[TOPIC] 2014/12/03にSACLAによるフェムト秒X線結晶構造解析法で解析されて構造が公開されました。 → Jmolトピックス
[TOPIC] 大阪市立大学と岡山大学のチームによる研究がScience誌のBreakthrough of the Year, 2011に選ばれました。
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［参考］ 石北 央，『X線結晶構造解析による光合成反応機構の理解』，「化学」2017年12月号，p.64 図1（p.65で5ws5のMn4CaO6クラスターにも言及）
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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） Mn4CaO5クラスター（OEX）選択 Mn4CaO6クラスター（OEY）選択 クロロフィルa（CLA）選択 βカロテン（BCR）選択 （一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太） OFF 背景・黒 灰 白 紺 |
3arcのChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II；現在3arcは3wu2に更新） 同PDBsumデータ 3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター；水4分子追加）*$ 光化学系IIの全体構造例： 5tis Chain A（Mn4CaO5クラスター含む）選択 Chain M（PsbMクラスター）選択 PL9（プラストキノン-9）選択 【以下参考】 |
3arc（Chain A）のPyMOLによる上記モデル表示例（左）とKawakami Model（右）
同上
［左］PDB 5tis（Chain A・Mを球表示） ［中］5ws6のChain M（PsbMサブユニット） ［右］7rf8のChain a
7vd5のChain AとそのPDBsumデータ（3wu2〈旧3arc〉の川上モデル写真と並べて）
7y5eのChain ALとそのMn4CaO5クラスター近傍の拡大
8f4f
8f4fのChain Aとクラスター近傍（A・B座標あり）の拡大図，および同PDBsumデータ（Ca-Mn4-O6クラスター，A・B座標のうちA座標）
8gn2のChain Aと同PDBsumデータ
［左・中］8irhのChain Aと同PDBsumデータ[401(A)；近傍4水分子含む]
［右］9eh5のPDBsumデータ
グルコースの燃焼反応（逆反応が光合成）
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） Mn4CaO5クラスター選択 空間充填 球棒 球60％ スティック（太） 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太） OFF 背景・黒 灰 白 紺 |
※2016/11/23公開のMn4CaO5クラスターのPDBsumデータ（Nature，2016/11/21）参照
※2017/03/15公開のMn4CaO5クラスターおよびMn4CaO6クラスターのPDBsumデータ（SPring-8，2017/02/21）参照
3arc全体構造
3arcのChain A（左はリガンドとしてOEX・CLA・PHOを含み，右はOEXのみ）
“歪んだ椅子”あるいは“ゆがんだ椅子”と表現されるクラスター
“歪んだ椅子”
※右の全体構造はPDBサイトで
