アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体（Chain A-F・I-M・X×3）
※Nature 今週のハイライト（2011/02）参照

3pcq 36量体の全体表示とクロロフィルa・鉄硫黄クラスターのみの表示のアニメgif
【参考】 光化学協会 編，『夢の新エネルギー「人工光合成」とは何か　世界をリードする日本の科学技術』，p.87，講談社ブルーバックス(2016)　※図2-11は1jb0で説明

  
3pcqのクロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ（左）とそのPDBsumデータ（右；96個のCLA中の[801(A)]）

クロロフィルaとbの吸収スペクトル例

3pcq_SF4（光合成，光化学系I） I'/O'＝0.6622 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺 ※参考：Nature 今週のハイライト（2011/02）

1jb0_SF4（光合成，光化学系I） I'/O'＝0.6622 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺 ※参考：今月の分子 No.22 - 光化学系I（PDBj）

1s5l（今月の分子 No.59 - 光化学系II（PDBj）参照）

1s5l_OEC（光合成，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.3955 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	2axt_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺
3a0b_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	3bz1_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

※CaMn₄O₄クラスターの構造一覧：PDB OEC（「生命の跳躍」p.130 図3.4参照；引用文献）
→ CaMn₄O₅クラスターについては“歪んだ椅子”ページ参照

バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　A鎖選択　リガンド選択 Mn4CaO5クラスター選択 （一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太）　OFF 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

光合成光化学系IIの構造例3arc
※参考：光合成酸素発生の謎を解明（SPring-8，2011/04/18） → 関連動画参照

3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター） I'/O'＝2.1825 リガンド球棒表示 タンパク質選択　Mn4CaO5クラスター選択　水分子選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

  
“歪んだ椅子”あるいは“ゆがんだ椅子”と表現されるクラスター

“歪んだ椅子”の仕様書（×は不要な結合）

1xg0_PEB（集光性タンパク質フィコエリトリン，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.496，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	1f99_PEB（集光性タンパク質フィコビリソーム，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.776，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺
1f99_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝1.402，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	3l0f_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝0.957，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

  
［左］3wmm（BCL・BPH・HEMのみ表示）　［右］5y5s（Jmolトピック参）

グルコースの燃焼反応