ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
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4twfのChain A-E(黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル;ブロモメマンチンが結合) 同PDBsumデータ 4twf_BR7$(401(A);他に402(A)・401(H)・401(I)) 4twdのChain A-E(同上;メマンチンが結合) 同PDBsumデータ 4twd_377$(401(A);他に402(A)) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40のPDBデータ例4phu
黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル4twd(メマンチン結合)と4twf(ブロモメマンチン結合)のPDBsumデータ(何れも401(A))
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コルチゾール(cortisol) セロトニン(serotonin) ロピバカイン(ropivacaine) [Ropivacaine - Wikipedia] 参考(セロビオースを含むタンパク質例):4p6xのChain A・B(コルチゾールが結合したグルココルチコイド受容体) 同PDBsumデータ 4p6x_HCY$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
コルチゾールが結合したグルココルチコイド受容体4p6xのPDBsumデータ
ロピバカイン(ropivacaine)
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3wvs(シトクロムP450revI;リベロマイシンA類縁体が結合) 同PDBsumデータ 3wvs_RRM-HEM$(リベロマイシンA類縁体+ヘム) RRM(リベロマイシンA類縁体)選択 リベロマイシンA(reveromycin A) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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3woq(ファミリーS46ペプチダーゼDAP BII;ヘキサペプチドが結合) C・D鎖(ヘキサペプチド)選択 同PDBsumデータ 3woq_VYIHPF(C鎖のVAL-TYR-ILE-HIS-PRO-PHEを囲むA鎖のアミノ残基)$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヘキサペプチド(Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe)が結合したファミリーS46ペプチダーゼDAP BII 3woqのPDBsumデータ
ヘロイン(heroin)とオキシコドン(oxycodone)の同時表示
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ナルメフェン(nalmefene) ジスルフィラム(disulfiram) ナルトレキソン(naltrexone) → 新型コロナウイルス情報 アカンプロサート(acamprosate) ※参考:エタノール(oxycodone) 空間充填 球棒 スティック 背景・黒 灰 白 紺 |
左から ナルメフェン(nalmefene),ジスルフィラム(disulfiram),ナルトレキソン(naltrexone),アカンプロサート(acamprosate)
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4lddの6量体(Chain A-C×2;エボラウイルスのVP40タンパク質) 4lddの8量体リング(Chain A×8;同上) (その他のエボラウイルス由来データは2014年にエボラ出血熱感染拡大参照) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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3wj4のChain A(ペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ;トリブチルスズが結合) 同PDBsumデータ 3wj4_TBY$ トリフェニルスズが結合したPPARγ3wj5のPDBsumデータ 3wj5_T9T$ 塩化トリブチルスズ(TBTC) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ(PPARγ)3wj4(トリブチルスズ結合)と3wj5(トリフェニルスズ結合)のPDBsumデータ(黄色球はS)
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4pj0のChain A(好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus elongatusの光化学系IIの構造) 同PDBsumデータ 4pj0_OEX$ Mn4CaO5クラスターを含む別データ例:3arcのChain A(好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II;現在3arcは3wu2に更新) 同PDBsumデータ 3arc_OEX(Mn4CaO5クラスター;水4分子追加)*$ → 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa(CLA)選択 水分子選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
PDBデータ4pj0と3arcのChain Aの比較(空間充填がMn4CaO5クラスター,60%球表示がクロロフィルa)
塩化ベンゼトニウム