◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.7) ◆
※初期表示はスフィンゴシン-1-リン酸受容体(GPCR)。

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Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)6(251-300)
  1. MBP(monobutyl phthalate ;フタル酸ジブチルの代謝物) MEHHP(mono(2-ethyl-5-hydroxyhexyl) phthalate;異性体あり,フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物) MEOHP(mono(2-ethyl-5-oxohexyl) phthalate;異性体あり,フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物) [Phthalate - Wikipedia
  2. PDBデータ 1BNA*(B-DNA) [Rosalind Franklin - Wikipedia今月の分子(PDBj)
  3. PDBデータ 1eer(エリスロポエチンと受容体) A鎖(エリスロポエチン)選択 [Erythropoietin - WikipediaErythropoietin receptor - Wikipedia
  4. PDBデータ 4l6r(GPCR,グルカゴン受容体) [Glucagon receptor - Wikipedia
  5. PDBデータ 4k5y*(GPCR,コルチコトロピン放出因子受容体;阻害剤CP-376395が結合) 同PDBsumデータ 4k5y_1Q5$(CP-376395) 1Q5選択 [Corticotropin releasing hormone receptor 1 - Wikipedia
  6. “生物界で見られる4種類のテトラピロール”(岩波「科学」2013年7月号コラム,p.723図を参考に)
    (a) クロロフィルa PDBデータ 3arcのChain A(光合成光化学系IIの部分構造) 同PDBsumデータ 3arc_CLA607s(35件のCLAの中から607番;CLA607以外のヘテロ分子は削除) CLA(クロロフィルa)選択 [Chlorophyll a - Wikipedia光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例(本サイト)
    (b) ヘム PDBデータ 2hhb(デオキシヘモグロビン,4量体) 同PDBsumデータ 2hhb_HEM(A鎖)$ HEM(ヘム)選択 [Heme - Wikipediaヘモグロビン(本サイト)
    (c) ビタミンB12(シアノコバラミン) PDBデータ 1n2zのChain A(ビタミンE輸送タンパク質) 同PDBsumデータ 1n2z_CNC$ CNC(シアノコバラミン)選択 [Vitamin B12 - Wikipedia水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン(本サイト)
    (d) F430 PDBデータ 3pot(メチル補酵素Mレダクターゼ) 同PDBsumデータ 3pot_F43(COM含む;06Cは削除)$ F43(F430)選択 [Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase - WikipediaCofactor F430 - Wikipedia
  7. PDBsumデータ 3min_CLF(8Fe-7Sクラスターのみ) [Iron-sulfur protein - Wikipedia鉄硫黄クラスター(本サイト)
  8. PDBデータ 4k6l(腸チフス毒素) [Typhoid fever - Wikipedia
  9. PDBデータ 2m5nのModel 1(トランスサイレチン;クロスβ構造アミロイド) [Beta amyloid - Wikipedia
  10. PDBデータ 2frvのChain S・L*([NiFe]ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 2frv_Ni$ [Hydrogenase - Wikipedia
  11. ファビピラビル(favipiravir,T-705;現在未認可のインフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤) [RNA polymerase - Wikipedia
  12. PDBデータ 3min(ニトロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 3min_CLF$(8Fe-7Sクラスター) 同PDBsumデータ 3min_HCA-CFM$([MoFe]コファクター) [Nitrogenase - Wikipedia
  13. ロドデノール(rhododenol;4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol 異性体あり) ‖ 参考: ラズベリーケトン(raspberry ketone;4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanone) [Raspberry ketone - Wikipedia
  14. PDBデータ 4bsaの6量体(H7N9インフルエンザウイルスのヘマグルチニン;Chain A・B×3)#
  15. PDBデータ 3w9jのChain A-C(緑膿菌の多剤排出タンパク質 MexB;阻害剤ABI-PPが結合) 同PDBsumデータ 3w9j_P9D$ P9D(阻害剤)選択 [Multi antimicrobial extrusion protein - Wikipedia
  16. イミダクロプリド(imidacloprid;ネオニコチノイド系農薬) ‖ PDBデータ 3c79*(アセチルコリン結合タンパク質;イミダクロプリドが結合) 同PDBsumデータ 3c79_IM4$ [Neonicotinoid - WikipediaImidacloprid - Wikipedia
  17. PDBデータ 3p05(HIVウイルスのカプシドタンパク質,5量体) [Structure and genome of HIV - WikipediaCapsid
  18. PDBデータ 3zpmのModel 1(界面活性作用を有するタンパク質 latherin〈現在和訳なし〉) Leu(ロイシン)選択
  19. PDBデータ 1el0のModel 1(ケモカインCCL11) Cys(システイン)選択 [CCL1 - WikipediaCCR8 - Wikipedia
  20. PDBデータ 4i3bのChain A(UnaGタンパク質;ビリベルジン〈biliverdin,biliverdine〉が結合) 同PDBsumデータ4i3b_BLA$ BLA(ビリベルジン)選択ビリルビン(bilirubin)  ‖ 参考: ヘム(haem,heme) | PDBデータ 1s8cのChain A(ヘムオキシダーゼ;ビリベルジンが結合) 同PDBsumデータ 1s8c_BLA$ [Bilirubin - WikipediaHeme - WikipediaBiliverdin - Wikipedia
  21. PDBデータ 3vvs*(多剤排出輸送体 MATE;阻害環状ペプチドが結合) B鎖(環状ペプチドMaD3S)選択 DPN選択 [Multi antimicrobial extrusion protein - Wikipedia
  22. PDBデータ 4kfmの12量体(Gタンパク質依存性内向き整流K+チャネルGIRK2-Gタンパク質βγ複合体;Chain A・B・G×4) [G protein - WikipediaG protein-coupled inwardly-rectifying potassium channel - Wikipedia
  23. PDBデータ 4jtd(電位依存性K+チャネル〈Chain A・B・G・H・Y〉;サソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin,Y鎖〉が結合) Y鎖(カリブドトキシン)選択 同8量体(Chain A・B×4) [Voltage-gated potassium channel - WikipediaCharybdotoxin - Wikipedia
  24. PDBデータ 3w1kの20量体(SelA〈セレノシステインSec合成に必要な酵素〉とtRNASecの複合体,Chain A-J×2) [Selenocysteine - Wikipedia
  25. PDBデータ 2ymkの6量体*(ダームシジン,Chain A-C×2) [Dermcidin - Wikipedia
  26. オキシコドン(oxycodone) [Oxycodone - WikipediaOpioid - Wikipedia
  27. PDBデータ 4j4v(SFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質;阻害剤スラミンが結合) [Severe fever with thrombocytopenia syndrome - WikipediaPhlebovirus - WikipediaSuramin - Wikipedia
  28. フェノキシカルブ(fenoxycarb) ピリプロキシフェン(pyriproxyfen) メトプレン(methoprene) ファルネセン酸メチル(methyl farnesoate;ミジンコの幼若ホルモン) | 4分子同時表示 ‖ 3aosのChain A(カイコの幼若ホルモン結合タンパク質;幼若ホルモンIIが結合) 同PDBsumデータ 3aos_JH2$ [Fenoxycarb - WikipediaPyriproxyfen - WikipediaMethoprene - WikipediaJuvenile hormone - Wikipedia
  29. ヘキサブロモシクロドデカン(HBCD,分子例 1,2,5,6,9,10-hexabromocyclododecane;異性体あり) [Hexabromocyclododecane - Wikipedia
  30. 二酸化塩素(chlorine dioxide) [Chlorine dioxide - Wikipedia
  31. 3rti(リシン)# [Ricin - Wikipedia
  32. 4bhx(父性発現遺伝子タンパク質) [Genomic imprinting - Wikipedia
  33. 3f0p(有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ,EC.4.99.1.2〉MerBの例) | PDBsumデータ 3f0p_HG(Hg追加)$
  34. PDBデータ 173d(DNAにインターカレートしたアクチノマイシン) [Actinomycin - Wikipedia
  35. PDBデータ 3w3j#(Toll様受容体 TLR8;CL097複合体) [Toll-like receptor - Wikipedia
  36. ミヤコシンA(miyakosyne A)
  37. PDBデータ 3awm*(P450;ヘキサデカン酸〈パルミチン酸〉が結合,パルミチン酸と近傍アミノ酸残基は座標2種のうちAのみ) PLM(ヘキサデカン酸)選択 同PDBsumデータ 3awm_PLM$ [Cytochrome P450 - Wikipedia
  38. PDBデータ 4en3#(NKT細胞のT細胞レセプターと糖タンパク質CD1d;α-GalCerが結合) AGH(α-GalCer)選択 同PDBsumデータ 4en3_AGH$ [Galactocerebroside - WikipediaNatural killer T cell - WikipediaT-cell receptor - Wikipedia
  39. 1,2-ジクロロプロパン(1,2-dichloropropane) [1,2-Dichloropropane - Wikipedia] | ジクロロメタン(dichloromethane)
  40. PDBデータ 4iar*(5-HT 1B-BRILキメラタンパク質;エルゴタミンが結合) [5-HT receptor - WikipediaErgotamine - Wikipedia
  41. キサントフモール(xanthohumol) [Xanthohumol - Wikipedia] ‖ 参考:CETPの構造例 PDBデータ 4f2a# [Cholesterylester transfer protein - Wikipedia
  42. PDBデータ 2gtl (エリスロクルオリン;部分 A-O鎖) [Erythrocruorin - Wikipedia
  43. 1-ニトロピレン(1-nitropyrene) 1,3-ジニトロピレン(1,3-dinitropyrene) 3-ニトロベンツアントロン(3-nitrobenzanthrone)
  44. PDBデータ 1i15(ドーパミン〈ドパミン〉D2受容体;Theoretical Model,α鎖部分のみ) [Dopamine receptor D2 - Wikipedia
  45. PDBデータ 2begのModel 1(アルツハイマー病のアミロイドβ繊維) Chain A ‖ 1fkn(阻害剤OM99-2が結合したβ-セクレターゼ) ‖ ドコサヘキサエン酸(docosahexaenoic acid,DHA) ‖ 参考:DHAを含むPDBsumデータ例 1fdq_HXA$ [Beta amyloid - WikipediaBeta-secretase 1 - WikipediaDocosahexaenoic acid - Wikipedia
  46. PDBデータ 3v2y*(スフィンゴシン-1-リン酸受容体;GPCR) [G protein-coupled receptor - Wikipedia
  47. PDBデータ 1jm7(BRCA1タンパク質〈腫瘍抑制タンパク質の1種〉) [BRCA1 - Wikipedia
  48. PDBデータ 3ux4の6量体(プロトン開閉型尿素チャネル,Chain A-C×2)
  49. アカンプロサート(acamprosate) [Acamprosate - Wikipedia
  50. PDBデータ 2lhb(ヤツメウナギ〈lamprey〉のヘモグロビン) ヘム選択 [Lamprey - Wikipedia


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
Asn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R)
等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



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