アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体（Chain A-F・I-M・X×3）

3pcq 36量体の全体表示とクロロフィルa・鉄硫黄クラスターのみの表示のアニメgif
【参考】 光化学協会 編，『夢の新エネルギー「人工光合成」とは何か　世界をリードする日本の科学技術』，p.87，講談社ブルーバックス(2016)　※図2-11は1jb0で説明

  
3pcqのクロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ（左）とそのPDBsumデータ（右；96個のCLA中の[801(A)]）

6lu1のChain B・C（クロロフィルaと鉄硫黄クラスターのみのデータ）

7coyのChain aA・aB（フェオフィチンa・クロロフィルd・クロロフィルd'と鉄硫黄クラスターほか含む）

  
7dr0のChain AとそのPDBsumデータ（鉄硫黄クラスターとβ-カロテン）

  
7f4vのChain aA・aB・aFとそのPDBsumデータ（メナキノン-4〈ビタミンK₂の例〉；参考データ）　→ ビタミン

光化学系I（PSI）-周辺集光装置（LHCI）複合体7wznのChain B・C・G

  
光化学系I（PSI）-集光性色素タンパク質（IsiA）複合体7wzn
［左］PSI中のChain A・C　［右］Chain 1-6（集光性色素タンパク質IsiA；Chain 2・3・6の原子はすべてUNK〈unknown〉）
→ 東北大学プレスリリース（2023/02/21） ｜ Nature Communications論文（2023/02/17）

光化学系I（PSI）-周辺集光装置（LHCI）複合体8weyのChain A・CとそのPDBsumデータ

クロロフィルaとbの吸収スペクトル例

3pcq_SF4（光合成，光化学系I） I'/O'＝0.6622 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺 ※参考：Nature 今週のハイライト（2011/02）

1jb0_SF4（光合成，光化学系I） I'/O'＝0.6622 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺 ※参考：今月の分子 No.22 - 光化学系I（PDBj）

  
［左］光合成光化学系IIの構造例5tis　［右］1s5l（今月の分子 No.59 - 光化学系II（PDBj）参照）

  
［左］7vd5のChain 11・12・13・14（FCPヘテロ四量体の例）　［中・右］同Chain AとそのPDBsumデータ

1s5l_OEC（光合成，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.3955 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	2axt_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺
3a0b_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	3bz1_OEC （電子伝達，光化学系II，マンガンクラスター） I'/O'＝2.5056 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

※CaMn₄O₄クラスターの構造一覧：PDB OEC（「生命の跳躍」p.130 図3.4参照；引用文献）
→ CaMn₄O₅クラスターについては“歪んだ椅子”ページ参照

光合成光化学系IIの構造例3arc（現在3wu2に差替え）
※参考：光合成酸素発生の謎を解明（SPring-8，2011/04/18） → 関連動画参照

バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　A鎖選択　リガンド選択 Mn4CaO5クラスター選択 （一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太）　OFF 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター） I'/O'＝2.1825 リガンド球棒表示 タンパク質選択　Mn4CaO5クラスター選択　水分子選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

  
“歪んだ椅子”あるいは“ゆがんだ椅子”と表現されるクラスター

“歪んだ椅子”の仕様書（×は不要な結合）

集光タンパク質の構造例1xg0
※参考：「光合成は量子コンピューティング」：複数箇所に同時存在 | （WIRED VISION，2011/02/10）

  
［左］光合成代替複合体III（ACIII）6lodのChain B（Chain BはFe-Sクラスター含有ヒドロゲナーゼコンポーネント1様タンパク質）
［右］同Fe-Sクラスターと7つのヘムcの連続構造（Chain A・B・Eより）

遠赤色光を吸収するための光捕集アンテナタンパク質（Pc-frLHC）8hw1のChain A，球表示はクロロフィルa
→ 東北大学プレスリリース（2023/02/16）｜Nature Communications論文（2023/02/15）

  
ビオラキサンチン（violaxanthin）が結合したクロロフィルa/b結合タンパク質8ix0のChain NとそのPDBsumデータ
→ Nature Plants論文（2023/08/31）

1xg0_PEB（集光性タンパク質フィコエリトリン，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.496，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	1f99_PEB（集光性タンパク質フィコビリソーム，フィコエリスロビリン） I'/O'＝1.776，I/O（フィコエリスロビリン）＝1.164 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺
1f99_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝1.402，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺	3l0f_CYC（集光性タンパク質フィコシアニン，フィコシアノビリン） I'/O'＝0.957，I/O（フィコシアノビリン）＝1.167 リガンド球棒表示 CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順 背景・黒　灰　白　紺

  
［左］3wmm（BCL・BPH・HEMのみ表示）　［右］5y5s（Jmolトピック参）

7eqdのChain M（rhodoquinoneが結合）とそのPDBsumデータ
→ 日本医療研究開発機構「酸素の発生を伴わない光合成の謎を解明　―光合成細菌の高効率なエネルギー変換を司る複合体の可視化により、太陽光利用などに役立つことが期待―」（2021/08/27）

7f0lのChain M（spheroidene・cardiolipinほかが結合）とそのPDBsumデータ
→ 三重大学「酸素発生を伴わない光合成に関わる新しいタンパク質」（2021/11/04）

7vrjのChain A・B・D・EとそのPDBsumデータ
→ 三重大学「温泉に棲息する光合成細菌の生き残り戦略」（2022/06/08）（Journal of Biological Chemistry誌論文）

8wduのChain A・B・D・EとそのPDBsumデータ
→ 筑波大学「カルシウムが少ない環境に最適化した紅色硫黄細菌の光合成機構を解明」（2024/02/19） （Communications Biology誌論文）

7xxfのChain C
→ 三重大学「酸性泉に適応した光合成細菌のタンパク質進」（2022/12/05）（Communications Biology誌論文）

7vebのChain A・DとそのPDBsumデータ
→ 理研「藻類の太陽光エネルギーを吸収する仕組みを解明」（2022/06/17）（Nature Communications誌論文）

フィコシアノビリンが結合したシアノバクテリオクロムRcaE 8k9oとそのPDBsumデータ

光合成アンテナ7wlmとそのPDBsumデータ
→ 大阪公立大学「海中での光合成、どうすれば効率的？メカニズムの解明に光〜クライオ電子顕微鏡法を用いて解析〜（2022/12/05）（BBA Advances誌論文）

グルコースの燃焼反応