アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体（Chain A-F・I-M・X×3）
※Nature 今週のハイライト（2011/02）参照

3pcq 36量体の全体表示とクロロフィルa・鉄硫黄クラスターのみの表示のアニメgif
【参考】 光化学協会 編，『夢の新エネルギー「人工光合成」とは何か　世界をリードする日本の科学技術』，p.87，講談社ブルーバックス(2016)　※図2-11は1jb0で説明

  
3pcqのクロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ（左）とそのPDBsumデータ（右；96個のCLA中の[801(A)]）

6lu1のChain B・C（クロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ）

7coyのChain aA・aB（フェオフィチンa・クロロフィルd・クロロフィルd'と鉄硫黄クラスターほか含む）

  
7dr0のChain AとそのPDBsumデータ（鉄硫黄クラスターとβ-カロテン）

7f4vのChain aA・aB・aF

クロロフィルaとbの吸収スペクトル例

3pcq_SF4（光合成，光化学系I） I'/O'＝0.6622 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺 ※参考：Nature 今週のハイライト（2011/02）

1jb0_SF4（光合成，光化学系I） I'/O'＝0.6622 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺 ※参考：今月の分子 No.22 - 光化学系I（PDBj）

  
［左］5tis　［右］1s5l（今月の分子 No.59 - 光化学系II（PDBj）参照）

  
［左］7vd5のChain 11・12・13・14（FCPヘテロ四量体の例）　［中・右］同Chain AとそのPDBsumデータ

1s5l_OEC（光合成，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.3955 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	2axt_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺
3a0b_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	3bz1_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

※CaMn₄O₄クラスターの構造一覧：PDB OEC（「生命の跳躍」p.130 図3.4参照；引用文献）
→ CaMn₄O₅クラスターについては“歪んだ椅子”ページ参照

バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　A鎖選択　リガンド選択 Mn4CaO5クラスター選択 （一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太）　OFF 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

光合成光化学系IIの構造例3arc（現在3wu2に差替え）
※参考：光合成酸素発生の謎を解明（SPring-8，2011/04/18） → 関連動画参照

3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター） I'/O'＝2.1825 リガンド球棒表示 タンパク質選択　Mn4CaO5クラスター選択　水分子選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

  
“歪んだ椅子”あるいは“ゆがんだ椅子”と表現されるクラスター

“歪んだ椅子”の仕様書（×は不要な結合）

集光タンパク質の構造例1xg0
※参考：「光合成は量子コンピューティング」：複数箇所に同時存在 | （WIRED VISION，2011/02/10）

  
［左］光合成代替複合体III（ACIII）6lodのChain B（Chain BはFe-Sクラスター含有ヒドロゲナーゼコンポーネント1様タンパク質）
［右］同Fe-Sクラスターと7つのヘムcの連続構造（Chain A・B・Eより）

1xg0_PEB（集光性タンパク質フィコエリトリン，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.496，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	1f99_PEB（集光性タンパク質フィコビリソーム，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.776，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺
1f99_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝1.402，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	3l0f_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝0.957，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

  
［左］3wmm（BCL・BPH・HEMのみ表示）　［右］5y5s（Jmolトピック参）

7eqdのChain M（rhodoquinoneが結合）とそのPDBsumデータ
→ 日本医療研究開発機構「酸素の発生を伴わない光合成の謎を解明　―光合成細菌の高効率なエネルギー変換を司る複合体の可視化により、太陽光利用などに役立つことが期待―」（2021/08/27）
7f0lのChain M（spheroidene・cardiolipinほかが結合）とそのPDBsumデータ
→ 三重大学「酸素発生を伴わない光合成に関わる新しいタンパク質」（2021/11/04）

グルコースの燃焼反応