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※分子の科学：第14章 遺伝子で20種類のアミノ酸をIE以外のブラウザでも参照できます。
タンパク質中の20種類のアミノ酸（初期表示はアラニン）
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アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 以下は@印のみ 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス（hydropathy index）順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） |
（ピロリジン，pyrrolysine） * （セレノシステイン，selenocysteine） * 《参考》 アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式）@ ｜ アミノ酸20種全表示（hydropathy index順，pdb形式） D-アラニル-D-アラニン |
hydropathy index順に示したアミノ酸（上段の左から右へ昇順） → 生体分子と水素結合
※構成元素は，H，C，N，O，S の5種類
※参考：秀丸マクロamino_bcaa.mac（BCAAのIle・Val・LeuおよびCysの区別とカウント）
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性とコンホメーション選択性
→ 簡略版（コンホメーション選択性除く） ｜ 別版（特性基 R のI/O値順） ∥ PDB部分データリスト／別版 ←
※1文字アミノ酸記号の欄の色はamino色（Jmol，RasMol共通）
| アミノ酸 | 分子式 | CAS番号 | 疎水性 インデックス |
log P | 酸性・塩基性 | 極性・非極性 | 等電点 | コンホメーション 選択性 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Arg | R | アルギニン | H2N(=NH)NHC3H6CCH(NH2)COOH | 74-79-3 | -4.5 | -4.20 | 塩基性 | 極性（塩基性） | 10.76 | α |
| Lys | K | リシン | H2N(CH2)4CH(NH2)COOH | 56-87-1 | -3.9 | -3.05 | 塩基性 | 極性（塩基性） | 9.74 | α |
| Asp | D | アスパラギン酸 | HOOCCH2CH(NH2)COOH | 56-84-8 | -3.5 | -3.89 | 酸性 | 極性（酸性） | 2.77 | － |
| Asn | N | アスパラギン | H2NCOCH2CH(NH2)COOH | 70-47-3 | -3.5 | -3.82 | 中性 | 極性（中性） | 5.41 | － |
| Glu | E | グルタミン酸 | HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH | 56-86-0 | -3.5 | -3.69 | 酸性 | 極性（酸性） | 3.22 | α |
| Gln | Q | グルタミン | H2NCO-CH2CH2CH(NH2)COOH | 56-85-9 | -3.5 | -3.64 | 中性 | 極性（中性） | 5.65 | α |
| His | H | ヒスチジン | H2NCH[CH2(C3H3N2)]COOH | 71-00-1 | -3.2 | -3.32 | 塩基性 | 極性（塩基性） | 7.59 | α |
| Pro | P | プロリン | (C4H8N)-COOH | 147-85-3 | -1.6 | -2.54 | 中性 | 非極性（疎水性） | 6.30 | － |
| Tyr | Y | チロシン | HO(C6H4)CH2CH(NH2)COOH | 60-18-4 | -1.3 | -2.26 | 中性 | 極性（中性） | 5.66 | β |
| Trp | W | トリプトファン | (C8H6N)-CH2CH(NH2)COOH | 73-22-3 | -0.9 | -1.05 | 中性 | 非極性（疎水性） | 5.89 | β |
| Ser | S | セリン | HOCH2CH(NH2)COOH | 56-45-1 | -0.8 | -3.07 | 中性 | 極性（中性） | 5.68 | － |
| Thr | T | トレオニン | CH3CH(OH)CH(NH2)COOH | 72-19-5 | -0.7 | -2.94 | 中性 | 極性（中性） | 6.16 | β |
| Gly | G | グリシン | H2NCH2COOH | 56-40-6 | -0.4 | -3.21 | 中性 | 非極性（疎水性） | 5.97 | － |
| Ala | A | アラニン | CH3CH(NH2)COOH | 56-41-7 | 1.8 | -2.85 | 中性 | 非極性（疎水性） | 6.00 | α |
| Met | M | メチオニン | CH3SCH2CH2CH(NH2)COOH | 63-68-3 | 1.9 | -1.87 | 中性 | 非極性（疎水性） | 5.74 | α |
| Cys | C | システイン | HSCH2CH(NH2)COOH | 52-90-4 | 2.5 | -2.49 | 中性 | 極性（中性） | 5.07 | β |
| Phe | F | フェニルアラニン | (C6H5)CH2CH(NH2)COOH | 63-91-2 | 2.8 | -1.38 | 中性 | 非極性（疎水性） | 5.48 | β |
| Leu | L | ロイシン | (CH3)2CHCH2CH(NH2)COOH | 61-90-5 | 3.8 | -1.52 | 中性 | 非極性（疎水性） | 5.98 | α |
| Val | V | バリン | (CH3)2CHCH(NH2)COOH | 72-18-4 | 4.2 | -2.26 | 中性 | 非極性（疎水性） | 5.96 | β |
| Ile | I | イソロイシン | C2H5CH(CH3)CH(NH2)COOH | 73-32-5 | 4.5 | -1.70 | 中性 | 非極性（疎水性） | 6.02 | β |
※log PはOn-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連（参考ページ）
※アミノ酸のコンホメーション選択性は以下による；From Sequence to Structure [PDF]，p.18
《参考》分子と分子の相互作用（QSARと有機概念図から）〔特性基RのI・O値を用いた計算例：1ereのSITE表示と有機概念図計算〕
《参考》１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ
疎水性インデックス（hydropathy index）のグラフ
参考：アミノ酸および特性基の親水性・疎水性（特性基 R のI/O値順）
→ 有機概念図簡易計算機 ←
| アミノ酸 | 特性基 R | hydropathy index |
log P | 酸性・塩基性 | 極性・非極性 | Cleftの分類 | 等電点 | 必須・非必須 （ヒト） |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| O | I | I/O | |||||||||||
| Ile | I | イソロイシン | 80 | 0 | 0 | 4.5 | 5.2 | -1.70 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aliphatic | 6.02 | 必須 |
| Leu | L | ロイシン | 70 | 0 | 0 | 3.8 | 4.9 | -1.52 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aliphatic | 5.98 | 必須 |
| Val | V | バリン | 50 | 0 | 0 | 4.2 | 5.9 | -2.26 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aliphatic | 5.96 | 必須 |
| Ala | A | アラニン | 20 | 0 | 0 | 1.8 | 8.1 | -2.85 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aliphatic | 6.00 | 非必須 |
| Phe | F | フェニルアラニン | 140 | 15 | 0.107 | 2.8 | 5.2 | -1.38 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aromatic | 5.48 | 必須 |
| Pro | P | プロリン | 60 | 10 | 0.167 | -1.6 | 8.0 | -2.54 | 中性 | 非極性（疎水性） | Pro & Gly | 6.30 | 非必須 |
| Met | M | メチオニン | 100 | 20 | 0.200 | 1.9 | 5.7 | -1.87 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aliphatic | 5.74 | 必須 |
| Cys | C | システイン | 60 | 20 | 0.333 | 2.5 | 5.5 | -2.49 | 中性 | 極性（中性） | Cysteine | 5.07 | 非必須 |
| Trp | W | トリプトファン | 180 | 130 | 0.722 | -0.9 | 5.4 | -1.05 | 中性 | 非極性（疎水性） | Aromatic | 5.89 | 必須 |
| Tyr | Y | チロシン | 140 | 115 | 0.821 | -1.3 | 6.2 | -2.26 | 中性 | 極性（中性） | Aromatic | 5.66 | 非必須 |
| Lys | K | リシン | 80 | 70 | 0.875 | -3.9 | 11.3 | -3.05 | 塩基性 | 極性（塩基性） | Positive | 9.74 | 必須 |
| Gly | G | グリシン | 0 | 0 | － | -0.4 | 9.0 | -3.21 | 中性 | 非極性（疎水性） | Pro & Gly | 5.97 | 非必須 |
| His | H | ヒスチジン | 80 | 152 | 1.900 | -3.2 | 10.4 | -3.32 | 塩基性 | 極性（塩基性） | Positive | 7.59 | 必須 |
| Arg | R | アルギニン | 80 | 190 | 2.375 | -4.5 | 10.5 | -4.20 | 塩基性 | 極性（塩基性） | Positive | 10.76 | 準必須 |
| Thr | T | トレオニン | 40 | 100 | 2.500 | -0.7 | 8.6 | -2.94 | 中性 | 極性（中性） | Neutral | 6.16 | 必須 |
| Glu | E | グルタミン酸 | 60 | 150 | 2.500 | -3.5 | 12.3 | -3.69 | 酸性 | 極性（酸性） | Negative | 3.22 | 非必須 |
| Gln | Q | グルタミン | 60 | 200 | 3.333 | -3.5 | 10.5 | -3.64 | 中性 | 極性（中性） | Neutral | 5.65 | 非必須 |
| Asp | D | アスパラギン酸 | 40 | 150 | 3.750 | -3.5 | 13.0 | -3.89 | 酸性 | 極性（酸性） | Negative | 2.77 | 非必須 |
| Ser | S | セリン | 20 | 100 | 5.000 | -0.8 | 9.2 | -3.07 | 中性 | 極性（中性） | Neutral | 5.68 | 非必須 |
| Asn | N | アスパラギン | 40 | 200 | 5.000 | -3.5 | 11.6 | -3.82 | 中性 | 極性（中性） | Neutral | 5.41 | 非必須 |
有機概念図のI/O値順に並べたアミノ酸（有機概念図簡易計算機，Log Pをポケットに！参照）
アミノ酸残基の極性%とI'/O'値の比較（マークの色はI'/O'値順；Glyを除く）
ヒトの必須・準必須（色やや薄目）・非必須（色薄目）アミノ酸の区別
【参考】20種のアミノ酸をI/O値順に結合させたポリペプチドのα-ヘリックス構造
H-IleLeuValAlaPheProMetCysTrpTyrLysGlyHisArgThrGluGlnAspSerAsn-OH
1文字アミノ酸配列： ILVAFPMCWYKGHRTEQDSN
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バックボーン 二次構造 空間充填 球棒 球80％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）# ヒトの必須・非必須区別 ノーベル化学賞2024受賞情報着色 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺
※amino表示の凡例 ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO ＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝ ※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例 ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS ※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別 SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP ※疎水性インデックス順 ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE ※有機概念図I/O値順（特性基 R） ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE ※等電点順 ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG ※ヒトの必須・非必須区別 ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN ※ノーベル化学賞2024受賞情報関連 （Popular information - NobelPrize.org掲載図より） LYS LEU ILE HIS PHE ARG TYR SER PRO GLY GLU GLN CYS ASP ASN ALA VAL TRP THR MET # アミノ酸のコンホメーション選択性参照。 |
アミノ酸残基のhydropathy indexとI'/O'値の比較（Glyを除く）
芳香族アミノ酸（Phe，Tyr，Trp）；上表の酸性・中性・塩基性区別表示における中性のうち芳香族アミノ酸は黄緑色で表示される．
※参考雑誌記事：青木康展，『ベンゼンはなぜ動物には有害か ─毒性研究を広く自然界を見渡して考える』，科学，2007年9月号，pp.986-989
…p.987の「動物のフェニル基は植物に依存している」に関連して（親油ポテンシャル表示はChime版でのみ可能）；関連資料１・２
参考：What is a Protein? - YouTube ※旧版
参考：The flyer What is a Protein? (RCSB PDB) [PDF]
※数研出版「フォトサイエンス生物図録」，同「チャート式 新化学」，講談社ブルーバックス「動く分子事典」p.256なども参照。
