[TOPIC] 大阪市立大学と岡山大学のチームによる研究がScience誌のBreakthrough of the Year, 2011に選ばれました!!
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!
3pcq 36量体の全体表示とクロロフィルa・鉄硫黄クラスターのみの表示のアニメgif
【参考】 光化学協会 編,『夢の新エネルギー「人工光合成」とは何か 世界をリードする日本の科学技術』,p.87,講談社ブルーバックス(2016) ※図2-11は1jb0で説明
3pcqのクロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ(左)とそのPDBsumデータ(右;96個のCLA中の[801(A)])
6lu1のChain B・C(クロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ)
7coyのChain aA・aB(フェオフィチンa・クロロフィルd・クロロフィルd'と鉄硫黄クラスターほか含む)
7dr0のChain AとそのPDBsumデータ(鉄硫黄クラスターとβ-カロテン)
7f4vのChain aA・aB・aFとそのPDBsumデータ(メナキノン-4〈ビタミンK2の例〉;参考データ) → ビタミン
光化学系I(PSI)-周辺集光装置(LHCI)複合体7wznのChain B・C・G
光化学系I(PSI)-集光性色素タンパク質(IsiA)複合体7wzn
[左]PSI中のChain A・C [右]Chain 1-6(集光性色素タンパク質IsiA;Chain 2・3・6の原子はすべてUNK〈unknown〉)
→ 東北大学プレスリリース(2023/02/21) | Nature Communications論文(2023/02/17)
光化学系I(PSI)-周辺集光装置(LHCI)複合体8weyのChain A・CとPDBsumデータ
光化学系I(PSI)-フコキサンチンクロロフィル結合タンパク質(FCP)複合体8xlsのChain CとPDBsumデータ
クロロフィルaとbの吸収スペクトル例
光合成光化学系IIの構造例3arc(現在3wu2に差替え)
←
簡略化しない反応式: 6CO2 + 12H2O → C6H12O6 + 6H2O + 6O2
●光合成光化学反応中心 光化学系II関連/マンガンクラスターなど
[左]光合成光化学系IIの構造例5tis [右]1s5l(今月の分子 No.59 - 光化学系II(PDBj)参照)
[左]7vd5のChain 11・12・13・14(FCPヘテロ四量体の例) [中・右]同Chain AとそのPDBsumデータ
※CaMn4O4クラスターの構造一覧:PDB OEC(「生命の跳躍」p.130 図3.4参照;引用文献)
→ CaMn4O5クラスターについては“歪んだ椅子”ページ参照
※参考:光合成酸素発生の謎を解明(SPring-8,2011/04/18) → 関連動画参照
●集光性タンパク質関連ほか
集光タンパク質の構造例1xg0
※参考:「光合成は量子コンピューティング」:複数箇所に同時存在 | (WIRED VISION,2011/02/10)
[左]光合成代替複合体III(ACIII)6lodのChain B(Chain BはFe-Sクラスター含有ヒドロゲナーゼコンポーネント1様タンパク質)
[右]同Fe-Sクラスターと7つのヘムcの連続構造(Chain A・B・Eより)
遠赤色光を吸収するための光捕集アンテナタンパク質(Pc-frLHC)8hw1のChain A,球表示はクロロフィルa
→ 東北大学プレスリリース(2023/02/16)|Nature Communications論文(2023/02/15)
ビオラキサンチン(violaxanthin)が結合したクロロフィルa/b結合タンパク質8ix0のChain NとそのPDBsumデータ
→ Nature Plants論文(2023/08/31)
●光合成反応中心-集光アンテナタンパク質複合体/光合成アンテナ → 光合成反応中心関連トピック例
※参考:光合成反応中心と集光アンテナタンパク質との複合体の結晶構造を解明(SPring-8,2014/03/27)
→ Structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tepidum at 3.0Å(Nature,2014/03/26)
※同研究で3wmmがC2結晶,3wmn・3wmoがP21結晶
[左]3wmm(BCL・BPH・HEMのみ表示) [右]5y5s(Jmolトピック参)
7eqdのChain M(rhodoquinoneが結合)とそのPDBsumデータ
→ 日本医療研究開発機構「酸素の発生を伴わない光合成の謎を解明 ―光合成細菌の高効率なエネルギー変換を司る複合体の可視化により、太陽光利用などに役立つことが期待―」(2021/08/27)
7f0lのChain M(spheroidene・cardiolipinほかが結合)とそのPDBsumデータ
→ 三重大学「酸素発生を伴わない光合成に関わる新しいタンパク質」(2021/11/04)
7vrjのChain A・B・D・EとそのPDBsumデータ
→ 三重大学「温泉に棲息する光合成細菌の生き残り戦略」(2022/06/08)(Journal of Biological Chemistry誌論文)
8wduのChain A・B・D・EとそのPDBsumデータ
→ 筑波大学「カルシウムが少ない環境に最適化した紅色硫黄細菌の光合成機構を解明」(2024/02/19) (Communications Biology誌論文)
7xxfのChain C
→ 三重大学「酸性泉に適応した光合成細菌のタンパク質進」(2022/12/05)(Communications Biology誌論文)
7vebのChain A・DとそのPDBsumデータ
→ 理研「藻類の太陽光エネルギーを吸収する仕組みを解明」(2022/06/17)(Nature Communications誌論文)
フィコシアノビリンが結合したシアノバクテリオクロムRcaE 8k9oとそのPDBsumデータ
光合成アンテナ7wlmとそのPDBsumデータ
→ 大阪公立大学「海中での光合成、どうすれば効率的?メカニズムの解明に光〜クライオ電子顕微鏡法を用いて解析〜」(2022/12/05)(BBA Advances誌論文)
再構成光合成アンテナrLHCII 8yeeのChain A
→ 大阪大学 蛋白質研究所「太陽光捕集メカニズムの解明へ一歩前進!人工的な光合成アンテナの構造解析に成功」(2024/09/27)(PNAS Nexus誌論文)【参考】光合成の反応式(簡略式)
→
グルコースの燃焼
(燃焼熱 = 2800 kJ/mol)
【参考】