光合成に関係する生体分子のSITE例

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[TOPIC] 大阪市立大学と岡山大学のチームによる研究がScience誌のBreakthrough of the Year, 2011に選ばれました!!

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性

光化学系I関連 ∥ 光化学系II関連｜別例（Mn₄CaO₅クラスター含む） ∥ 集光性タンパク質関連 ∥ 文献・参考ページ（ニュース例）

●光合成光化学反応中心光化学系I関連／鉄硫黄クラスターなど

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体（Chain A-M・X×3；α炭素のみ）
※Nature 今週のハイライト（2011/02）参照

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

3pcq_SF4（光合成，光化学系I）
I'/O'＝0.6622
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺
※参考：Nature 今週のハイライト（2011/02）

1jb0_SF4（光合成，光化学系I）
I'/O'＝0.6622
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺
※参考：今月の分子 No.22 - 光化学系I（PDBj）

●光合成光化学反応中心光化学系II関連／マンガンクラスターなど

光合成光化学系IIの構造例1s5l
※今月の分子 No.59 - 光化学系II（PDBj）参照

1s5l_OEC（光合成，光化学系II，マンガンクラスター）
I'/O'＝2.3955
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

2axt_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター）
I'/O'＝2.5056
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

3a0b_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター）
I'/O'＝2.5056
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

3bz1_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター）
I'/O'＝2.5056
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

※CaMn₄O₄クラスターの構造一覧：PDB OEC（「生命の跳躍」p.130 図3.4参照；引用文献）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
Mn₄CaO₅クラスター選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

光合成光化学系IIの構造例3arc
※参考：光合成酸素発生の謎を解明（SPring-8，2011/04/18） → 関連動画参照

3arc_OEX（Mn₄CaO₅クラスター）
I'/O'＝2.1825
タンパク質選択　Mn₄CaO₅クラスター選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

“歪んだ椅子”あるいは“ゆがんだ椅子”と表現されるクラスター

“歪んだ椅子”の仕様書（×は不要な結合）

集光タンパク質の構造例1xg0
※参考：「光合成は量子コンピューティング」：複数箇所に同時存在 | （WIRED VISION，2011/02/10）

1xg0_PEB（集光性タンパク質フィコエリトリン，フィコエリスロビリン）
I'/O'＝1.496，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺

1f99_PEB（集光性タンパク質フィコビリソーム，フィコエリスロビリン）
I'/O'＝1.776，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺

1f99_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン）
I'/O'＝1.402，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺

3l0f_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン）
I'/O'＝0.957，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺

【参考】

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」｜ Chime版「分子の学習帳」

1s5l_OEC（光合成，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.3955 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	2axt_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
3a0b_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	3bz1_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺

1xg0_PEB（集光性タンパク質フィコエリトリン，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.496，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	1f99_PEB（集光性タンパク質フィコビリソーム，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.776，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺
1f99_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝1.402，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺	3l0f_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝0.957，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺