- In-crystal reaction cycle of a toluene-bound diiron hydroxylase（Nature，2017/03/27）
- 一家に1枚｜科学技術週間 SCIENCE & TECHNOLOGY WEEK ※2017年『一家に1枚 生きものすべては細胞から』公開（バイオレメディエーションも紹介；下図）
- 長沼 毅，「ゼロからはじめる生命のトリセツ」，角川文庫(2007) ※『第6章 ナウシカ』p.162～でバイオレメディエーションに言及
- その他のバイオレメディエーション関連PDBデータ例
- RCSB PDB 2017/04/12 新規公開データより：5tl4 Crystal structure of Sphingomonas paucimobilis aryl O-demethylase LigM
- Crystal Structure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase from Pseudomonas stutzeri OX1（Journal of Biological Chemistry，2004/04/19） ※1t0s
- Exploring the Structure and Activity of Haloalkane Dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26: Evidence for Product- and Water-Mediated Inhibition（Biochemistry，2002/05/12） ※1g5f
- バイオレメディエーションとファイトレメディエーション（本サイト） ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
『一家に1枚 生きものすべては細胞から』から
PDBデータ 5tdu（p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）
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5tdu（p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ） 同PDBsumデータ 5tdu_PCR$ 5tdtのChain A・B・C・E（トルエンが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ） 同PDBsumデータ 5tdt_MBN$ ※その他のバイオレメディエーション関連PDBデータ例 5tl4のChain A（アリールO-デメチラーゼ LigM） ［Demethylase - Wikipedia］ 1t0s（4-ブロモフェノールが結合したトルエン/o-キシレン モノオキシゲナーゼ） BML（4-ブロモフェノール）選択 同PDBsumデータ 1t0s_BML[503(A)]$ 1g5f（1,2-ジクロロエタンが結合した1,3,4,6-テトラクロロ-1,4-シクロヘキサジエン ヒドロラーゼ） DCE（1,2-ジクロロエタン）選択 同PDBsumデータ 1g5f_DCE$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ5tdu ［右］アリールO-デメチラーゼ LigM 5tl4のChain A（Materials Science記事参照）
［左］トルエン結合5tdtとp-クレゾール結合5tduのPDBsumデータ ［右］4-ブロモフェノールが結合した1t0sと1,2-ジクロロエタンが結合した1g5f
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Observation of gold sub-nanocluster nucleation within a crystalline protein cage（Nature Communications，2017/03/16）
- タンパク質カゴの中で踊る金原子を観る －タンパク質結晶を使った金属イオン集積過程の観（SPring-8，2017/03/16）
- 参考： 高野慎二郎・佃 達哉，『金超原子の化学 ― ナノスケールの人工原子 ―』，現代化学，2017年4月号 フェリチン関連別研究例
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- 蛍光分子との結合でタンパク質が動き出す「分子ドミノ」 精密なタンパク質デザインで芳香族アミノ酸残基の動きを制御（東京科学大学，2025/03/03） [NEW!] ※2025/03/05公開9kkp（下掲）・9kle・9kp2・9kp7（以上ナイルレッド結合）・9kkr・9kn7・9kn8・9kp5・9kpa・9krs
- 生体分子の構成元素（本サイト）
［Ferritin - Wikipedia］
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5gu2の24量体（Chain X×24；金イオンを内包したフェリチン） 同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 206(X)]$ ∥ 5gu2の3量体（Chain名をM・Q・Uに変更） 金（Au）選択 Auのみ球60％表示（他は消去） 同 中心のAu12原子 同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 202(Q)を元にChain M・Uデータ追加] 9kkp（ナイルレッド〈Nile red〉が結合したフェリチン，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9kkp_lp ［Nile red - Wikipedia］ ※参考： 金（Au）の結晶構造 → 2014年は世界結晶年！ ∥ 同結晶と上掲5gu23量体（Chain名 M・Q・U）中の中心Au12原子の同時表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］金イオンを内包したフェリチン5gu2の24量体（Chain X×24） ［中］同3量体（Chain名をM・Q・Uに変更）とそのPDBsumデータ ［右］金の結晶構造と5gu2中Au12原子の同時表示
ナイルレッド（Nile red）が結合したフェリチン9kkp（Chain Aのみ）とPDBsumデータ
- 糖分を細胞内に輸送する膜たんぱく質の立体構造と動きを解明 ～肥満やがんの抑制策に役立つ新たな知見～（JST，2015/09/30）
- 2型糖尿病に関わるグルコース輸送体「GLUT4」上の糖鎖の機能を解明（理研，2011/07/18）
- グルコース輸送とがん細胞（Nature ハイライト，2013/09/01）
- Evolutionary balance between foldability and functionality of a glucose transporter（Nature Chemical Biology，2022/04/28） ※引用PDBデータ4zwb・4zwc（下掲）・4zw9・4gbz・6rw3・4lds・6h7d
- グルコーストランスポーター - Wikipedia
- GLUT - 薬学用語解説 - 日本薬学会
- 甘味物質の秘密（本サイト） ｜ 別トピック（Na+/糖共輸送体）
［Glucose transporter - Wikipedia］
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4pyp（β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1） 同PDBsumデータ4pyp_BNG$ 4zwcのChain A（α-マルトースが結合したグルコース輸送体GLUT3） GLC選択（GLC-GLCがα-マルトース） 同PDBsumデータ4zwc_GLC-GLC$ ｜ α-マルトース（α-maltose） ※参考（糖共輸送体の例）： 3dh4のChain A（ガラクトースが結合したNa+/糖共輸送体） 同PDBsumデータ3dh4_GAL$ 同PDBsumデータ3dh4_NA$ → 別トピック バックボーン 二次構造 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1 4pypとそのPDBsumデータ
α-マルトースが結合したグルコース輸送体GLUT3 4zwcのChain AとそのPDBsumデータ
- Computational and Structural Evidence for Neurotransmitter-mediated Modulation of the Oligomeric States of Human Insulin in Storage Granules（Journal of Biological Chemistry，2017/03/27）
- 今月の分子 17: インスリン（Insulin）（PDBj，2001/02） ｜ Molecule of the Month（PDB） ∥ 今月の分子 194: 人工設計インスリン（Designer Insulins）（PDBj，2016/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 脳の栄養 ～ブドウ糖（砂糖）とトリプトファンを中心として～（農畜産業振興機構，2015/04/10）
- 脳内物質セロトニンと糖尿病について - 男性が気をつけたい生活習慣病
- インスリン - Wikipedia
- 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）
［Insulin - Wikipedia］
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5mt9Chain F-P（セロトニンとアルギニンが結合したインスリン） SRO（セロトニン）選択 リガンドのARG（アルギニン）選択 ｜ セロトニン アルギニン → アミノ酸 ※他のインスリン構造例： 1trz*（インスリン） 同Chain A・B バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
セロトニン（大きい球表示）とアルギニン（小さい球表示）が結合したインスリン5mt9のChain F-P
- 注意欠陥／多動性障害治療剤「インチュニブ®錠 1mg・3 mg」の製造販売承認取得について（塩野義製薬，2017/03/30） [PDF]
- ADHD治療薬初の選択的α2Aアドレナリン受容体作動薬（QLifePro 医療ニュース，2017/05/30）
- KEGG DRUG: グアンファシン
- インチュニブ（グアンファシン）の作用機序：ADHD治療薬 - 役に立つ薬の情報～専門薬学
- ADHD薬（本サイト） ｜ GPCR - 2012年ノーベル化学賞 …β1・β2アドレナリン受容体掲載
［Guanfacine - Wikipedia］
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
グアンファシン（guanfacine） ※参考（他のADHD薬の例）： メチルフェニデート（methylphenidate） ※塩酸塩がリタリン |
グアンファシン（guanfacine）
- Taxifolin inhibits amyloid-β oligomer formation and fully restores vascular integrity and memory in cerebral amyloid angiopathy（Acta Neuropathologica Communications，2017/04/04）
- 脳内の老廃物蓄積を抑制する物質発見、アルツハイマー病の新規治療薬開発へ－国循 -（QLifePro 医療ニュース，2017/04/06）
- アルツハイマー抑える物質判明 京大など、マウス実験で（日経，2017/04/05）
- アルツハイマー病治療薬候補タキシフォリン（taxifolin） - Togetterまとめ
- アルツハイマー病治療薬（本サイト） ｜ アルコールとフェノール
［Taxifolin - Wikipedia］
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
タキシフォリン（taxifolin；(+)-taxifolin） ※参考（他のポリフェノール例）： レスベラトロール（resveratrol） → 別トピック 没食子酸エピガロカテキン（epigallocatechin gallate；EGCG） → 別トピック |
タキシフォリン（taxifolin；(+)-taxifolin）
- An allosteric transport mechanism for the AcrAB-TolC Multidrug Efflux Pump（eLife，2017/03/29）
- 今月の分子 95: 多剤耐性輸送体（Multidrug Resistance Transporters）（PDBj，2007/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 多剤排出タンパク質の阻害剤結合構造決定に初めて成功 大きな社会問題となっている多剤耐性菌感染症克服に手がかり（JST，2013/07/01）
- 京大CiRA、iPS細胞を分離・除去できる新たな技術を開発 - 合成RNAを利用（マイナビニュース，2016/09/12） ※“蛍光タンパクをコードする遺伝子の代わりに、ピューロマイシン(薬剤)耐性遺伝子の発現をmiR-302で制御することで、iPS細胞でのみ薬剤耐性遺伝子の発現が抑えられるしくみを構築”。
- ピューロマイシン - Wikipedia
- 抗生物質を含むPDBデータ（本サイト） ｜ 抗生物質分子データ集
［Efflux (microbiology) - Wikipedia，Puromycin - Wikipedia］
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5ng5（薬剤が結合した多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体） 同PDBsumデータ5ng5_5QF$ 5nc5（ピューロマイシン〈puromycin〉が結合した多剤排出ポンプAcrBZ） PUY（ピューロマイシン）選択 同PDBsumデータ5nc5_PUY_lp ピューロマイシン（puromycin；アミノヌクレオシド系抗生物質） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体5ng5とそのPDBsumデータ
［右］アミノヌクレオシド系抗生物質ピューロマイシン（puromycin）が結合した多剤排出ポンプAcrBZ 5nc5とそのPDBsumデータ → 抗生物質を含むPDBデータ（本サイト）
- ニック・レーン 著，斉藤隆央 訳，「生命の跳躍 進化の10大発明」，みすず書房(2010)
- 生命を知り生命に学ぶ（本サイト） ｜ 別トピック（コレラ菌の呼吸鎖）
- 掲載生体分子等の画像の関連データを以下に。
- PDBデータ： 4hea ※書籍で引用の2fugに代えて（どちらもSazanov, L.A.らによる）。
- Crystal structure of the entire respiratory complex I（Nature，2013/02/17）
- 今月の分子 No.144: 複合体I（Complex I, NADH:キノン酸化還元酵素）（PDBj，2011/12） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 電子伝達系 - Wikipedia
- 呼吸鎖複合体Iとの比較も示したNAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼの研究例： NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼのレドックススイッチ機構の構造基盤の解明 ～タンパク質の構造変化による酸素および活性酸素種からの防御機構と生物のエネルギー代謝システムの進化についての基礎科学的研究～（JST，2017/09/01） ※5xf9・5xfaを以下に。
- 参考：今月の分子 273: 呼吸超複合体（Respiratory Supercomplex）（PDBj，2022/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- PDBデータ： 1e79
- 鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター
- PDBデータ： 5ijo
- PDBデータ： 5mqf
- Cryo-EM structure of a human spliceosome activated for step 2 of splicing（Nature，2017/01/11）
- A new view of the spliceosome（Chemical & Engineering News，2017/05/24） ※PDBデータ5nrl
- Spliceosome - Wikipedia ｜ RNA splicing
- 今月の分子 245: スプライソソーム（Spliceosomes）（PDBj，2020/05） ｜ Molecule of the Month（PDB） …3jb9・6n7pほかを紹介
- PDBデータ： 5gup
- PDBデータ： 1zoy
- PDBデータ： 4hea ※書籍で引用の2fugに代えて（どちらもSazanov, L.A.らによる）。
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p.79 図8 呼吸鎖の複合体I：4heaのChain 1-H（呼吸鎖の複合体I） 同リガンドのみ FMN（フラビンモノヌクレオチド）選択 FMN・鉄硫黄クラスター選択 同PDBsumデータ4hea_FMN$ 同4hea_SF4 [501(1)]$ ※参考（呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から）：5xf9のChain A-D（NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ；air-oxidized state） 同リガンドのみ 同5xf9_Ni$ ｜ 5xfaのChain A-D（NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ；H2-reduced state） 同リガンドのみ 同5xfa_Ni$ p.85 図10 ATP合成酵素：1e79（ATP合成酵素；F1部分） 同PDBsumデータ1e79_ATP$ 同PDBsumデータ1e79_ADP$ p.121 図11 鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター：Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示 p.225 図26 核膜孔：5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体 ） p.233 図27 スプライソソーム：5mqf（スプライソソーム） p.275 図31 呼吸鎖の複合体III：5gupのChain u-9（呼吸鎖の複合体III） 鉄硫黄クラスター（FESのみ）選択 ※呼吸鎖複合体IIの構造例：1zoy バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN（フラビンモノヌクレオチド）・鉄硫黄クラスター部分の構造，およびFMNのPDBsumデータ
［右］呼吸鎖複合体III 5gupのChain u-9
※参考（呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から）：
［左・中］NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ 5xf9（酸化型）のChain A-Dおよび同NiのPDBsumデータ（還元型5xfaとの比較）
［右］NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ 5xf9（Chain A-D）のリガンドのみ
［左］ATP合成酵素1qo1 ［右］鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター
5mqf（RNAに結合したスプライソソーム）
5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体）
呼吸鎖複合体IIの構造例1zoy
- 脳の働きに重要なIP3受容体の動作原理を解明 －IP3による構造変化経路をＸ線結晶構造解析により発見－（理研，2017/04/18）
- IP3-mediated gating mechanism of the IP3 receptor revealed by mutagenesis and X-ray crystallography（PNAS，2017/04/12）
- イノシトールトリスリン酸受容体 - Wikipedia ｜ イノシトールトリスリン酸 ｜ セカンドメッセンジャー
［Inositol trisphosphate receptor - Wikipedia，Second messenger system - Wikipedia］
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5xa1のChain A（IP3が結合したIP3受容体） 同PDBsumデータ5xa1_I3P$ IP3 ∥ 他のセカンドメッセンジャーの例： cAMP （cyclic AMP） ｜ cGMP （cyclic GMP） ｜ ADPR （ADP-ribose） ※他のIP3結合タンパク質の例 1mai 同PDBsumデータ1mai_I3P$ 1n4k 同PDBsumデータ1n4k_I3P$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
IP3とIP3受容体5xa1
- A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density（Nature Communications，2017/04/24）
- Game-changing PanDDA method unveils previously hidden 3D structure data（Diamond Light Source，2017/04/24）
- PanDDA Help Page
［Sp100 nuclear antigen - Wikipedia］
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5pwcのChain A（E48115bが結合した核自己抗原Sp100） 同PDBsumデータ5pwc_W77（W77にH原子追加）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
PanDDA法で構造決定されたE48115bが結合した核自己抗原Sp100 5pwcのChain AとそのPDBsumデータ（リガンドにH原子追加）