ser797球棒表示／α炭素ラベル表示（T790M/C797S変異部分） 同PDBsumデータ7zyn_0UN（WZ4002）$ ｜ PDBsumデータ7zym_6GY（ブリグチニブ〈brigatinib〉）$ ［Brigatinib - Wikipedia］ 8h7xのChain A（ブリグチニブが結合したEGFR） Met790・Ser797球棒表示／α炭素ラベル表示（T790M/C797S変異部分） 同PDBsumデータ8h7x_lp（ブリグチニブ）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］阻害剤WZ4002が結合した上皮成長因子受容体（EGFR）7zyn ［中］ブリグチニブ（brigatinib）が結合したEGFR 8h7xのChain A
［右］7zyn（WZ4002結合），7zym（ブリグチニブ結合），8h7x（同）のPDBsumデータ比較
- 九大生含む研究グループ オパールや石英中から新鉱物「北海道石」を発見！（九州大学，2023/11/10）
- 田中陵二主任研究員らが新鉱物を発見しました。（相模中央化学研究所，2023/05/26）
- 鉱物ってなんぞい？ ― 北海道石を例に｜彩恵りり（2023/05/28） ※“カルパチア石は、有機化学的にはコロネン (coronene) という物質と同じ分子でできており…”。 → 有機鉱物 - 結晶美術館
- 話題の「北海道石」，2023/11/18-19にお台場テレコムセンタービルで展示!! - Togetter（2023/08/27）
- 田中陵二，『天然の多環芳香族炭化水素鉱物 北海道石』，現代化学，2024年10月号
- 光る「北海道石」発見まで 児童雑誌で紹介 新鉱物の名付け方なども（毎日，2024/08/02）
- 夢かなえ見つけた北海道石 命名の田中さん、子供向け科学誌に物語（北海道新聞，2024/07/26）
- 科博・収蔵品展2023 ～賛助会費による活動を中心に～ :: 国立科学博物館 ※“倉田清量鉱物標本、北海道石”，“会期 2024年（令和6年）2月6日（火）～2月25日（日）”
- 『グリーン「鉱物博士イチ押し！おもしろい石大集合」』（NHK あさイチ，2024/01/19放送）
- 「北海道石」を解説 東海大客員教授の田中さん（群馬・高崎市出身）が28日にトークイベント（上毛新聞，2024/01/18）
- ＜十勝の１年 ２０２３＞７ 北海道石含むオパール産地公開 町文化財指定、盗掘防ぐ（北海道新聞，2023/12/19）
- 「北海道石」世紀の発見、盗掘にも腐心～２２－２１２１この１年（１）（十勝毎日新聞，2023/12/20）
- 「北海道石」で入館者数が３倍に 鹿追ジオパーク（十勝毎日新聞，2023/11/28）
- 神秘の蛍光色 新鉱物「北海道石」含むオパール産地公開 鹿追（北海道新聞，2023/10/21）
- 崖に河床に光る石の層 鹿追町「北海道石」産出地を報道陣に公開（十勝毎日，2023/10/22） ※“化合物合成の専門家田中陵二氏（相模中央化学研究所主任研究員）…”。
- 北海道で新たに発見された「北海道石」報道陣に発見場所を公開 できる仕組み解明で二酸化炭素削減に？ - YouTube（北海道テレビ，2023/10/23） …北海道テレビに動画ニュース多数
- 「北海道石」産地を町文化財に指定 違法採取防止へ鹿追町（北海道新聞，2023/09/26）
- 紫外線で輝く新鉱物「北海道石」 植物化石＋高温水で結晶化？（朝日，2023/09/19）
- #202 名実ともに「道産子」だった～有機化合物研究を促進させる北海道石の発見～（いいね！Hokudai，2023/08/23）
- 紫外線でカラフルに光る北海道石 新鉱物発見にあったマニアの着眼点（朝日，2023/07/29）
- Discovery of new mineral, 'Hokkaido Stone' ー Japan's first polycyclic aromatic hydrocarbon mineral（Science Japan，2023/07/11）
- 紫外線を当てると美しい！新たな鉱物「北海道石」が国際機関に登録…光る理由と発見の意義を聞いた（FNNプライムオンライン，2023/06/17）
- 岩肌が黄、黄緑、紫色に…新種「北海道石」はどのように発見されたのか（毎日，2023/06/14）
- 新鉱物「北海道石」の展示（フォッサマグナミュージアム，2023/06/10）
- 輝く地球の記憶 新種の鉱物「北海道石」公開！（NHK，2023/05/30）
- 北海道石 奇跡が生んだ輝き 鹿追の展示施設にぎわう 産地保全が課題に（北海道新聞，2023/09/02）
- 新鉱物「北海道石」、石油生成の謎を解くカギに？（ITmedia，2023/06/19）
- ［北海道の川を撮る！］ 北海道石？（かわたび ほっかいどう，2023/08/18）
- 北海道石？ネット高値取引 無断採掘も、地元注意喚起（大阪日日新聞，2023/06/14）
- 東京大学「日本から発見された新鉱物たち」： 北海道石 / Hokkaidoite (2022-104)
- Hokkaidoite: Mineral information, data and localities.
- 北海道石 - Wikipedia ｜ 1,12-ベンゾペリレン
- 田中さんにご協力いただいた「北海道石」展示イベント：日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023（2023/11/18-19） ｜ 日本コンピュータ化学会2023年秋季年会 一般公開イベント（2023/11/26，高松市 レクザムホール）
- （適宜追加します）
★「北海道石」ほかを日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023（テレコムセンタービル，2023/11/18-19）でブース展示し，11/19の13:00-15:00には発見メンバーの田中陵二さんに解説していただきました。また，2024年1月の同石も紹介する「石は元素の案内人」（福音館書店）に続き，2024年8月にたくさんのふしぎ 2024年8月号「光る石 北海道石 新鉱物Hokkaidoiteはっけん記」（同）が発売されました。★田中陵二さんをゲストにお迎えして第118回サイエンスカフェにいがた『ふしぎな新鉱物「北海道石」を知ろう！ 楽しもう！』（2024/04/22）を開催し，「北海道石」実物をご覧いただきました。
★「北海道石」を日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2024（テレコムセンタービル，2024/10/26-27）でブース展示しました。
［Benzo(ghi)perylene - Wikipedia］
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ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene） 鉱物に含まれるベンゾ[ghi]ペリレン以外の有機化合物例：コロネン（coronene；カルパチア石） ［Coronene - Wikipedia］ ｜ ピセン（picene；イドリア石） ［Picene - Wikipedia］ ※参考：ベンゾ[ghi]ペリレン，ダイヤモンド，グラファイトの同時表示 → ダイヤモンド，グラファイトについては分子・結晶・リガンド模型 ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene）とコロネン（coronene）の同時表示 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 CPK色 Jmol色 Rasmol色 炭素色を●に 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene） ［右］同分子とコロネン（coronene）の同時表示（●は炭素）
ベンゾ[ghi]ペリレンとダイヤモンドとグラファイトの同時表示（アニメgifで●は炭素）およびその3Dプリンタ模型（スタジオミダス製作）
左から 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023での北海道石展示，同解説パネル，ベンゾ[ghi]ペリレン・コロネン・ピセンを含む展示鉱石
※日本コンピュータ化学会2023秋季年会一般公開イベント（2023/11/26，高松市 レクザムホール）でも展示させていただきました。 → 会場写真
- Taurine deficiency as a driver of aging（Science，2023/06/09）
- タウリンは老化防止に役立つ可能性 米コロンビア大の動物実験で判明（Science Portal，2023/06/20）
- タウリンに「健康寿命延ばす効果」 サル、免疫の働き改善 米独などのグループ（朝日，2023/06/17）
- エナジードリンクの主成分「タウリン」に老化を遅らせ寿命を延ばす可能性（Forbes JAPAN，2023/06/10）
- KEGG DRUG: タウリン ｜ KEGG ENZYME: 1.14.11.17
- タウリン - Wikipedia
［Taurine - Wikipedia］
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タウリン（taurine，アミノエタンスルホン酸） 参考（タウリン結合タンパク質例）：1gqwのChain A（タウリンジオキシゲナーゼ） TAU（タウリン）選択 同PDBsumデータ1gqw_TAU$ ［Alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases - Wikipedia，Taurine dioxygenase - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］タウリン（taurine，アミノエタンスルホン酸）
［中・右］参考データとしてタウリンが結合したタウリンジオキシゲナーゼ1gqwのChain AとそのPDBsumデータ
- 今月の分子 43:Srcチロシンキナーゼ（Src Tyrosine Kinase）（PDBj，2003/07） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 分子標的薬（チロシンキナーゼ阻害薬〔Bcr-Abl〕）の解説｜日経メディカル処方薬事典
- 他のキナーゼ関連情報
- 田辺三菱製薬、台湾における「ホスタマチニブ」導入について～脾臓チロシンキナーゼ阻害剤をキッセイ薬品工業から～（日経バイオテク，2025/01/08） [NEW!] ※ホスタマチニブ（fostamatinib）関連情報を下掲
- 抗がん剤開発と標的タンパク質（本サイト） ｜ 話題の制がん剤・抗がん剤
［Kinase - Wikipedia］
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2hyyのChain A（イマチニブが結合したc-Ablタンパク質キナーゼ） 同PDBsumデータ2hyy_STI$ 1iepのChain A（同上） 同PDBsumデータ1iep_STI$ イマチニブ（imatinib） ※参考（脾臓チロシンキナーゼ阻害剤ホスタマチニブと同分子結合データ）：ホスタマチニブ（fostamatinib） ｜ 4o75（ホスタマチニブが結合したBRD4） 同PDBsumデータ4o75_2RC$ ［Fostamatinib - Wikipedia，BRD4 - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］イマチニブ（imatinib） ［中・右］イマチニブ（imatinib）が結合したc-Ablタンパク質キナーゼ2hyyのChain AとPDBsumデータ
［左］分子標的薬の例イマチニブを含む1iepのPDBsumデータより
［中・右］イマチニブが結合したキノンレダクターゼc-Abl 1iepおよびAlphaFill構造 P00520（データ掲載ページ）のPDBsumデータと後者の全体構造
※「今月の分子 283:c-Ablタンパク質キナーゼとイマチニブ」ではAlphaFill構造 P00519紹介
［左］ホスタマチニブ（fostamatinib） ［中・右］参考データ：ホスタマチニブが結合したBRD4 4o75とPDBsumデータ
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7bqbのModel 1（NF6-02構造） 7bqcのModel 1（NF4-04構造） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
NF6-02構造7bqbのModel 1とNF4-04構造7bqcのModel 1
参考図：タンパク質の高次構造のいろいろ；スーパーフォールドの例（水素結合表示，リガンドは球棒モデル）
グロビン（1thbのChain A），アップ-ダウン（256bのChain A），UBαβロール（1ubq → ユビキチン #；2004年ノーベル化学賞）
αβサンドイッチ（1apsのModel 1），TIMバレル（7timのChain A），doubly wound（2fox）
免疫グロブリンフォールド（2rhe），Trefoil（1i1b），Jellyロール（2stv）
◎美宅成樹・榊佳之 編，「バイオインフォマティクス」，p.175，東京化学同人(2003)
◎後藤祐児・高橋聡，『タンパク質フォールディングの昼と夜』，現代化学，2004年9月号，pp.26-33，東京化学同人
→ 生体分子のかたちの不思議
- TRIAC disrupts cerebral thyroid hormone action via negative feedback and heterogenous distribution among organs（iScience，2023/06/21）
- TRIAC関連別情報：甲状腺ホルモン不応症（指定難病80） - 難病情報センター
- KEGG DRUG: チラトリコール
- 環境ホルモン情報 ｜ 甲状腺ホルモンと受容体
［Tiratricol - Wikipedia］
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TRIAC（tiratricol，チラトリコール） トリヨードサイロニン（triiodothyronine，T3；3,5,3'-トリヨードチロニン） ｜ 参考（トリヨードサイロニン結合タンパク質のPDBsumデータ例）：1xzx_T3$ レボチロキシン（levothyroxine，T4；3,5,3',5'-テトラヨード-L-チロニン，L-チロキシン） ｜ 参考（レボチロキシン結合タンパク質のPDBsumデータ例）：1y0x_T44$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］TRIAC（tiratricol）および甲状腺ホルモンのトリヨードサイロニン（triiodothyronine，T3）とレボチロキシン（levothyroxine，T4）
［右］レボチロキシン（levothyroxine，T4）の川上モデル（H原子は略）
トリヨードサイロニン（T3）結合タンパク質1xzxおよびレボチロキシン（T4）結合タンパク質1y0xのPDBsumデータ
- 亜ヒ酸関連ニュース例
- 北海道で掘削現場から蒸気が噴出し高濃度のヒ素が検出された問題 そもそもヒ素って何？ 作業の現状は？（東京新聞，2023/07/11） ※“猛毒の亜ヒ酸の致死量は0.1グラム”
- 亜ヒ酸 - Wikipedia
［Arsenite oxidase - Wikipedia］
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8cffのChain A・B（亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ） AST（亜ヒ酸）選択 同PDBsumデータ8cff_lp$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ8cffのChain A・BとそのPDBsumデータ
- タンパク質が「形」を保つ力の超並列測定法 ――タンパク質科学のAI開発にも貢献――（東京大学，2023/07/20）
- たんぱく質が「形」を保つ力の超並列測定法 ～たんぱく質科学のAI開発にも貢献～（テック・アイ生命科学，2023/07/20）
- 東大とJST、タンパク質の構造的な安定性を超並列に測定する方法を開発（日経，2023/07/20）
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6m3nのModel 1（抗CRISPRファミリーAcrIF7） 2hbb（50Sリボソームタンパク質L9〈NTL9〉） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール（東京大学プレスリリース図3を参考に着色） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］抗CRISPRファミリーAcrIF7 のModel 1 ［右］天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール（東京大学プレスリリース図3を参考にした着色例）