◆ バイオレメディエーションとファイトレメディエーション(Jmol版) ◆
Chime版

※解説にジャンプ: バイオレメディエーションファイトレメディエーション
※初期表示は1lkd

■表1 図1の分子モデルとダイオキシン類に含まれるPCB
●ビフェニルの代謝反応生成物(図1)
ビフェニル  I
ビフェニル-2,3-ジヒドロジオール II
2,3-ジヒドロキシビフェニル(DHBP) III
2-ヒドロキシ-6-オキソ-6-フェニルヘキサ-2,4-ジエノエート(HPDA) IV
安息香酸 + 2-ヒドロキシペンタ-2,4-ジエノエート V
●PCB
分類・同族体名 WHO-TEF〔ヒト・ほ乳類〕
◆PCBs(Non-ortho)
3,4,4',5-TCB(81) 0.0001 a,b,c,e
3,3',4,4'-TCB(77) 0.0001
3,3',4,4',5-PeCB(126) 0.1
3,3',4,4',5,5'-HxCB(169) 0.01
◆PCBs(Mono-ortho)
2,3,3',4,4'-PeCB(105) 0.0001
2,3,4,4',5-PeCB(114) 0.0005 a,b,c,d
2,3',4,4',5-PeCB(118) 0.0001
2',3,4,4',5-PeCB(123) 0.0001 a,c,d
2,3,3',4,4',5-HxCB(156) 0.0005 b,c
2,3,3',4,4',5'-HxCB(157) 0.0005 b,c,d
2,3',4,4',5,5'-HxCB(167) 0.00001 a,d
2,3,3',4,4',5,5'-HpCB(189) 0.0001 a,c
◆参考:DecaPCB
DecaCB


■表2 ビフェニルおよびPCBの代謝酵素例
  2xrx2xshのリガンド-SITE部分はPDBsumのLigand-SITE情報にも掲載(鉄硫黄クラスターも参)
全体表示 活性部位選択活性部位のみ または
リガンド-SITE部分
1d7y BphA4
1bdb BphB
1kw8 BphC(NOあり)
1kw9 BphC(NOなし)
1c4x BphD
1lgt(2'-Cl dihydroxybiphenyl)
1lkd(2',6'-diCl dihydroxybiphenyl)
2xrxのA-F鎖
 ビフェニルジオキシゲナーゼ
   (biphenyl)
(PDBsumより)
2xshのA-F鎖
 ビフェニルジオキシゲナーゼ
   (2,6-dichlorobiphenyl)
(PDBsumより)


■表3 メタロチオネインのデータ1dmd
●1dmd(NMR, 18 Structures)から作成  がCd 〈空間充填 〉,はCysの硫黄
Model 1Model 2Model 3Model 4
Model 5Model 6Model 7Model 8
Model 9Model 10Model 11Model 12
Model 13Model 14Model 15Model 16
Model 17Model 18
Model〜18のアニメーションアニメーション OFF


■表4 その他の参考データ
3f0p(有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ,EC.4.99.1.2〉MerBの例) | PDBsumデータ 3f0p_HG(Hg追加)$



バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 同(球大き目) スティック 針金
アミノ色 CPK色 | Jmol色 Rasmol色 | 濃赤 濃青
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
    ●amino表示の凡例
    ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
    = 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
    酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
    ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
    極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
    SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
    ●疎水性インデックス順
    ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
    ●等電点順
    ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG